[日本語] English
万見
- PDB-8dvh: Crystal structure of ATP-dependent Lon protease from Bacillus sub... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dvh
タイトルCrystal structure of ATP-dependent Lon protease from Bacillus subtillis (BsLonBA)
要素Lon protease 2
キーワードHYDROLASE / ATP-DEPENDENT PROTEASE / CATALYTIC SER-LYS DYAD
機能・相同性
機能・相同性情報


endopeptidase La / ATP-dependent peptidase activity / protein catabolic process / serine-type endopeptidase activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Sporulation protease LonB / Magnesium chelatase ChlI-like, catalytic domain / Magnesium chelatase, subunit ChlI / Peptidase S16, active site / ATP-dependent serine proteases, lon family, serine active site. / Lon proteolytic domain profile. / Peptidase S16, Lon proteolytic domain / Lon protease / Lon protease (S16) C-terminal proteolytic domain / Ribosomal Protein S5; domain 2 - #10 ...Sporulation protease LonB / Magnesium chelatase ChlI-like, catalytic domain / Magnesium chelatase, subunit ChlI / Peptidase S16, active site / ATP-dependent serine proteases, lon family, serine active site. / Lon proteolytic domain profile. / Peptidase S16, Lon proteolytic domain / Lon protease / Lon protease (S16) C-terminal proteolytic domain / Ribosomal Protein S5; domain 2 - #10 / Ribosomal Protein S5; domain 2 / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-BO2 / Lon protease 2
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Sekula, B. / Li, M. / Gustchina, A. / Wlodawer, A.
資金援助 米国, ロシア, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)Intramural Research Program 米国
Russian Science FoundationRussian Science Foundation ロシア
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2022
タイトル: Unique Structural Fold of LonBA Protease from Bacillus subtilis, a Member of a Newly Identified Subfamily of Lon Proteases.
著者: Gustchina, A. / Li, M. / Andrianova, A.G. / Kudzhaev, A.M. / Lountos, G.T. / Sekula, B. / Cherry, S. / Tropea, J.E. / Smirnov, I.V. / Wlodawer, A. / Rotanova, T.V.
履歴
登録2022年7月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Lon protease 2
B: Lon protease 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,3216
ポリマ－43,5062
非ポリマー8144
水2,864159
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)89.892, 89.892, 83.950
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63

-
要素

#1: タンパク質 Lon protease 2 / ATP-dependent protease La 2


分子量: 21753.080 Da / 分子数: 2 / 断片: Proteolytic domain, residues 347-552 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: lon2, lonB, ysxF, BSU28210 / プラスミド: pDEST-527 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P42425, endopeptidase La
#2: 化合物 ChemComp-BO2 / N-[(1R)-1-(DIHYDROXYBORYL)-3-METHYLBUTYL]-N-(PYRAZIN-2-YLCARBONYL)-L-PHENYLALANINAMIDE / BORTEZOMIB / ボルテゾミブ


分子量: 384.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H25BN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤, 抗がん剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 159 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.35 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 / 詳細: 35% PEG400 at pH 7.8

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→84 Å / Num. obs: 294057 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.7 % / Biso Wilson estimate: 39.59 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 30.1
反射 シェル解像度: 1.9→1.94 Å / Num. unique obs: 1942 / Rsym value: 0.827

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
REFMAC5.8.0258精密化
PHENIXモデル構築
PHASER位相決定
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1rre

1rre


解像度: 1.9→77.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 7.843 / SU ML: 0.117 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.157 / ESU R Free: 0.147 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2371 951 3.1 %RANDOM
Rwork0.1939 ---
obs0.1954 29451 99.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 100.22 Å2 / Biso mean: 43.785 Å2 / Biso min: 25.39 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.36 Å2-0.68 Å2-0 Å2
2---1.36 Å20 Å2
3---4.41 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→77.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2831 0 58 159 3048
Biso mean--38.08 49.26 -
残基数----384
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0132929
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172889
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6871.6543958
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3511.5926742
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0955382
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.7225.922103
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.93315528
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.808156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2423
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.023199
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02475
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.342 73 -
Rwork0.316 2158 -
all-2231 -
obs--99.16 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3948-0.2313-0.03152.2616-0.57362.11180.0597-0.01190.0047-0.0386-0.04170.7621-0.22750.2364-0.0180.1535-0.0111-0.04770.23010.00630.299516.37722.846940.865
22.8816-1.1361.7940.4804-1.02214.4691-0.00340.0487-0.20750.0136-0.01720.0856-0.04880.0650.02070.25530.0004-0.04890.23430.00470.156430.949321.979844.5764
34.72120.59793.90490.09820.58674.47640.0229-0.11550.0336-0.0188-0.03180.04670.08880.07780.00880.24110.0093-0.02530.2388-0.01520.170433.939314.96545.4497
43.65910.5547-0.81721.38240.03350.7946-0.00310.48720.1437-0.2254-0.04710.27680.13880.08170.05030.32650.0516-0.09480.3161-0.00090.078723.738816.792528.1532
51.5496-0.3043-0.380.8946-0.35550.35070.01670.0505-0.1648-0.01110.080.378-0.00640.019-0.09670.184-0.0305-0.04890.22280.02280.278814.450614.596143.9269
64.1371-0.5573-0.62681.0935-1.66133.32010.11160.3827-0.6218-0.3670.23160.52940.6721-0.417-0.34320.1557-0.085-0.08440.13080.0760.61247.61767.729744.5064
70.49970.0920.56782.5722-1.62584.18760.0946-0.0623-0.22140.12880.04270.324-0.1068-0.0644-0.13730.24990.0019-0.01460.23090.00870.21433.6225-2.338847.1309
83.59432.22692.94051.54341.44473.3468-0.17170.1675-0.1743-0.08710.1774-0.1458-0.29980.0658-0.00570.2911-0.013-0.02160.2411-0.04770.118643.566813.527342.5391
91.11760.3492-0.18571.66250.76780.4837-0.10560.199-0.0924-0.09950.1523-0.1494-0.0729-0.0076-0.04680.2732-0.01840.01590.2584-0.06110.134541.65154.605536.7799
101.29781.6158-0.28092.4991-0.83310.5618-0.10840.1504-0.4498-0.0890.2462-0.35330.0535-0.1142-0.13780.2328-0.0032-0.03670.1462-0.06080.288541.0812-10.455344.2185
111.67691.1993.36720.98292.58697.02080.17310.05390.02230.09010.021-0.1620.27460.061-0.19420.3602-0.10860.06720.2309-0.06690.300335.6965-13.475226.8266
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1B348 - 382
2X-RAY DIFFRACTION2B383 - 396
3X-RAY DIFFRACTION3B397 - 418
4X-RAY DIFFRACTION4B419 - 433
5X-RAY DIFFRACTION5B434 - 506
6X-RAY DIFFRACTION6B507 - 535
7X-RAY DIFFRACTION7A352 - 373
8X-RAY DIFFRACTION8A374 - 406
9X-RAY DIFFRACTION9A407 - 446
10X-RAY DIFFRACTION10A447 - 524
11X-RAY DIFFRACTION11A525 - 547

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る