PDB-8dxl: HIV-1 reverse transcriptase/rilpivirine with bound fragment 4-iod...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8dxl

タイトル

HIV-1 reverse transcriptase/rilpivirine with bound fragment 4-iodopyrazole at multiple sites

要素

Reverse transcriptase/ribonuclease H
p51 RT

キーワード

TRANSFERASE / HIV-1 reverse transcriptase

機能・相同性

機能・相同性情報

HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus ...
類似検索 - 分子機能

Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Chopra, A. / Ruiz, F.X. / Bauman, J.D. / Arnold, E.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Halo Library, a Tool for Rapid Identification of Ligand Binding Sites on Proteins Using Crystallographic Fragment Screening.
著者: Chopra, A. / Bauman, J.D. / Ruiz, F.X. / Arnold, E.

履歴

登録	2022年8月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年5月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8dxl.cif.gz	481.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8dxl.ent.gz	347 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8dxl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8dxl_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8dxl_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	8dxl_validation.xml.gz	46 KB	表示
CIF形式データ	8dxl_validation.cif.gz	67.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dx/8dxl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dx/8dxl	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8dx2C 8dx3C 8dx8C 8dxbC 8dxeC 8dxgC 8dxhC 8dxiC 8dxjC 8dxkC 8dxmC 4g1qS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#33 - 2002年9月 HIV逆転写酵素 (HIV Reverse Transcriptase) 類似性 (1) #227 - 2018年11月テロメラーゼ (Telomerase) 類似性 (1) #13 - 2001年1月アルコール脱水素酵素 (Alcohol Dehydrogenase) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Reverse transcriptase/ribonuclease H

B: p51 RT

ヘテロ分子

116 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	162.318, 73.314, 109.398
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 100.622, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Reverse transcriptase/ribonuclease H / Exoribonuclease H / p66 RT 分子量: 63989.238 Da / 分子数: 1 / 変異: K172A, K173A, C280S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (isolate BH10) (ヒト免疫不全ウイルス) 株: isolate BH10 / 遺伝子: gag-pol / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, retroviral ribonuclease H, exoribonuclease H
#2: タンパク質	p51 RT 分子量: 50039.488 Da / 分子数: 1 / 変異: C280S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (isolate BH10) (ヒト免疫不全ウイルス) 株: isolate BH10 / 遺伝子: gag-pol / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03366

#1: タンパク質

Reverse transcriptase/ribonuclease H / Exoribonuclease H / p66 RT

分子量: 63989.238 Da / 分子数: 1 / 変異: K172A, K173A, C280S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (isolate BH10) (ヒト免疫不全ウイルス)
株: isolate BH10 / 遺伝子: gag-pol / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, retroviral ribonuclease H, exoribonuclease H

#2: タンパク質

p51 RT

分子量: 50039.488 Da / 分子数: 1 / 変異: C280S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (isolate BH10) (ヒト免疫不全ウイルス)
株: isolate BH10 / 遺伝子: gag-pol / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03366

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非ポリマー , 7種, 775分子

#3: 化合物	ChemComp-T27 / 4-{[4-({4-[(E)-2-cyanoethenyl]-2,6-dimethylphenyl}amino)pyrimidin-2-yl]amino}benzonitrile / Rilpivirine / 4-[[4-[[4-(2-シアノエテニル)-2,6-ジメチルフェニル]アミノ]ピリミジン-2-イル]アミノ]ベンゾニト(以下略) 分子量: 366.419 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₁₈N₆ / コメント: 薬剤, 阻害剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#8: 化合物	ChemComp-PYZ / 4-IODOPYRAZOLE / 4-ヨ-ド-1H-ピラゾ-ル分子量: 193.974 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₃IN₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 756 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.81 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.15 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 10-12% PEG 8000, 4% PEG 400, 100 mM imidazole pH 6.4-6.6, 15 mM MgSO4, 100 mM amm sulfate, 5 mM TCEP PH範囲: 6.4-6.6

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月12日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.25→50 Å / Num. obs: 57443 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.096 / R_pim(I) all: 0.049 / R_rim(I) all: 0.108 / Χ²: 1.078 / Net I/σ(I): 14.9 / Num. measured all: 218359

