PDB-8dxe: HIV-1 reverse transcriptase/rilpivirine with bound fragment 2-ami...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8dxe

タイトル

HIV-1 reverse transcriptase/rilpivirine with bound fragment 2-amino-6-fluorobenzonitrile at the NNRTI adjacent site

要素

Reverse transcriptase/ribonuclease H
p51 RT

キーワード

TRANSFERASE / HIV-1 reverse transcriptase

機能・相同性

機能・相同性情報

HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency ...
類似検索 - 分子機能

Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Chopra, A. / Ruiz, F.X. / Bauman, J.D. / Arnold, E.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Halo Library, a Tool for Rapid Identification of Ligand Binding Sites on Proteins Using Crystallographic Fragment Screening.
著者: Chopra, A. / Bauman, J.D. / Ruiz, F.X. / Arnold, E.

履歴

登録	2022年8月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年5月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8dxe.cif.gz	480.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8dxe.ent.gz	346.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8dxe.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8dxe_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8dxe_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	8dxe_validation.xml.gz	42.7 KB	表示
CIF形式データ	8dxe_validation.cif.gz	63.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dx/8dxe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dx/8dxe	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8dx2C 8dx3C 8dx8C 8dxbC 8dxgC 8dxhC 8dxiC 8dxjC 8dxkC 8dxlC 8dxmC 4g1qS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#33 - 2002年9月 HIV逆転写酵素 (HIV Reverse Transcriptase) 類似性 (1) #227 - 2018年11月テロメラーゼ (Telomerase) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Reverse transcriptase/ribonuclease H

B: p51 RT

ヘテロ分子

115 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	162.226, 72.717, 109.555
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 100.508, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1022- HOH

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Reverse transcriptase/ribonuclease H / Exoribonuclease H / p66 RT 分子量: 63989.238 Da / 分子数: 1 / 変異: K172A, K173A, C280S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (isolate BH10) (ヒト免疫不全ウイルス) 株: isolate BH10 / 遺伝子: gag-pol / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, retroviral ribonuclease H, exoribonuclease H
#2: タンパク質	p51 RT 分子量: 50039.488 Da / 分子数: 1 / 変異: C280S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (isolate BH10) (ヒト免疫不全ウイルス) 株: isolate BH10 / 遺伝子: gag-pol / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03366

#1: タンパク質

Reverse transcriptase/ribonuclease H / Exoribonuclease H / p66 RT

分子量: 63989.238 Da / 分子数: 1 / 変異: K172A, K173A, C280S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (isolate BH10) (ヒト免疫不全ウイルス)
株: isolate BH10 / 遺伝子: gag-pol / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, retroviral ribonuclease H, exoribonuclease H

#2: タンパク質

p51 RT

分子量: 50039.488 Da / 分子数: 1 / 変異: C280S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (isolate BH10) (ヒト免疫不全ウイルス)
株: isolate BH10 / 遺伝子: gag-pol / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03366

-
非ポリマー , 7種, 667分子

#3: 化合物	ChemComp-0IF / 2-amino-6-fluorobenzonitrile / 2-アミノ-6-フルオロベンゾニトリル分子量: 136.126 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₅FN₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-T27 / 4-{[4-({4-[(E)-2-cyanoethenyl]-2,6-dimethylphenyl}amino)pyrimidin-2-yl]amino}benzonitrile / Rilpivirine / 4-[[4-[[4-(2-シアノエテニル)-2,6-ジメチルフェニル]アミノ]ピリミジン-2-イル]アミノ]ベンゾニト(以下略) 分子量: 366.419 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₁₈N₆ / コメント: 薬剤, 阻害剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#7: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 652 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.85 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 10-12% PEG 8000, 4% PEG 400, 100 mM imidazole pH 6.4-6.6, 15 mM MgSO4, 100 mM amm sulfate, 5 mM TCEP PH範囲: 6.4-6.6

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月19日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 106434 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.075 / R_pim(I) all: 0.045 / R_rim(I) all: 0.087 / Χ²: 1.074 / Net I/σ(I): 10.1 / Num. measured all: 380131

