PDB-8dvv: Recombinant mouse RyR2 triple phosphomimetic mutant S2807D/S2813D...

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登録情報

データベース: PDB / ID: 8dvv

タイトル

Recombinant mouse RyR2 triple phosphomimetic mutant S2807D/S2813D/S2030D in complex with FKBP12.6 and nanodisc under open-state conditions

要素

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1B
Ryanodine receptor 2

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Ryanodine receptor / Calcium channel / Mutation / Triple mutant / RyR2 / Phosphorylation

機能・相同性

機能・相同性情報

establishment of protein localization to endoplasmic reticulum / type B pancreatic cell apoptotic process / Purkinje myocyte to ventricular cardiac muscle cell signaling / regulation of atrial cardiac muscle cell action potential / left ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / suramin binding / regulation of AV node cell action potential / regulation of SA node cell action potential / Stimuli-sensing channels / regulation of ventricular cardiac muscle cell action potential ...establishment of protein localization to endoplasmic reticulum / type B pancreatic cell apoptotic process / Purkinje myocyte to ventricular cardiac muscle cell signaling / regulation of atrial cardiac muscle cell action potential / left ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / suramin binding / regulation of AV node cell action potential / regulation of SA node cell action potential / Stimuli-sensing channels / regulation of ventricular cardiac muscle cell action potential / ventricular cardiac muscle cell action potential / positive regulation of sequestering of calcium ion / negative regulation of calcium-mediated signaling / embryonic heart tube morphogenesis / cardiac muscle hypertrophy / Ion homeostasis / negative regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / neuronal action potential propagation / negative regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / calcium ion transport into cytosol / insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / response to caffeine / release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / response to redox state / negative regulation of heart rate / cellular response to caffeine / 'de novo' protein folding / calcium ion transmembrane import into cytosol / FK506 binding / response to muscle activity / protein kinase A catalytic subunit binding / protein kinase A regulatory subunit binding / positive regulation of the force of heart contraction / intracellularly gated calcium channel activity / smooth endoplasmic reticulum / smooth muscle contraction / detection of calcium ion / T cell proliferation / regulation of cardiac muscle contraction by regulation of the release of sequestered calcium ion / positive regulation of heart rate / calcium channel inhibitor activity / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / Ion homeostasis / response to muscle stretch / release of sequestered calcium ion into cytosol / cellular response to epinephrine stimulus / calcium channel complex / sarcoplasmic reticulum membrane / regulation of heart rate / sarcoplasmic reticulum / protein maturation / sarcomere / calcium channel regulator activity / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / establishment of localization in cell / calcium-mediated signaling / calcium ion transmembrane transport / Stimuli-sensing channels / calcium channel activity / Z disc / intracellular calcium ion homeostasis / calcium ion transport / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / protein refolding / transmembrane transporter binding / response to hypoxia / calmodulin binding / signaling receptor binding / calcium ion binding / protein kinase binding / enzyme binding / protein-containing complex / identical protein binding / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

Homo sapiens (ヒト)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.68 Å

データ登録者

Iyer, K.A. / Hu, Y. / Murayama, T. / Samso, M.

資金援助

米国, 4件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of Arthritis and Musculoskeletal and Skin Diseases (NIH/NIAMS)	R01 AR068431	米国
American Heart Association	19POST34430178	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	U24 GM116789	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	U24 GM116790	米国

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Recombinant mouse RyR2 triple phosphomimetic mutant S2807D/S2813D/S2030D in complex with FKBP12.6 and nanodisc under open-state conditions
著者: Hu, Y. / Iyer, K.A. / Nayak, A.R. / Eltit, J.M. / Kurebayashi, N. / Murayama, T. / Samso, M.

