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- PDB-8dx6: [C:Hg2+/Ag+:C--pH 5.5] Metal-mediated DNA base pair in tensegrity... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dx6
タイトル[C:Hg2+/Ag+:C--pH 5.5] Metal-mediated DNA base pair in tensegrity triangle in Ag+ and Hg2+ solution
要素
  • DNA (5'-D(*GP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*CP*TP*GP*TP*CP*TP*GP*GP*AP*CP*AP*TP*CP*A)-3')
  • DNA (5'-D(P*CP*CP*AP*CP*AP*CP*A)-3')
  • DNA (5'-D(P*CP*TP*GP*AP*TP*GP*T)-3')
  • DNA (5'-D(P*GP*GP*CP*TP*GP*CP*T)-3')
キーワードDNA / Tensegrity triangle / self-assembling crystal / metal-mediated mismatch
機能・相同性SILVER ION / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 5.34 Å
データ登録者Lu, B. / Vecchioni, S. / Seeman, N.C. / Sha, R. / Ohayon, Y.P.
資金援助 米国, フランス, 6件
組織認可番号国
Office of Naval Research (ONR)N000141912596 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-SC0007991 米国
National Science Foundation (NSF, United States)2106790 米国
Human Frontier Science Program (HFSP)RPG0010/2017 フランス
National Science Foundation (NSF, United States)DMR-1420073 米国
National Aeronautic Space Administration (NASA, United States)2020 NASA Center Innovation Fund 米国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2023
タイトル: Heterobimetallic Base Pair Programming in Designer 3D DNA Crystals.
著者: Lu, B. / Ohayon, Y.P. / Woloszyn, K. / Yang, C.F. / Yoder, J.B. / Rothschild, L.J. / Wind, S.J. / Hendrickson, W.A. / Mao, C. / Seeman, N.C. / Canary, J.W. / Sha, R. / Vecchioni, S.
履歴
登録2022年8月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月30日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*CP*TP*GP*TP*CP*TP*GP*GP*AP*CP*AP*TP*CP*A)-3')
B: DNA (5'-D(P*CP*CP*AP*CP*AP*CP*A)-3')
C: DNA (5'-D(P*GP*GP*CP*TP*GP*CP*T)-3')
D: DNA (5'-D(P*CP*TP*GP*AP*TP*GP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,8655
ポリマ－12,7574
非ポリマー1081
水00
1
A: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*CP*TP*GP*TP*CP*TP*GP*GP*AP*CP*AP*TP*CP*A)-3')
B: DNA (5'-D(P*CP*CP*AP*CP*AP*CP*A)-3')
C: DNA (5'-D(P*GP*GP*CP*TP*GP*CP*T)-3')
D: DNA (5'-D(P*CP*TP*GP*AP*TP*GP*T)-3')
ヘテロ分子

A: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*CP*TP*GP*TP*CP*TP*GP*GP*AP*CP*AP*TP*CP*A)-3')
B: DNA (5'-D(P*CP*CP*AP*CP*AP*CP*A)-3')
C: DNA (5'-D(P*GP*GP*CP*TP*GP*CP*T)-3')
D: DNA (5'-D(P*CP*TP*GP*AP*TP*GP*T)-3')
ヘテロ分子

A: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*CP*TP*GP*TP*CP*TP*GP*GP*AP*CP*AP*TP*CP*A)-3')
B: DNA (5'-D(P*CP*CP*AP*CP*AP*CP*A)-3')
C: DNA (5'-D(P*GP*GP*CP*TP*GP*CP*T)-3')
D: DNA (5'-D(P*CP*TP*GP*AP*TP*GP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,59615
ポリマ－38,27212
非ポリマー3243
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)107.801, 107.801, 90.309
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Space group name HallR3
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z
#3: -x+y,-x,z
#4: x+1/3,y+2/3,z+2/3
#5: -y+1/3,x-y+2/3,z+2/3
#6: -x+y+1/3,-x+2/3,z+2/3
#7: x+2/3,y+1/3,z+1/3
#8: -y+2/3,x-y+1/3,z+1/3
#9: -x+y+2/3,-x+1/3,z+1/3

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*CP*TP*GP*TP*CP*TP*GP*GP*AP*CP*AP*TP*CP*A)-3')


分子量: 6448.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*CP*CP*AP*CP*AP*CP*A)-3')


分子量: 2051.390 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*GP*CP*TP*GP*CP*T)-3')


分子量: 2129.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(P*CP*TP*GP*AP*TP*GP*T)-3')


分子量: 2128.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#5: 化合物 ChemComp-AG / SILVER ION


分子量: 107.868 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ag / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 7.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 84.46 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 40 mM Tris, 125 mM Magnesium sulfate, 12 uM silver nitrate, 24 uM mercury chloride
Temp details: 338-293 at 0.4/hr

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1.00743 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00743 Å / 相対比: 1
反射解像度: 5.31→64.91 Å / Num. obs: 2184 / % possible obs: 85.6 % / 冗長度: 10.6 % / Biso Wilson estimate: 367.75 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 5.31→6.17 Å / Num. unique obs: 438 / CC1/2: 0.127

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
autoPROCデータ削減
STARANISOデータスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 5.34→32.87 Å / SU ML: 0.9164 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 41.0057
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2608 76 3.98 %
Rwork0.1936 1835 -
obs0.1955 1911 69.04 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 519.59 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 5.34→32.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 856 1 0 857
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083956
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.05911467
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0615167
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005742
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d38.6978407
LS精密化 シェル解像度: 5.34→32.87 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2608 76 -
Rwork0.1936 1835 -
obs--69.04 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.04088872115-0.8636341888560.8430217353088.39543957844-1.966958863510.676292248404-1.04727378046-2.657631470450.4693361907230.0365328453942.378748788510.6686879667710.283610160407-0.5878073279151.868056811474.09817394373-0.111403094687-0.8948940627346.2427589872-1.63964179122.95647480743-14.8205089517-3.8397541863523.4987454265
21.052322290380.0807129864293-0.1727837204380.06497357419110.6021167901285.864166619820.7591333272650.826644873896-1.338585439150.6353082361430.740796137558-1.189899667032.103399414350.205894408502-0.09745499979731.94302607137-0.109055428933-3.127013668743.96984790798-0.773573619562.83121439952-14.0394560278-0.82331503751722.2392034431
30.4527103499010.262858319126-0.5953724649670.128235610771-0.3174840534340.763765662324-1.11823688805-1.80998235696-1.58305456619-0.62886466087-1.617108653943.444691935822.00041708524-4.85095679646-0.04000859057057.25039898361-0.7011653058730.01786798758695.382411827370.912193199274.43985204447-17.0109097116-21.262961159635.1063965478
41.988100001165.085665949755.0315248182.073118783711.815140219594.05774987666-3.839710441611.82522261736-0.737540896448-0.9524507652394.98940806015-1.30864652433-1.138790237441.458454490090.1734643949975.188012367780.2900442298263.121636413532.77273976901-0.1844635865277.43559209305-12.4740091219.45207273588.90064916486
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 1 through 21)AA1 - 21
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 1 through 7)BB1 - 7
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resid 8 through 14)CC8 - 14
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'D' and resid 1 through 7)DD1 - 7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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