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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8dvz | ||||||
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タイトル | Structure of the Campylobacter concisus glycosyltransferase PglA R282V variant | ||||||
要素 | N, N'-diacetylbacillosaminyl-diphospho-undecaprenol alpha-1,3-N-acetylgalactosaminyltransferase | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / glycosyltransferase / UDP-GalNAc | ||||||
機能・相同性 | N,N'-diacetylbacillosaminyl-diphospho-undecaprenol alpha-1,3-N-acetylgalactosaminyltransferase / N,N'-diacetylbacillosaminyl-diphospho-undecaprenol alpha-1,3-N-acetylgalactosaminyltransferase activity / : / Glycosyltransferase Family 4 / Glycosyltransferase subfamily 4-like, N-terminal domain / Glycosyl transferase, family 1 / Glycosyl transferases group 1 / URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGALACTOSAMINE / N, N'-diacetylbacillosaminyl-diphospho-undecaprenol alpha-1,3-N-acetylgalactosaminyltransferase 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Campylobacter concisus (カンピロバクター) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.27 Å | ||||||
データ登録者 | Vuksanovic, N. / Clasman, J.R. / Bernstein, H.M. / Imperiali, B. / Allen, K.N. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2024 タイトル: Specificity determinants revealed by the structure of glycosyltransferase Campylobacter concisus PglA. 著者: Vuksanovic, N. / Clasman, J.R. / Imperiali, B. / Allen, K.N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8dvz.cif.gz | 268.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8dvz.ent.gz | 183.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8dvz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8dvz_validation.pdf.gz | 779.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8dvz_full_validation.pdf.gz | 782.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8dvz_validation.xml.gz | 16.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8dvz_validation.cif.gz | 22.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dv/8dvz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dv/8dvz | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8dqdC 8dvwC 6ejiS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41984.371 Da / 分子数: 1 / 変異: R282V / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Campylobacter concisus (カンピロバクター) 株: 33237 / 遺伝子: pglA, CCON33237_1464 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0M4SVA9, N,N'-diacetylbacillosaminyl-diphospho-undecaprenol alpha-1,3-N-acetylgalactosaminyltransferase |
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#2: 化合物 | ChemComp-UD2 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.01 % |
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結晶化 | 温度: 290.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 10% PEG 3350, 0.1 M sodium malonate pH 5.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.27→84.85 Å / Num. obs: 26101 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 45.6 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 14.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.27→2.34 Å / 冗長度: 3.9 % / Num. unique obs: 2337 / CC1/2: 0.813 / % possible all: 97.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6EJI 解像度: 2.27→64.9 Å / SU ML: 0.2918 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.1466 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 54.51 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.27→64.9 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
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