+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8dy2 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal Structure of spFv GLK1 | ||||||
要素 | spFv GLK1 LH | ||||||
キーワード | IMMUNE SYSTEM / scFv / stapled scFv / spFv / germline scFv / single chain Fv / scFv stabilizations / antibody | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å | ||||||
Model details | Crystal Structure of spFv GLK1 in LH configuration | ||||||
データ登録者 | Luo, J. / Boucher, L.E. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Mabs / 年: 2023 タイトル: "Stapling" scFv for multispecific biotherapeutics of superior properties. 著者: Boucher, L.E. / Prinslow, E.G. / Feldkamp, M. / Yi, F. / Nanjunda, R. / Wu, S.J. / Liu, T. / Lacy, E.R. / Jacobs, S. / Kozlyuk, N. / Del Rosario, B. / Wu, B. / Aquino, P. / Davidson, R.C. / ...著者: Boucher, L.E. / Prinslow, E.G. / Feldkamp, M. / Yi, F. / Nanjunda, R. / Wu, S.J. / Liu, T. / Lacy, E.R. / Jacobs, S. / Kozlyuk, N. / Del Rosario, B. / Wu, B. / Aquino, P. / Davidson, R.C. / Heyne, S. / Mazzanti, N. / Testa, J. / Diem, M.D. / Gorre, E. / Mahan, A. / Nanda, H. / Gunawardena, H.P. / Gervais, A. / Armstrong, A.A. / Teplyakov, A. / Huang, C. / Zwolak, A. / Chowdhury, P. / Cheung, W.C. / Luo, J. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8dy2.cif.gz | 197.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb8dy2.ent.gz | 155.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8dy2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8dy2_validation.pdf.gz | 462.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 8dy2_full_validation.pdf.gz | 470.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8dy2_validation.xml.gz | 38.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8dy2_validation.cif.gz | 55.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dy/8dy2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dy/8dy2 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
3 |
| ||||||||
4 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: 抗体 | 分子量: 26561.354 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 株: Homo sapiens / プラスミド: pUNDER / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.6 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.5 / 詳細: 0.1 M Na Acetate pH 4.5, 18% PEG 3350, 1 M LiCL |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月17日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: ACCEL SI (111) DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.648→35.86 Å / Num. obs: 55333 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 6.466 % / Biso Wilson estimate: 40.851 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rrim(I) all: 0.096 / Χ2: 1.069 / Net I/σ(I): 13.24 |
反射 シェル | 解像度: 1.648→1.836 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.955 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 2712 / CC1/2: 0.667 / Rpim(I) all: 0.431 / Rrim(I) all: 1.052 / % possible all: 75.8 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3na9 解像度: 1.65→35.86 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 35.38 / 立体化学のターゲット値: ML
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 69.22 Å2 / Biso mean: 26.7915 Å2 / Biso min: 8.16 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.65→35.86 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 19
|