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.85-1.88	3.6	0.594	5240	0.718	0.363	0.698	0.97	99.4
1.88-1.92	3.5	0.514	5302	0.686	0.316	0.605	1.125	99.3
1.92-1.95	3.5	0.406	5272	0.773	0.251	0.479	1.135	99.3
1.95-1.99	3.4	0.327	5244	0.866	0.208	0.389	1.088	99.4
1.99-2.04	3.6	0.279	5323	0.907	0.171	0.328	1.097	99.6
2.04-2.08	3.5	0.236	5294	0.926	0.146	0.279	1.214	99.6
2.08-2.14	3.5	0.193	5303	0.949	0.119	0.228	1.113	99.6
2.14-2.19	3.7	0.17	5305	0.964	0.102	0.199	1.088	99.7
2.19-2.26	3.6	0.156	5297	0.953	0.095	0.184	1.201	99.7
2.26-2.33	3.6	0.136	5316	0.972	0.083	0.16	1.068	99.8
2.33-2.41	3.4	0.12	5320	0.977	0.075	0.142	1.039	99.8
2.41-2.51	3.6	0.11	5294	0.98	0.067	0.129	1.045	99.6
2.51-2.63	3.5	0.099	5345	0.983	0.06	0.117	1.067	99.6
2.63-2.76	3.7	0.092	5282	0.984	0.055	0.108	1.149	99.7
2.76-2.94	3.7	0.084	5348	0.986	0.05	0.098	1.036	99.8
2.94-3.16	3.6	0.079	5369	0.985	0.048	0.092	1.006	99.8
3.16-3.48	3.6	0.072	5312	0.988	0.044	0.085	1.099	99.8
3.48-3.99	3.8	0.064	5383	0.991	0.038	0.074	0.976	99.9
3.99-5.02	3.6	0.06	5384	0.991	0.036	0.07	1.008	99.9
5.02-50	3.6	0.055	5501	0.976	0.033	0.065	0.985	99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	dev_3051	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4G1Q

4g1q

解像度: 1.85→42.06 Å / SU ML: 0.2028 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.3923
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2166	3768	1.88 %
R_work	0.1889	196748	-
obs	0.1895	106428	94.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.57 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→42.06 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7949	0	89	654	8692

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	8306
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.1509	11289
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0789	1219
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0076	1427
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.4351	3148

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.85-1.87	0.2972	107	0.2961	5815	X-RAY DIFFRACTION	75.96
1.87-1.9	0.2608	137	0.2748	7250	X-RAY DIFFRACTION	93.96
1.9-1.92	0.287	137	0.2652	7168	X-RAY DIFFRACTION	93.47
1.92-1.95	0.2564	136	0.2463	7137	X-RAY DIFFRACTION	93.3
1.95-1.98	0.3058	143	0.2388	7138	X-RAY DIFFRACTION	93.17
1.98-2.01	0.2458	143	0.2289	7178	X-RAY DIFFRACTION	93.9
2.01-2.04	0.2547	137	0.2244	7251	X-RAY DIFFRACTION	94.86
2.04-2.08	0.2239	137	0.2238	7337	X-RAY DIFFRACTION	94.36
2.08-2.11	0.2321	139	0.2176	7273	X-RAY DIFFRACTION	94.42
2.11-2.16	0.2436	139	0.2115	7281	X-RAY DIFFRACTION	95.36
2.16-2.2	0.248	143	0.2038	7327	X-RAY DIFFRACTION	95.66
2.2-2.25	0.2541	135	0.2086	7221	X-RAY DIFFRACTION	95.25
2.25-2.3	0.2609	138	0.2043	7359	X-RAY DIFFRACTION	95.28
2.3-2.36	0.2353	144	0.2044	7242	X-RAY DIFFRACTION	94.23
2.36-2.42	0.2746	140	0.2054	7306	X-RAY DIFFRACTION	95.4
2.42-2.49	0.2579	141	0.2048	7400	X-RAY DIFFRACTION	96.2
2.49-2.57	0.2948	138	0.2087	7327	X-RAY DIFFRACTION	95.56
2.57-2.66	0.2479	144	0.2049	7428	X-RAY DIFFRACTION	96.53
2.66-2.77	0.2549	143	0.2002	7387	X-RAY DIFFRACTION	96.61
2.77-2.9	0.2229	145	0.1945	7426	X-RAY DIFFRACTION	97
2.9-3.05	0.2402	143	0.1954	7422	X-RAY DIFFRACTION	96.68
3.05-3.24	0.207	143	0.1902	7483	X-RAY DIFFRACTION	97.68
3.24-3.49	0.1903	142	0.1847	7496	X-RAY DIFFRACTION	97.59
3.49-3.84	0.1908	146	0.1693	7551	X-RAY DIFFRACTION	98.1
3.84-4.4	0.2006	142	0.154	7473	X-RAY DIFFRACTION	97.79
4.4-5.54	0.1937	146	0.163	7552	X-RAY DIFFRACTION	98.16
5.54-42.06	0.1579	140	0.1735	7520	X-RAY DIFFRACTION	98.04