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.25-2.29	2.5	0.531	2685	0.201	0.346	0.639	1.212	89.8
2.29-2.33	2.5	0.465	2711	0.258	0.316	0.567	1.181	90.9
2.33-2.38	2.5	0.393	2677	0.439	0.268	0.479	1.147	90
2.38-2.42	2.6	0.377	2716	0.475	0.252	0.457	1.158	91.6
2.42-2.48	2.9	0.338	2825	0.632	0.215	0.404	1.104	93.7
2.48-2.53	3	0.302	2805	0.748	0.188	0.358	1.158	93.9
2.53-2.6	3.1	0.267	2766	0.808	0.163	0.315	1.072	94.6
2.6-2.67	3.2	0.236	2828	0.852	0.141	0.277	1.188	94.6
2.67-2.75	3.3	0.208	2862	0.903	0.123	0.244	1.074	95.8
2.75-2.83	3.2	0.175	2852	0.938	0.103	0.204	1.136	95.7
2.83-2.94	3.8	0.156	2890	0.963	0.084	0.179	0.981	97.1
2.94-3.05	3.9	0.14	2916	0.971	0.075	0.159	1.147	97.1
3.05-3.19	3.9	0.123	2916	0.976	0.066	0.14	1.049	97.5
3.19-3.36	4.6	0.109	2933	0.988	0.052	0.122	1.182	98.7
3.36-3.57	4.8	0.099	2990	0.99	0.047	0.11	0.972	99.5
3.57-3.85	4.9	0.092	2985	0.991	0.043	0.101	0.992	99.2
3.85-4.23	4.9	0.076	2977	0.994	0.036	0.084	1.112	99.2
4.23-4.85	5	0.068	2987	0.995	0.031	0.075	0.993	99.4
4.85-6.1	5.5	0.061	3029	0.996	0.027	0.067	1.014	99.5
6.1-50	5.2	0.061	3093	0.996	0.027	0.067	1.062	99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	dev_3051	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4G1Q

4g1q

解像度: 2.25→41.2 Å / SU ML: 0.2252 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 20.2449
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2079	3558	3.47 %
R_work	0.1823	99038	-
obs	0.1832	57431	87 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 47.99 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→41.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7945	0	107	756	8808

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0135	8295
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.4716	11268
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0892	1210
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0088	1431
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.9097	3143

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.25-2.28	0.2786	98	0.2753	2833	X-RAY DIFFRACTION	60.71
2.28-2.31	0.2899	113	0.2628	3346	X-RAY DIFFRACTION	74.36
2.31-2.35	0.2771	119	0.2593	3446	X-RAY DIFFRACTION	75.15
2.35-2.38	0.2651	118	0.2581	3320	X-RAY DIFFRACTION	72.82
2.38-2.42	0.2969	123	0.2512	3424	X-RAY DIFFRACTION	75.86
2.42-2.46	0.2829	132	0.2449	3655	X-RAY DIFFRACTION	80.18
2.46-2.51	0.2924	125	0.2374	3686	X-RAY DIFFRACTION	81
2.51-2.56	0.2651	138	0.2239	3723	X-RAY DIFFRACTION	82.52
2.56-2.61	0.2781	142	0.2255	3871	X-RAY DIFFRACTION	83.92
2.61-2.67	0.2552	141	0.2143	3743	X-RAY DIFFRACTION	83.08
2.67-2.73	0.2377	138	0.2044	3853	X-RAY DIFFRACTION	84.88
2.73-2.8	0.1902	142	0.197	3872	X-RAY DIFFRACTION	84.08
2.8-2.87	0.2399	136	0.1892	4008	X-RAY DIFFRACTION	87.74
2.87-2.96	0.2113	149	0.1904	4066	X-RAY DIFFRACTION	90.14
2.96-3.05	0.2243	151	0.1925	4138	X-RAY DIFFRACTION	90.68
3.05-3.16	0.1998	154	0.1847	4145	X-RAY DIFFRACTION	91.35
3.16-3.29	0.1902	157	0.181	4320	X-RAY DIFFRACTION	94.93
3.29-3.44	0.2254	152	0.1642	4338	X-RAY DIFFRACTION	95.8
3.44-3.62	0.1874	159	0.1634	4431	X-RAY DIFFRACTION	97.18
3.62-3.84	0.1928	161	0.1601	4468	X-RAY DIFFRACTION	97.33
3.84-4.14	0.1787	158	0.1474	4388	X-RAY DIFFRACTION	97.62
4.14-4.56	0.1623	161	0.1448	4495	X-RAY DIFFRACTION	98.1
4.56-5.22	0.1726	163	0.1585	4483	X-RAY DIFFRACTION	98.2
5.22-6.57	0.209	161	0.1888	4460	X-RAY DIFFRACTION	98.84
6.57-41.2	0.1876	167	0.1686	4526	X-RAY DIFFRACTION	99.36

