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万見
- PDB-8dy3: Crystal Structure of spFv GLK2 HL -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dy3
タイトルCrystal Structure of spFv GLK2 HL
要素spFv GLK2 HL
キーワードIMMUNE SYSTEM / scFv / stapled scFv / spFv / germline scFv / single chain Fv / scFv stabilizations / antibody
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.509 Å
Model detailsCrystal Structure of spFv GLK1 in LH configuration
データ登録者Luo, J. / Boucher, L.E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other private 米国
引用ジャーナル: Mabs / 年: 2023
タイトル: "Stapling" scFv for multispecific biotherapeutics of superior properties.
著者: Boucher, L.E. / Prinslow, E.G. / Feldkamp, M. / Yi, F. / Nanjunda, R. / Wu, S.J. / Liu, T. / Lacy, E.R. / Jacobs, S. / Kozlyuk, N. / Del Rosario, B. / Wu, B. / Aquino, P. / Davidson, R.C. / ...著者: Boucher, L.E. / Prinslow, E.G. / Feldkamp, M. / Yi, F. / Nanjunda, R. / Wu, S.J. / Liu, T. / Lacy, E.R. / Jacobs, S. / Kozlyuk, N. / Del Rosario, B. / Wu, B. / Aquino, P. / Davidson, R.C. / Heyne, S. / Mazzanti, N. / Testa, J. / Diem, M.D. / Gorre, E. / Mahan, A. / Nanda, H. / Gunawardena, H.P. / Gervais, A. / Armstrong, A.A. / Teplyakov, A. / Huang, C. / Zwolak, A. / Chowdhury, P. / Cheung, W.C. / Luo, J.
履歴
登録2022年8月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: spFv GLK2 HL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,8403
ポリマ－26,6471
非ポリマー1922
水5,206289
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)63.030, 63.030, 124.960
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-302-

SO4

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要素

#1: 抗体 spFv GLK2 HL


分子量: 26647.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pUNDER / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 289 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.18 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.5 / 詳細: 100 mM Na Acetate, 750 mM (NH4)2 SO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月17日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: ACCEL SI (111) DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.509→56.276 Å / Num. obs: 30532 / % possible obs: 94.2 % / 冗長度: 12.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.097 / Net I/σ(I): 17.3
反射 シェル解像度: 1.509→1.654 Å / 冗長度: 9.2 % / Rmerge(I) obs: 1.678 / Num. unique obs: 1527 / CC1/2: 0.513 / Rpim(I) all: 0.568 / Rrim(I) all: 1.777 / % possible all: 68.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10_2155精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3na9

3na9


解像度: 1.509→56.276 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.51 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2094 1490 4.88 %
Rwork0.1831 29039 -
obs0.1844 30529 75.47 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 59.35 Å2 / Biso mean: 24.2488 Å2 / Biso min: 11.68 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.509→56.276 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1790 0 10 289 2089
Biso mean--48.34 33.83 -
残基数----239
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071851
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9232518
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061267
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005321
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.1071089
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.509-1.55760.430790.27431665
1.5576-1.61330.2831270.293753015
1.6133-1.67790.2798640.2677130238
1.6779-1.75430.23211150.2448254173
1.7543-1.84680.28281720.2339339998
1.8468-1.96250.21871970.20313429100
1.9625-2.1140.21611850.18143475100
2.114-2.32680.19871600.1809335496
2.3268-2.66340.22561770.19243512100
2.6634-3.35560.2071800.18243580100
3.3556-56.2760.18782040.15933751100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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