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万見
- PDB-8dvo: The crystal structure of wild type PA endonuclease (2009/H1N1/CAL... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dvo
タイトルThe crystal structure of wild type PA endonuclease (2009/H1N1/CALIFORNIA) in complex with compound SJ001023044
要素Protein PA-X
キーワードVIRAL PROTEIN / NUCLEASE / INFLUENZA / INHIBITOR RESISTANCE
機能・相同性
機能・相同性情報


viral translational frameshifting / viral RNA genome replication / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA, endonuclease domain / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Hexa Vinylpyrrolidone K15 / Chem-U0I / Protein PA-X
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.33 Å
データ登録者Cuypers, M.G. / Slavish, J.P. / Rankovic, Z. / White, S.W.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
引用
ジャーナル: To Be Published
タイトル: The crystal structure of wild type PA endonuclease (2009/H1N1/CALIFORNIA) in complex with compound SJ001023044
著者: Cuypers, M.G. / Slavish, J.P. / Rankovic, Z. / White, S.W.
#1: ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Chemical scaffold recycling: Structure-guided conversion of an HIV integrase inhibitor into a potent influenza virus RNA-dependent RNA polymerase inhibitor designed to minimize resistance potential.
著者: Slavish, P.J. / Cuypers, M.G. / Rimmer, M.A. / Abdolvahabi, A. / Jeevan, T. / Kumar, G. / Jarusiewicz, J.A. / Vaithiyalingam, S. / Jones, J.C. / Bowling, J.J. / Price, J.E. / DuBois, R.M. / ...著者: Slavish, P.J. / Cuypers, M.G. / Rimmer, M.A. / Abdolvahabi, A. / Jeevan, T. / Kumar, G. / Jarusiewicz, J.A. / Vaithiyalingam, S. / Jones, J.C. / Bowling, J.J. / Price, J.E. / DuBois, R.M. / Min, J. / Webby, R.J. / Rankovic, Z. / White, S.W.
履歴
登録2022年7月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
改定 1.22023年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein PA-X
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,5837
ポリマ－23,1481
非ポリマー1,4346
水64936
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)90.067, 90.067, 134.090
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Space group name HallI42
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z
#3: y,-x,z
#4: x,-y,-z
#5: -x,y,-z
#6: -x,-y,z
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z
#9: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#10: -y+1/2,x+1/2,z+1/2
#11: y+1/2,-x+1/2,z+1/2
#12: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#13: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#14: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
#15: y+1/2,x+1/2,-z+1/2
#16: -y+1/2,-x+1/2,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-336-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Protein PA-X


分子量: 23148.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Luxembourg/43/2009(H1N1) / 遺伝子: PA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C6H0Y9

-
非ポリマー , 5種, 42分子

#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-U0I / 5-hydroxy-N-[2-(4-hydroxy-3-methoxyphenyl)ethyl]-6-oxo-2-{[2-(trifluoromethyl)phenyl]methyl}-1,6-dihydropyrimidine-4-carboxamide


分子量: 463.407 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H20F3N3O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-QQ4 / Hexa Vinylpyrrolidone K15 / 1,1',1'',1''',1'''',1'''''-[(3R,5R,7R,9S,11R)-dodecane-1,3,5,7,9,11-hexayl]hexa(pyrrolidin-2-one)


分子量: 668.866 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C36H56N6O6
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.12 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M HEPES PH 7.8, 1 M AMMONIUM SULFATE, 10 MM MNCL2, 10 MM MGCL2, 0.5% PVP K15

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.33→74.77 Å / Num. obs: 12070 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 72.2 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.024 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル解像度: 2.33→2.41 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 1182 / CC1/2: 0.798 / Rpim(I) all: 0.393

