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- PDB-8dvx: Structure of acetylated Pig somatic Cytochrome c (Aly39) at 1.5A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dvx
タイトルStructure of acetylated Pig somatic Cytochrome c (Aly39) at 1.5A
要素Cytochrome c
キーワードELECTRON TRANSPORT / complex IV / Complex III / apoptosis / ischemia / skeletal muscle / acetylation / oxidoreductase
機能・相同性
機能・相同性情報


Release of apoptotic factors from the mitochondria / Formation of apoptosome / Activation of caspases through apoptosome-mediated cleavage / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / Detoxification of Reactive Oxygen Species / Pyroptosis / Regulation of the apoptosome activity / Cytoprotection by HMOX1 / TP53 Regulates Metabolic Genes / Respiratory electron transport ...Release of apoptotic factors from the mitochondria / Formation of apoptosome / Activation of caspases through apoptosome-mediated cleavage / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / Detoxification of Reactive Oxygen Species / Pyroptosis / Regulation of the apoptosome activity / Cytoprotection by HMOX1 / TP53 Regulates Metabolic Genes / Respiratory electron transport / : / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / mitochondrial intermembrane space / electron transfer activity / apoptotic process / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c, class IA/ IB / Cytochrome c / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
HEXACYANOFERRATE(3-) / HEME C / Cytochrome c
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Edwards, B.F.P. / Huettemann, M. / Vaishnav, A. / Brunzelle, J. / Morse, P. / Wan, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)116807 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Cytochrome c lysine acetylation regulates cellular respiration and cell death in ischemic skeletal muscle.
著者: Morse, P.T. / Perez-Mejias, G. / Wan, J. / Turner, A.A. / Marquez, I. / Kalpage, H.A. / Vaishnav, A. / Zurek, M.P. / Huettemann, P.P. / Kim, K. / Arroum, T. / De la Rosa, M.A. / Chowdhury, D. ...著者: Morse, P.T. / Perez-Mejias, G. / Wan, J. / Turner, A.A. / Marquez, I. / Kalpage, H.A. / Vaishnav, A. / Zurek, M.P. / Huettemann, P.P. / Kim, K. / Arroum, T. / De la Rosa, M.A. / Chowdhury, D.D. / Lee, I. / Brunzelle, J.S. / Sanderson, T.H. / Malek, M.H. / Meierhofer, D. / Edwards, B.F.P. / Diaz-Moreno, I. / Huttemann, M.
履歴
登録2022年7月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年7月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年7月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.42024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c
B: Cytochrome c
C: Cytochrome c
D: Cytochrome c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,50315
ポリマ－46,5464
非ポリマー3,95811
水5,495305
1
A: Cytochrome c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,6794
ポリマ－11,6361
非ポリマー1,0423
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cytochrome c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,1036
ポリマ－11,6361
非ポリマー1,4665
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Cytochrome c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,4673
ポリマ－11,6361
非ポリマー8302
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Cytochrome c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2552
ポリマ－11,6361
非ポリマー6191
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)34.662, 54.559, 61.782
Angle α, β, γ (deg.)65.970, 87.400, 84.070
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

-
要素

#1: タンパク質
Cytochrome c


分子量: 11636.421 Da / 分子数: 4 / 変異: K39(Aly) / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P62895
#2: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-FC6 / HEXACYANOFERRATE(3-) / FERRI(III)HEXACYANIDE


分子量: 211.949 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6FeN6
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 305 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.9 % / 解説: pink/red blocks 0.1-0.2 x 0.1 mm
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: JBS3A2: 10% PEG 4K, 20% iso propanol, 15% PEG 4K, 2.5 mM Potassium Ferricyanide.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.12713 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月5日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.12713 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→49.61 Å / Num. obs: 110978 / % possible obs: 86.9 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 16.95 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rpim(I) all: 0.047 / Rrim(I) all: 0.091 / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル解像度: 1.5→1.58 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.532 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 7704 / CC1/2: 0.755 / Rpim(I) all: 0.352 / Rrim(I) all: 0.641 / Rsym value: 0.428 / % possible all: 80.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
AutoProcessデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5C0Z

5c0z


解像度: 1.5→30.38 Å / SU ML: 0.1978 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / ESU R: 0.2 / 位相誤差: 22.328
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2038 3874 3.49 %
Rwork0.1705 107104 -
obs0.1716 110978 84.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 23.74 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→30.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3268 0 263 305 3836
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01673616
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.57764919
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0804452
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.015596
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.704492
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5-1.520.36181350.30743289X-RAY DIFFRACTION74.6
1.52-1.540.2587970.29613406X-RAY DIFFRACTION74.98
1.54-1.560.3371300.29123517X-RAY DIFFRACTION78.6
1.56-1.580.31481240.27673612X-RAY DIFFRACTION78.55
1.58-1.60.33151280.2693512X-RAY DIFFRACTION78.92
1.6-1.630.32441400.25573598X-RAY DIFFRACTION80.08
1.63-1.650.27661230.24753790X-RAY DIFFRACTION81.73
1.65-1.680.2771410.2373696X-RAY DIFFRACTION83.7
1.68-1.710.27151250.2253918X-RAY DIFFRACTION85.08
1.71-1.740.27511500.21043762X-RAY DIFFRACTION84.9
1.74-1.780.27311480.21113856X-RAY DIFFRACTION85.74
1.78-1.810.20251500.19693897X-RAY DIFFRACTION85.56
1.81-1.850.23651220.19563803X-RAY DIFFRACTION85.59
1.85-1.890.19181390.17793715X-RAY DIFFRACTION81.83
1.89-1.940.24751220.17833458X-RAY DIFFRACTION76.2
1.94-1.990.18441220.16193422X-RAY DIFFRACTION76.28
1.99-2.050.19161550.16414194X-RAY DIFFRACTION91.67
2.05-2.120.17771500.14234074X-RAY DIFFRACTION91.83
2.12-2.190.18811520.15154146X-RAY DIFFRACTION91.37
2.19-2.280.17931590.15594098X-RAY DIFFRACTION91.23
2.28-2.390.20681450.16654070X-RAY DIFFRACTION90.61
2.39-2.510.18761380.16064103X-RAY DIFFRACTION90.93
2.51-2.670.17731520.16174138X-RAY DIFFRACTION90.62
2.67-2.870.18431420.15234026X-RAY DIFFRACTION89.14
2.87-3.160.23181490.1663853X-RAY DIFFRACTION86.18
3.16-3.620.17721160.14933387X-RAY DIFFRACTION75.14
3.62-4.560.19541600.14664360X-RAY DIFFRACTION96.62
4.56-30.380.16371600.15614404X-RAY DIFFRACTION97.69

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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