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- PDB-8dwr: Crystal structure of the L333V variant of catalase-peroxidase fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dwr
タイトルCrystal structure of the L333V variant of catalase-peroxidase from Mycobacterium tuberculosis
要素Catalase-peroxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Catalase-peroxidase / KatG / Heme
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on a heme group of donors, nitrogenous group as acceptor / Tolerance of reactive oxygen produced by macrophages / catalase-peroxidase / NADH binding / catalase activity / NADPH binding / positive regulation of DNA repair / peptidoglycan-based cell wall / hydrogen peroxide catabolic process / peroxidase activity ...oxidoreductase activity, acting on a heme group of donors, nitrogenous group as acceptor / Tolerance of reactive oxygen produced by macrophages / catalase-peroxidase / NADH binding / catalase activity / NADPH binding / positive regulation of DNA repair / peptidoglycan-based cell wall / hydrogen peroxide catabolic process / peroxidase activity / cellular response to hydrogen peroxide / response to oxidative stress / response to antibiotic / heme binding / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Catalase-peroxidase haem / Peroxidases heam-ligand binding site / Peroxidase, active site / Peroxidases active site signature. / Plant heme peroxidase family profile. / Haem peroxidase / Peroxidase / Peroxidases proximal heme-ligand signature. / Haem peroxidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / TRIETHYLENE GLYCOL / Catalase-peroxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Diaz-Vilchis, A. / Uribe-Vazquez, B. / Avila-Linares, A. / Rudino-Pinera, E. / Soberon, X.
資金援助 メキシコ, 1件
組織認可番号国
Other governmentIBt, UNAM Institutional budget メキシコ
引用ジャーナル: Biochem Biophys Rep / 年: 2024
タイトル: Characterization of a catalase-peroxidase variant (L333V-KatG) identified in an INH-resistant Mycobacterium tuberculosis clinical isolate.
著者: Uribe-Vazquez, B. / Diaz-Vilchis, A. / Avila-Linares, A. / Saab-Rincon, G. / Marin-Tovar, Y. / Flores, H. / Pastor, N. / Huerta-Miranda, G. / Rudino-Pinera, E. / Soberon, X.
履歴
登録2022年8月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Catalase-peroxidase
B: Catalase-peroxidase
C: Catalase-peroxidase
D: Catalase-peroxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)330,25020
ポリマ－326,1384
非ポリマー4,11216
水39,5072193
1
A: Catalase-peroxidase
B: Catalase-peroxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)165,12510
ポリマ－163,0692
非ポリマー2,0568
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14150 Å2
ΔGint-117 kcal/mol
Surface area49520 Å2
手法PISA
2
C: Catalase-peroxidase
D: Catalase-peroxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)165,12510
ポリマ－163,0692
非ポリマー2,0568
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14140 Å2
ΔGint-114 kcal/mol
Surface area49830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.671, 150.817, 127.037
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.450, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Catalase-peroxidase / CP / Peroxidase/catalase


分子量: 81534.477 Da / 分子数: 4 / 変異: L333V / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: katG, Rv1908c, MTCY180.10 / プラスミド: pKK-KatG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WIE5, catalase-peroxidase

-
非ポリマー , 5種, 2209分子

#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物
ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2193 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.41 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 10 % w/v PEG 6000 100 mM HEPES / Sodium Hydroxide; pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→25 Å / Num. obs: 178934 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 23 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.546 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique obs: 8861 / CC1/2: 0.8 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2CCA

2cca


解像度: 2.1→19.992 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.67 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2265 2007 1.12 %
Rwork0.1808 176855 -
obs0.1813 178862 98.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 76.3 Å2 / Biso mean: 24.566 Å2 / Biso min: 4.54 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→19.992 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数22124 0 276 2195 24595
Biso mean--24.54 27.68 -
残基数----2868
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00323032
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.59431384
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043252
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0044104
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.93513388
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.1-2.15250.28381450.22881261399
2.1525-2.21060.30351420.22741262099
2.2106-2.27560.24751430.22271262299
2.2756-2.34890.2731400.21271240797
2.3489-2.43270.25361480.202112706100
2.4327-2.52990.23141400.19771263199
2.5299-2.64480.26641420.19731266499
2.6448-2.78390.25131440.19951267599
2.7839-2.95780.22671420.19591269999
2.9578-3.18540.26961440.19371247698
3.1854-3.50440.20141380.17491265199
3.5044-4.00790.21011440.15411271499
4.0079-5.03610.17681460.14251258198
5.0361-19.9920.18581490.15641279699

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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