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5vpt

5vpt


解像度: 2.33→63.69 Å / SU ML: 0.3574 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 35.7006
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2724 624 5.18 %
Rwork0.2236 11430 -
obs0.226 12054 98.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 92.95 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.33→63.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1446 0 86 36 1568
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00311565
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.72652115
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0447219
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041266
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.7541226
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.33-2.560.33831800.29682811X-RAY DIFFRACTION99.67
2.56-2.940.33711460.3072806X-RAY DIFFRACTION99.23
2.94-3.70.33531470.26912872X-RAY DIFFRACTION99.64
3.7-63.690.23561510.18942941X-RAY DIFFRACTION97.29
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.828758270541.303012461211.269129377068.60748614144-2.653022765134.99699048308-0.0575634690435-1.726370206670.9804969074161.409385552380.351060626030.432150954610.481077925014-0.135354283903-0.3164764524670.73401261123-0.1868466127780.08879105190670.970045316803-0.2721638754310.77545762402722.911600282628.260732331-3.15002886188
21.237547899980.3068397336950.760296189623.01661011731-1.613180862034.86285993621-0.0988547599139-0.1812517020860.007441807717670.497529217589-0.185895594950.0559869816308-0.701013726298-0.2481978199710.3305675499690.558541720914-0.0476417280141-0.003703968281650.767679185193-0.2868619714650.81377344848220.070693875537.6097127027-9.20442086676
31.75095560385-1.825770731760.1681365233664.99819499317-0.6039933317512.66958746021-0.2417686568950.6892844156050.64577989615-0.374438910509-0.135686999424-0.0901183243458-0.595404636017-0.4233849327260.3592641609010.691203033804-0.00935536579818-0.2409468303650.998062889232-0.1793290069240.75916900760622.375242973651.6226014636-21.7356603246
41.47274370495-0.5930133006071.046198558082.43723628589-0.02904090534512.42184327843-0.5287637377990.43988238758-0.466485866834-1.037780461950.6031886821320.666847055390.156352132389-0.888371835084-0.1123181375220.935883812181-0.155844338029-0.230555509111.34583129938-0.2826088727270.93381242409114.170237649836.5329294772-25.615484929
54.487833876141.84898919539-1.400770988657.0389264702-2.871732625194.25781940688-0.08772734407910.87846588682-0.237225704247-0.2241005014470.09384637379751.52573977384-0.708347136244-0.7844451965480.0241643702841.02301621191-0.0812725549322-0.2428622041221.06025051595-0.4548237305670.88452476208517.090503020740.3620188609-28.2956577953
61.47261232242-2.00846140605-0.6048404245319.41340380014-1.861301820284.643647272560.2446315697430.0417351689928-0.314047759872-2.01741752383-0.1306794464641.022589875540.290850999567-0.2721714765410.1552480714280.855591496247-0.228529686037-0.1358085975061.40239047713-0.3404773983960.80311875156623.474946099233.986814938-30.1936895752
73.851737363952.32164151431-2.559129514077.24540188153-4.322575328656.627954503590.02266744131570.040290044131-0.8807536164160.305022783149-0.824084953508-0.5914882124090.168365852880.4780138835390.7517194570260.717636524312-0.1441674164860.0778097529520.674367788015-0.2935461916140.72616832833927.83468700126.3397180408-18.811485148
80.864278143662-1.927978301060.451195467094.47964759051-2.038979403925.07238241170.09247929084260.865970071225-1.41692982098-0.6944388319310.2821489751952.080682144611.44386650879-1.65535032283-0.1310732426930.962103621601-0.4549523434710.0956553958561.00440808339-0.3350911496921.229700234714.419101633522.1958759416-13.1862737234
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid -3 through 10 )-3 - 101 - 14
22chain 'A' and (resid 11 through 50 )11 - 5015 - 54
33chain 'A' and (resid 51 through 115 )51 - 11555 - 100
44chain 'A' and (resid 116 through 138 )116 - 138101 - 123
55chain 'A' and (resid 139 through 149 )139 - 149124 - 134
66chain 'A' and (resid 150 through 164 )150 - 164135 - 149
77chain 'A' and (resid 165 through 185 )165 - 185150 - 170
88chain 'A' and (resid 186 through 195 )186 - 195171 - 180

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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