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.129426999612	0.347439111714	0.0434685993728	0.10873903499	0.424647231588	1.07984301455	0.148438884106	-0.127750478929	-0.132022646778	0.158624758108	0.0415447737	0.0538562551076	0.188329776284	-0.0523894896088	0.0764435268811	0.366352519411	0.0160823034878	-0.00344159314028	0.245849590501	0.0591005646087	0.273868550366	43.8876043127	-21.3972429361	52.8371047804
2	0.898330810245	-0.439861421116	0.806478430115	0.106611220652	-0.32009668062	0.648469862943	0.0258980628912	-0.0897537645158	-0.12765403587	0.0384261268644	0.0864876740384	0.104014471188	0.0755811841202	-0.136730197487	0.000699661953934	0.177606347439	0.0049777160273	0.0345668408727	0.240579320914	0.00260026748133	0.255854107913	24.1357759221	-3.63358611766	11.778146231
3	0.575727404982	-0.00806982692968	0.290006054179	0.648871460948	-0.265505951965	0.438704625552	-0.0270170870497	0.0174708265724	-0.0183387677415	0.179330637438	-0.0734871553742	0.00303989184153	-0.0767837623537	0.141337659352	2.01827829979E-9	0.273336939033	-0.0271946448905	-0.00670560007039	0.280931506145	0.00187022328353	0.22081760294	56.1730966314	1.40877435201	36.7921327062
4	1.12576014997	-0.683820895627	0.879277903445	0.730641995455	-0.270523260546	0.404509273017	-0.31829710028	0.483598991156	0.430517649489	0.324371372704	0.124796008867	-0.479508052561	-0.0912642560281	0.564057027938	0.00895854038479	0.279335547361	-0.3007395861	-0.099523727562	0.413543056929	0.142772953751	0.399570890747	63.2595554548	15.3666743795	31.1754437004
5	0.357304720726	0.342348382021	0.283315477737	0.937205251406	0.0232312086307	0.986168072952	-0.172086837857	0.108388514761	0.221782206746	0.15774298684	0.0173146896994	0.0212706837351	-0.21806161553	0.0922827137668	-0.00218863365176	0.235713445864	-0.029481291305	0.0135974007347	0.221007037498	-0.00878449024351	0.226186076034	32.8656280102	24.809436095	7.73425081382
6	0.308017548415	-0.0254573579372	0.155012206989	0.516270856508	-0.0937583239438	0.284308283168	0.0141423589042	0.116963992681	0.0509968556688	0.0605949806884	-0.118681796534	0.0243560931039	-0.118299595984	0.0230510210759	-2.77142943325E-8	0.231244210329	-0.0135784089088	0.0165532745862	0.214298591446	-0.00555012456028	0.230540104703	42.9547454226	10.4159577211	19.9922870891

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid -1 through 296 )	A	A	-1 - 296	1 - 298
2	2	chain 'A' and (resid 297 through 554 )	A	A	297 - 554	299 - 556
3	3	chain 'B' and (resid 5 through 83 )	B	C	5 - 83	1 - 79
4	4	chain 'B' and (resid 84 through 238 )	B	C	84 - 238	80 - 225
5	5	chain 'B' and (resid 239 through 363 )	B	C	239 - 363	226 - 350
6	6	chain 'B' and (resid 364 through 428 )	B	C	364 - 428	351 - 415

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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