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- PDB-8dy0: Crystal Structure of spFv GLK1 HL -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dy0
タイトルCrystal Structure of spFv GLK1 HL
要素spFv GLK1 HL
キーワードIMMUNE SYSTEM / scFv / stapled scFv / spFv / germline scFv / single chain Fv / scFv stabilizations / antibody
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
Model detailsCrystal Structure of spFv GLK1 in LH configuration
データ登録者Luo, J. / Boucher, L.E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other private 米国
引用ジャーナル: Mabs / 年: 2023
タイトル: "Stapling" scFv for multispecific biotherapeutics of superior properties.
著者: Boucher, L.E. / Prinslow, E.G. / Feldkamp, M. / Yi, F. / Nanjunda, R. / Wu, S.J. / Liu, T. / Lacy, E.R. / Jacobs, S. / Kozlyuk, N. / Del Rosario, B. / Wu, B. / Aquino, P. / Davidson, R.C. / ...著者: Boucher, L.E. / Prinslow, E.G. / Feldkamp, M. / Yi, F. / Nanjunda, R. / Wu, S.J. / Liu, T. / Lacy, E.R. / Jacobs, S. / Kozlyuk, N. / Del Rosario, B. / Wu, B. / Aquino, P. / Davidson, R.C. / Heyne, S. / Mazzanti, N. / Testa, J. / Diem, M.D. / Gorre, E. / Mahan, A. / Nanda, H. / Gunawardena, H.P. / Gervais, A. / Armstrong, A.A. / Teplyakov, A. / Huang, C. / Zwolak, A. / Chowdhury, P. / Cheung, W.C. / Luo, J.
履歴
登録2022年8月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: spFv GLK1 HL
B: spFv GLK1 HL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,1232
ポリマ－53,1232
非ポリマー00
水3,243180
1
A: spFv GLK1 HL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,5611
ポリマ－26,5611
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: spFv GLK1 HL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,5611
ポリマ－26,5611
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)37.940, 50.740, 63.200
Angle α, β, γ (deg.)76.350, 89.200, 69.160
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 1 through 61 or (resid 62...
21(chain B and (resid 1 through 61 or (resid 62...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLUGLUALAALA(chain A and (resid 1 through 61 or (resid 62...AA1 - 611 - 61
12ASPASPASPASP(chain A and (resid 1 through 61 or (resid 62...AA6262
13GLUGLULYSLYS(chain A and (resid 1 through 61 or (resid 62...AA1 - 2441 - 244
14GLUGLULYSLYS(chain A and (resid 1 through 61 or (resid 62...AA1 - 2441 - 244
15GLUGLULYSLYS(chain A and (resid 1 through 61 or (resid 62...AA1 - 2441 - 244
16GLUGLULYSLYS(chain A and (resid 1 through 61 or (resid 62...AA1 - 2441 - 244
17GLUGLULYSLYS(chain A and (resid 1 through 61 or (resid 62...AA1 - 2441 - 244
18GLUGLULYSLYS(chain A and (resid 1 through 61 or (resid 62...AA1 - 2441 - 244
21GLUGLUALAALA(chain B and (resid 1 through 61 or (resid 62...BB1 - 611 - 61
22ASPASPASPASP(chain B and (resid 1 through 61 or (resid 62...BB6262
23GLUGLULYSLYS(chain B and (resid 1 through 61 or (resid 62...BB1 - 2441 - 244
24GLUGLULYSLYS(chain B and (resid 1 through 61 or (resid 62...BB1 - 2441 - 244
25GLUGLULYSLYS(chain B and (resid 1 through 61 or (resid 62...BB1 - 2441 - 244
26GLUGLULYSLYS(chain B and (resid 1 through 61 or (resid 62...BB1 - 2441 - 244
27GLUGLULYSLYS(chain B and (resid 1 through 61 or (resid 62...BB1 - 2441 - 244
28GLUGLULYSLYS(chain B and (resid 1 through 61 or (resid 62...BB1 - 2441 - 244

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要素

#1: 抗体 spFv GLK1 HL


分子量: 26561.365 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pUNDER / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.69 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 / 詳細: 100 mM MES, 750 mM (NH4)2SO4, 5% PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月17日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: ACCEL SI (111) DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→35.35 Å / Num. obs: 24805 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5.36 % / Biso Wilson estimate: 36.761 Å2 / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.152 / Rrim(I) all: 0.167 / Χ2: 0.961 / Net I/σ(I): 7.38 / Num. measured all: 132954 / Scaling rejects: 180
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.1-2.153.3860.6072.3318400.8280.72199.2
2.15-2.213.310.5452.4817650.8270.64998.2
2.21-2.283.2930.4592.817120.8850.54899.1
2.28-2.354.9120.5423.3416880.8740.60799.1
2.35-2.426.0640.5313.8616460.9150.58199.6
2.42-2.515.9790.4344.5415880.9470.47699.7
2.51-2.66.1570.385.1215060.9530.41699.7
2.6-2.716.0150.3155.815140.9640.34599.3
2.71-2.836.140.2716.8314050.9770.296100
2.83-2.975.9690.2167.7713430.9830.237100
2.97-3.136.1030.1828.9912950.980.299.7
3.13-3.325.9730.15210.6312060.9870.16799.9
3.32-3.555.9510.12712.0511340.9870.13999.3
3.55-3.835.9560.11813.1710710.990.12999.9
3.83-4.25.9060.10914.019870.990.11999.8
4.2-4.75.7760.115.098820.9880.1199.2
4.7-5.425.8010.09515.127730.9880.104100
5.42-6.646.1690.10215.36630.9930.111100
6.64-9.395.9550.09115.645080.9940.09999.6
9.39-35.356.0820.116.892790.990.10999.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18_3855精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3na9

3na9


解像度: 2.1→35.35 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 位相誤差: 27.07 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2238 1238 4.99 %
Rwork0.182 23551 -
obs0.1842 24789 99.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 79.53 Å2 / Biso mean: 34.7036 Å2 / Biso min: 17.03 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→35.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3564 0 0 180 3744
Biso mean---37.08 -
残基数----487
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2077X-RAY DIFFRACTION8.581TORSIONAL
12B2077X-RAY DIFFRACTION8.581TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1-2.180.32751370.2572592272999
2.18-2.280.30511360.24252598273499
2.28-2.40.30411380.22782618275699
2.4-2.550.29031380.211926282766100
2.55-2.750.23991380.213926142752100
2.75-3.030.24441370.201826112748100
3.03-3.470.24131390.176226432782100
3.47-4.370.16451370.149326172754100
4.37-35.350.17241380.148126302768100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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