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.365294876452	0.113031320419	0.171927071672	0.163744990259	0.301842896982	0.87206388153	0.105088407056	-0.0999226780083	-0.103473486545	0.179719873403	0.0442572594919	0.0472498078543	0.167834208419	-0.0511232157782	0.130637747368	0.273392678169	0.00208275546821	0.00743138592832	0.156175856936	0.0460208759205	0.202805062672	43.7805818751	-21.617315296	52.7271336061
2	0.420246978675	-0.335657473573	0.332333436745	0.313289476156	-0.155141571836	0.323140166663	0.0247784043428	-0.0555500838664	-0.0582938488551	-0.00536166542296	0.0530653450285	0.092944348942	0.0462004607132	-0.0893852906046	0.0121686557606	0.124026152978	0.00486840647516	0.0165491702396	0.178745675616	-0.000389651437892	0.189891407001	24.1227974416	-3.59152680625	11.8160704413
3	0.226728369804	-0.0864108427541	0.155921545083	0.354067190208	-0.292193513393	0.262088051923	0.0292391587597	-0.00374541218466	-0.0624170359417	0.208237300739	-0.0504044357625	-0.0257145703673	-0.035367346327	0.0694687862523	1.17117305162E-7	0.243771955633	-0.0211830991482	-0.00680362667858	0.255077937644	-0.0054453592699	0.217803129374	56.447983145	-0.0504770507769	40.2306341452
4	0.0953073355233	-0.127140588013	-0.0190896323361	0.201066887502	0.0842312090094	0.131744083245	-0.197989713055	0.1913120688	0.183426052902	0.0402222160832	-0.0389661794271	0.109334186327	-0.162000332701	0.181119417	-0.0432165999704	0.311954543875	-0.0864333716335	-0.0603081903499	0.304506237647	0.0436441341967	0.285400294952	55.6561698841	13.8631284753	31.2902660255
5	0.556066605546	-0.394830411805	0.409459779627	0.691725672217	-0.0464333830939	0.369589728376	-0.12736283149	0.335610439785	0.229145658398	0.24957918229	0.0213911926412	-0.286196921556	0.0157545954533	0.382661306138	0.0386720379329	0.183414788995	-0.1834191477	-0.0826546676224	0.359740295092	0.137931486854	0.336581076992	64.4853712007	13.6864380663	30.7170021021
6	0.029042771619	0.0239630121656	0.00285902596282	0.0182234534391	-0.0204398805667	0.0460164632775	-0.0138988791055	-0.036833813973	-0.00559236991116	0.104562074632	-0.0208402583854	0.0118308561696	-0.0199429365362	0.111743817271	-5.534120465E-7	0.217939431358	-0.0377882190165	0.0170888861106	0.256731878959	-0.02675235016	0.193132299101	30.840656924	25.2031236741	2.81692992858
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8	0.123267061174	0.0150121288876	0.0657649132952	0.212252618533	-0.0289047863271	0.168848689488	-0.0138919045715	0.0843209710606	0.0348581242067	0.0948502069247	-0.0852413633118	0.0255085118319	-0.0452543553898	0.0164249678305	1.50461499693E-8	0.195293272122	-0.02382933936	-0.00230099965446	0.169002090204	0.0122608662838	0.202911942667	43.1717138232	10.2829646553	20.214919383

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid -1 through 296 )	A	A	-1 - 296	1 - 298
2	2	chain 'A' and (resid 297 through 554 )	A	A	297 - 554	299 - 556
3	3	chain 'B' and (resid 5 through 59 )	B	B	5 - 59	1 - 55
4	4	chain 'B' and (resid 60 through 104 )	B	B	60 - 104	56 - 100
5	5	chain 'B' and (resid 105 through 238 )	B	B	105 - 238	101 - 225
6	6	chain 'B' and (resid 239 through 269 )	B	B	239 - 269	226 - 256
7	7	chain 'B' and (resid 270 through 363 )	B	B	270 - 363	257 - 350
8	8	chain 'B' and (resid 364 through 428 )	B	B	364 - 428	351 - 415

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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