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- PDB-8dwb: Neuraminidase from influenza virus A/Moscow/10/1999(H3N2) in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dwb
タイトルNeuraminidase from influenza virus A/Moscow/10/1999(H3N2) in complex with sialic acid
要素Neuraminidase
キーワードVIRAL PROTEIN / Hydrolase / neuraminidase / influenza
機能・相同性
機能・相同性情報


exo-alpha-sialidase / exo-alpha-sialidase activity / viral budding from plasma membrane / carbohydrate metabolic process / host cell plasma membrane / virion membrane / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Sialidase, Influenza viruses A/B / Glycoside hydrolase, family 34 / Neuraminidase / Sialidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-D-mannopyranose / N-acetyl-alpha-neuraminic acid / Neuraminidase
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.602 Å
データ登録者Lei, R. / Hernandez Garcia, A.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R00 AI139445 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)DP2 AT011966 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI167910 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2023
タイトル: Mutational fitness landscape of human influenza H3N2 neuraminidase.
著者: Lei, R. / Hernandez Garcia, A. / Tan, T.J.C. / Teo, Q.W. / Wang, Y. / Zhang, X. / Luo, S. / Nair, S.K. / Peng, J. / Wu, N.C.
履歴
登録2022年8月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年7月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Neuraminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,3108
ポリマ－43,2531
非ポリマー2,0577
水4,342241
1
AAA: Neuraminidase
ヘテロ分子

AAA: Neuraminidase
ヘテロ分子

AAA: Neuraminidase
ヘテロ分子

AAA: Neuraminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)181,24032
ポリマ－173,0134
非ポリマー8,22728
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
Buried area26190 Å2
ΔGint-121 kcal/mol
Surface area47620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)136.217, 136.217, 150.155
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11AAA-1085-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

#1: タンパク質 Neuraminidase


分子量: 43253.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A/Moscow/10/1999(H3N2)) (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Moscow/10/1999(H3N2) / 遺伝子: NA / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: Q8AZ87, exo-alpha-sialidase

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糖 , 4種, 4分子

#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-SIA / N-acetyl-alpha-neuraminic acid / N-acetylneuraminic acid / sialic acid / alpha-sialic acid / O-SIALIC ACID / N-アセチル-α-ノイラミン酸


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 309.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H19NO9 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DNeup5AcaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-a-D-neuraminic acidCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-Neup5AcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
Neu5AcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 糖 ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / alpha-D-mannose / D-mannose / mannose / α-D-マンノピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DManpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 244分子

#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 241 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.45 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 2.0 M NH4-sulfate, 0.2 M Li-sulfate, 0.1 M Tris pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.12723 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.12723 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.602→100.889 Å / Num. obs: 92200 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 16 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.123 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル解像度: 1.602→1.607 Å / 冗長度: 13.1 % / Rmerge(I) obs: 1.065 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 923 / CC1/2: 0.913 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
autoPROCデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2AEP

2aep


解像度: 1.602→100.889 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 1.027 / SU ML: 0.036 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.059 / ESU R Free: 0.059 / 詳細: Hydrogens have not been used
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1819 4566 4.954 %
Rwork0.1693 87607 -
all0.17 --
obs-92173 99.957 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.492 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.645 Å20 Å2-0 Å2
2---0.645 Å20 Å2
3---1.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.602→100.889 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2996 0 137 241 3374
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0123282
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9261.684493
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.7715412
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.33422.256164
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.40215517
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.3621520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1480.2453
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.022469
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2270.21491
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3150.22264
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1320.2180
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0860.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.160.278
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.0790.221
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2071.5581579
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.6472.3341980
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.61.7931700
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6712.6122500
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it3.77322.4615012
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.602-1.6430.2583160.22564150.22667360.9050.91199.92580.201
1.643-1.6880.1983560.19762210.19765780.9330.93499.98480.174
1.688-1.7370.2142990.17660780.17863780.9380.94599.98430.153
1.737-1.790.1983200.1659170.16262380.9490.95799.9840.139
1.79-1.8490.1692880.15157330.15160210.960.9641000.132
1.849-1.9140.1733160.14955320.1558480.9620.9671000.133
1.914-1.9860.1852830.15653510.15756340.9590.9651000.142
1.986-2.0670.1742580.16351790.16454380.9670.96799.98160.151
2.067-2.1590.1852720.16449470.16552190.9590.9641000.153
2.159-2.2650.192470.1747630.17250100.9580.9561000.161
2.265-2.3870.2061970.16545460.16647440.9530.96299.97890.157
2.387-2.5320.1712130.1743090.1745220.9620.9621000.165
2.532-2.7060.1842340.17640030.17642370.9570.961000.174
2.706-2.9230.2051810.19437940.19439760.9460.9599.97480.195
2.923-3.2020.1942020.18934550.1936590.9510.95599.94530.196
3.202-3.5790.1741680.17131650.17133340.9660.96599.970.187
3.579-4.1320.1471560.14827840.14829450.9730.97699.83020.171
4.132-5.0590.128990.13524320.13525310.9850.9821000.159
5.059-7.1450.1781010.17718870.17719880.9730.9711000.207
7.145-100.8890.226600.2210960.22111770.9680.96198.21580.273

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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