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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8dvc | ||||||||||||||||||
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タイトル | Receptor ShHTL5 from Striga hermonthica in complex with strigolactone agonist GR24 | ||||||||||||||||||
要素 | Hyposensitive to light 5 | ||||||||||||||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / Striga hermonthica / strigolactone / signalling / receptor / ShHTL5 / alpha/beta hydrolase / Signalling protein / receptor-agonist complex | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | Alpha/beta hydrolase family / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold / metal ion binding / Chem-TZU / Hyposensitive to light 5 機能・相同性情報 | ||||||||||||||||||
生物種 | Striga hermonthica (植物) | ||||||||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.638 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Arellano-Saab, A. / Skarina, T. / Yim, V. / Savchenko, A. / Stogios, P.J. / McCourt, P. | ||||||||||||||||||
資金援助 | カナダ, メキシコ, 5件
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引用 | ジャーナル: Nat.Plants / 年: 2023 タイトル: Structural analysis of a hormone-bound Striga strigolactone receptor. 著者: Arellano-Saab, A. / Skarina, T. / Xu, Z. / McErlean, C.S.P. / Savchenko, A. / Lumba, S. / Stogios, P.J. / McCourt, P. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8dvc.cif.gz | 549.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8dvc.ent.gz | 458.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8dvc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dv/8dvc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dv/8dvc | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 5cbkS 6dva S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 5分子 ABCDE
#1: タンパク質 | 分子量: 29975.021 Da / 分子数: 5 / 変異: S95A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Striga hermonthica (植物) / 遺伝子: ShHTL5 / プラスミド: p15Tv lic / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0M5I297 |
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-非ポリマー , 5種, 245分子
#2: 化合物 | ChemComp-TZU / ( #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 化合物 | ChemComp-EDO / #5: 化合物 | ChemComp-CL / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.31 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 2 M ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, 8 mM GR24, 1% DMSO, 1% isopropanol, cryoprotectant: ethylene glycol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97903 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年8月18日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97903 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.63→25 Å / Num. obs: 61856 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rpim(I) all: 0.04 / Net I/σ(I): 13.36 |
反射 シェル | 解像度: 2.63→2.68 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.889 / Mean I/σ(I) obs: 0.89 / Num. unique obs: 3168 / CC1/2: 0.536 / Rpim(I) all: 0.457 / % possible all: 99.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 5CBK 解像度: 2.638→24.801 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.02
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.638→24.801 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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