履歴

登録	2022年7月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年1月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8dvv.cif.gz	2.6 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8dvv.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8dvv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8dvv_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8dvv_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	8dvv_validation.xml.gz	366.3 KB	表示
CIF形式データ	8dvv_validation.cif.gz	574.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dv/8dvv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dv/8dvv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	27746MC 8d7z 8tdy M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (7) #133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (1) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (1) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#152 - 2012年8月
環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase)
類似性 (1)
#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (7)
#133 - 2011年1月
一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase)
類似性 (1)
#183 - 2015年3月
フォトトロピン (Phototropin)
類似性 (1)
#44 - 2003年8月
カルモジュリン (Calmodulin)
類似性 (1)
#196 - 2016年4月
鉛の毒 (Lead Poisoning)
類似性 (1)
#28 - 2002年4月
炭疽毒素 (Anthrax Toxin)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Ryanodine receptor 2

B: Ryanodine receptor 2

C: Ryanodine receptor 2

D: Ryanodine receptor 2

E: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1B

F: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1B

G: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1B

H: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1B

ヘテロ分子

2.31 MDa, 8 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

#1: タンパク質	Ryanodine receptor 2 / RYR-2 / RyR2 / Cardiac muscle ryanodine receptor / Cardiac muscle ryanodine receptor-calcium ...RYR-2 / RyR2 / Cardiac muscle ryanodine receptor / Cardiac muscle ryanodine receptor-calcium release channel / Type 2 ryanodine receptor 分子量: 565620.000 Da / 分子数: 4 / 変異: S2807D, S2813D, S2030D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ryr2 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: E9Q401
#2: タンパク質	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1B / PPIase FKBP1B / 12.6 kDa FK506-binding protein / FKBP-12.6 / FK506-binding protein 1B / FKBP-1B / ...PPIase FKBP1B / 12.6 kDa FK506-binding protein / FKBP-12.6 / FK506-binding protein 1B / FKBP-1B / Immunophilin FKBP12.6 / Rotamase / h-FKBP-12 分子量: 11667.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FKBP1B, FKBP12.6, FKBP1L, FKBP9, OTK4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P68106, peptidylprolyl isomerase
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION 分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素

名称: Recombinant mouse RyR2 triple phosphomimetic mutant S2807D/S2813D/S2030D in complex with FKBP12.6 and nanodisc under open-state conditions
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: MULTIPLE SOURCES

分子量

値: 2.26 MDa / 実験値: NO

由来(天然)

生物種:

Mus musculus (ハツカネズミ)

由来(組換発現)

生物種:

Homo sapiens (ヒト)

緩衝液

pH: 7.4

緩衝液成分

ID	濃度	名称	式	Buffer-ID
1	20 mM	3-(N-Morpholino)propanesulfonic acid sodium salt	MOPS	1
2	0.6 M	Potassium Chloride	KCl	1
3	2 mM	Dithiothreitol	DTT	1
4	1 mM	Ethyleneglycol-bis(beta-aminoethyl ether)-N,N,N,N-tetraacetic Acid	EGTA	1
5	1.023 mM	Calcium chloride	CaCl₂	1

試料

濃度: 2.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES

試料支持

グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3

急速凍結

装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 81000 X / 最大デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ	凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影	平均露光時間: 2.9 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å² / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 6123
電子光学装置	エネルギーフィルタースリット幅: 10 eV

-
解析

EMソフトウェア

ID	名称	バージョン	カテゴリ
2	EPU		画像取得
4	cryoSPARC	3.1	CTF補正
7	UCSF Chimera		モデルフィッティング
9	PHENIX		モデル精密化
10	cryoSPARC	3.1	初期オイラー角割当
11	cryoSPARC	3.1	最終オイラー角割当
12	cryoSPARC	3.1	分類
13	cryoSPARC	3.1	３次元再構成

CTF補正

タイプ: NONE

粒子像の選択

選択した粒子像数: 862688

対称性

点対称性: C₄ (4回回転対称)

3次元再構成

解像度: 3.68 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 73782 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT

原子モデル構築

プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL

原子モデル構築

PDB-ID: 6WOU

6wou

Accession code: 6WOU / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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