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- PDB-8dx0: VanSC CA domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dx0
タイトルVanSC CA domain
要素Histidine kinase
キーワードSIGNALING PROTEIN / ATP binding / histidine kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase ...: / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Enterococcus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Loll, P.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI148679 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: Structure of VanS from vancomycin-resistant enterococci: A sensor kinase with weak ATP binding.
著者: Grasty, K.C. / Guzik, C. / D'Lauro, E.J. / Padrick, S.B. / Beld, J. / Loll, P.J.
履歴
登録2022年8月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histidine kinase
B: Histidine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,7185
ポリマ－34,6452
非ポリマー733
水4,107228
1
A: Histidine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,3472
ポリマ－17,3231
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Histidine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,3713
ポリマ－17,3231
非ポリマー492
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)62.700, 40.230, 64.710
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.640, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Histidine kinase


分子量: 17322.699 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterococcus (バクテリア) / 遺伝子: vanSc / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9KJT3, histidine kinase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 228 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.76 %
結晶化温度: 277 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7
詳細: Protein was concentrated to 2.5 mg/mL in 20 mM Tris pH 7.8, 150 mM NaCl supplemented with 2.5 mM AMP-PNP and 5 mM MgCl2. Protein and precipitant were mixed in a volume ratio of 1:3 and ...詳細: Protein was concentrated to 2.5 mg/mL in 20 mM Tris pH 7.8, 150 mM NaCl supplemented with 2.5 mM AMP-PNP and 5 mM MgCl2. Protein and precipitant were mixed in a volume ratio of 1:3 and incubated under Als Oil at 277 K; the precipitant solution was 22% (w/v) PEG 6000, 100 mM HEPES buffer at pH 7.0. Crystals of comparable appearance and diffraction quality were obtained using MES buffer at pH 6.0, and Tris buffer at pH 8.0.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→64.7 Å / Num. obs: 55912 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 21.96 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.036 / Rpim(I) all: 0.016 / Rrim(I) all: 0.039 / Net I/σ(I): 22.8
反射 シェル解像度: 1.45→1.5 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.6 / Num. unique obs: 4842 / CC1/2: 0.682 / Rpim(I) all: 0.386 / Rrim(I) all: 0.718 / % possible all: 84.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Six models from SwissModel combined with Ensembler

解像度: 1.45→34.16 Å / SU ML: 0.1662 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 23.1022 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2004 2729 4.88 %
Rwork0.1854 53160 -
obs0.1862 55889 97.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 28.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→34.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2232 0 3 228 2463
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00962328
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.06763173
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0913378
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0068411
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.0416912
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.45-1.480.33111150.28352286X-RAY DIFFRACTION80.17
1.48-1.50.28981340.26192577X-RAY DIFFRACTION90.04
1.5-1.540.26341200.24092794X-RAY DIFFRACTION97.62
1.54-1.570.26251320.22262837X-RAY DIFFRACTION98.15
1.57-1.610.24021610.21282774X-RAY DIFFRACTION97.35
1.61-1.650.2231600.19482812X-RAY DIFFRACTION99.1
1.65-1.690.22411550.1912833X-RAY DIFFRACTION98.19
1.69-1.740.26211370.20082815X-RAY DIFFRACTION98.14
1.74-1.80.21041180.20342843X-RAY DIFFRACTION99.3
1.8-1.860.2481200.20152863X-RAY DIFFRACTION98.84
1.86-1.930.20611580.18362828X-RAY DIFFRACTION99.07
1.93-2.020.22421140.18582912X-RAY DIFFRACTION98.79
2.02-2.130.20111260.18732826X-RAY DIFFRACTION98.14
2.13-2.260.18161810.1782814X-RAY DIFFRACTION99.14
2.26-2.440.17981310.18572880X-RAY DIFFRACTION99.41
2.44-2.680.23591730.19122803X-RAY DIFFRACTION97.03
2.68-3.070.22031310.19622879X-RAY DIFFRACTION99.18
3.07-3.870.17731670.17392842X-RAY DIFFRACTION97.98
3.87-34.160.17661960.16692942X-RAY DIFFRACTION99.08
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 17.04657852 Å / Origin y: 8.49773461621 Å / Origin z: 14.1315729981 Å
111213212223313233
T0.169872369928 Å20.0273954599045 Å20.000712615121355 Å2-0.186128439686 Å20.0152072397144 Å2--0.190709472354 Å2
L0.579368205052 °20.462751229036 °20.403961029788 °2-0.91218284393 °20.597767676252 °2--0.810859536441 °2
S-0.00624012244457 Å °-0.0468188630486 Å °-0.0401482725179 Å °0.0232816995512 Å °0.0346841756685 Å °-0.0714764466036 Å °0.00717971649002 Å °0.00180003929494 Å °-0.0302623333993 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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