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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8dv8 | ||||||
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タイトル | Estrogen Receptor Alpha Ligand Binding Domain in Complex with (6'-hydroxy-1'-(4-((2-(1-propylpyrrolidin-3-yl)ethyl)thio)phenyl)-1',4'-dihydro-2'H-spiro[cyclopropane-1,3'-isoquinolin]-2'-yl)(phenyl)methanone | ||||||
![]() | Estrogen receptor![]() | ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of epithelial cell apoptotic process / antral ovarian follicle growth / G protein-coupled estrogen receptor activity / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hancock, G.R. / Young, K.S. / Hosfield, D.J. / Joiner, C. / Sullivan, E.A. / Yildz, Y. / Laine, M. / Greene, G.L. / Fanning, S.W. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Unconventional isoquinoline-based SERMs elicit fulvestrant-like transcriptional programs in ER+ breast cancer cells. 著者: Hancock, G.R. / Young, K.S. / Hosfield, D.J. / Joiner, C. / Sullivan, E.A. / Yildiz, Y. / Laine, M. / Greene, G.L. / Fanning, S.W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 198.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 156.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7te7C ![]() 8du6C ![]() 8du8C ![]() 8du9C ![]() 8dubC ![]() 8ducC ![]() 8dudC ![]() 8dugC ![]() 8duhC ![]() 8duiC ![]() 8dusC ![]() 8dv5C ![]() 8dv7C ![]() 8dvbC ![]() 5ufxS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 29033.018 Da / 分子数: 2 / 変異: C381S, C417S, C530S, L536S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.23 % |
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結晶化![]() | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, MgCl2, pH 8.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2021年2月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 54985 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 14.82 Å2 / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 2033 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.73 Å / Num. unique obs: 2693 / CC1/2: 0.876 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 5UFX 解像度: 1.7→41.41 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 21.03 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 81.52 Å2 / Biso mean: 21.1119 Å2 / Biso min: 0.5 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.7→41.41 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 18
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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