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- PDB-8dv6: Zika virus envelope protein structure in complex with a potent Hu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dv6
タイトルZika virus envelope protein structure in complex with a potent Human mAb
要素
  • Envelope protein E
  • mAb Fab Heavy Chain
  • mAb Fab Light Chain
キーワードVIRAL PROTEIN / Zika virus / envelope protein / neutralizing antibody / neutralization mechanism / flavivirus / VIRAL PROTEIN-Immune System complex
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / double-stranded RNA binding / viral capsid / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / protein dimerization activity / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway ...symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / double-stranded RNA binding / viral capsid / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / protein dimerization activity / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont entry into host cell / viral RNA genome replication / serine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / virion attachment to host cell / virion membrane / structural molecule activity / proteolysis / extracellular region / ATP binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Flavivirus capsid protein C superfamily / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / Flavivirus non-structural protein NS2B / Genome polyprotein, Flavivirus / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase ...Flavivirus capsid protein C superfamily / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / Flavivirus non-structural protein NS2B / Genome polyprotein, Flavivirus / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Zika virus ZIKV/Human/Cambodia/FSS13025/2010 (ジカ熱ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.38 Å
データ登録者Cameron, A. / Puhl, A.C. / deSilva, A.M. / Premkumar, L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)BAA 2017-N-18041 米国
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2023
タイトル: Structure and neutralization mechanism of a human antibody targeting a complex Epitope on Zika virus.
著者: Cameron Adams / Derek L Carbaugh / Bo Shu / Thiam-Seng Ng / Izabella N Castillo / Ryan Bhowmik / Bruno Segovia-Chumbez / Ana C Puhl / Stephen Graham / Sean A Diehl / Helen M Lazear / Shee-Mei ...著者: Cameron Adams / Derek L Carbaugh / Bo Shu / Thiam-Seng Ng / Izabella N Castillo / Ryan Bhowmik / Bruno Segovia-Chumbez / Ana C Puhl / Stephen Graham / Sean A Diehl / Helen M Lazear / Shee-Mei Lok / Aravinda M de Silva / Lakshmanane Premkumar /
要旨: We currently have an incomplete understanding of why only a fraction of human antibodies that bind to flaviviruses block infection of cells. Here we define the footprint of a strongly neutralizing ...We currently have an incomplete understanding of why only a fraction of human antibodies that bind to flaviviruses block infection of cells. Here we define the footprint of a strongly neutralizing human monoclonal antibody (mAb G9E) with Zika virus (ZIKV) by both X-ray crystallography and cryo-electron microscopy. Flavivirus envelope (E) glycoproteins are present as homodimers on the virion surface, and G9E bound to a quaternary structure epitope spanning both E protomers forming a homodimer. As G9E mainly neutralized ZIKV by blocking a step after viral attachment to cells, we tested if the neutralization mechanism of G9E was dependent on the mAb cross-linking E molecules and blocking low-pH triggered conformational changes required for viral membrane fusion. We introduced targeted mutations to the G9E paratope to create recombinant antibodies that bound to the ZIKV envelope without cross-linking E protomers. The G9E paratope mutants that bound to a restricted epitope on one protomer poorly neutralized ZIKV compared to the wild-type mAb, demonstrating that the neutralization mechanism depended on the ability of G9E to cross-link E proteins. In cell-free low pH triggered viral fusion assay, both wild-type G9E, and epitope restricted paratope mutant G9E bound to ZIKV but only the wild-type G9E blocked fusion. We propose that, beyond antibody binding strength, the ability of human antibodies to cross-link E-proteins is a critical determinant of flavivirus neutralization potency.
履歴
登録2022年7月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年1月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年7月19日Group: Database references / Refinement description
カテゴリ: citation / citation_author / struct_ncs_dom_lim
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Envelope protein E
B: Envelope protein E
C: mAb Fab Heavy Chain
D: mAb Fab Light Chain
H: mAb Fab Heavy Chain
L: mAb Fab Light Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)188,4596
ポリマ－188,4596
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)95.041, 133.609, 105.109
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.494, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22
13
23

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111ILEILEPHEPHE(chain 'A' and (resid 1 through 184 or resid 186 through 405))AA1 - 1831 - 183
121LEULEUGLYGLY(chain 'A' and (resid 1 through 184 or resid 186 through 405))AA186 - 404186 - 404
211ILEILEPHEPHE(chain 'B' and (resid 1 through 184 or resid 186 through 405))BB1 - 1831 - 183
221LEULEUGLYGLY(chain 'B' and (resid 1 through 184 or resid 186 through 405))BB186 - 404186 - 404
132ARGARGLYSLYS(chain 'C' and resid 1 through 230)CC1 - 2291 - 229
232ARGARGLYSLYSchain 'H'HE1 - 2291 - 229
133SERSERPROPROchain 'D'DD2 - 2122 - 212
233SERSERPROPROchain 'L'LF2 - 2122 - 212

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

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要素

#1: タンパク質 Envelope protein E


分子量: 45331.188 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Zika virus ZIKV/Human/Cambodia/FSS13025/2010 (ジカ熱ウイルス)
発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A384KMW4
#2: 抗体 mAb Fab Heavy Chain


分子量: 25868.793 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 mAb Fab Light Chain


分子量: 23029.385 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG8000, HEPES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2017年11月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.38→50 Å / Num. obs: 35195 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 95.67 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.177 / Rpim(I) all: 0.07 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 3.38→3.46 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 1.434 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 1718 / CC1/2: 0.62 / CC star: 0.876 / Rpim(I) all: 0.585 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5JHM

5jhm


解像度: 3.38→45.57 Å / SU ML: 0.4329 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.7627
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2586 1689 4.8 %Random
Rwork0.2323 33478 --
obs0.2336 35167 99.45 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 120.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.38→45.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12826 0 0 0 12826
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002313136
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.618517856
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04421993
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042299
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.16181815
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.38-3.480.35581390.34682610X-RAY DIFFRACTION93.66
3.48-3.590.31461530.32172770X-RAY DIFFRACTION99.93
3.59-3.720.39861250.33082827X-RAY DIFFRACTION99.9
3.72-3.870.36111530.30522774X-RAY DIFFRACTION100
3.87-4.040.2851290.27442804X-RAY DIFFRACTION100
4.04-4.260.29351330.25532782X-RAY DIFFRACTION100
4.26-4.520.25171460.22622823X-RAY DIFFRACTION100
4.52-4.870.21291510.20062779X-RAY DIFFRACTION100
4.87-5.360.23071370.20312792X-RAY DIFFRACTION99.97
5.36-6.140.24211470.21782807X-RAY DIFFRACTION100
6.14-7.730.25251290.22532844X-RAY DIFFRACTION100
7.73-45.570.20641470.17732866X-RAY DIFFRACTION99.9
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.733171963892.30486382688-3.023789762673.29260849396-3.148964271143.94437668803-0.01060953918370.41036277360.119253545245-0.2604640137720.335763876089-0.06526019096230.0669434583229-0.169976484348-0.2881473057680.580029434489-0.076339771314-0.1508057103860.811447542518-0.2053394932210.687110705145-75.404-20.03135.704
21.078617224040.517500416923-0.7180788700612.86205937596-2.146642744763.760730707880.0395502121294-0.7242988012260.1702001879911.206597513520.0980445959232-0.0100547821586-0.142507340675-0.0979864338789-0.1003779366771.232401003830.159562326213-0.0652531524841.144837625-0.1828750905450.742125458236-96.023-32.39585.408
34.59476387231.415830376591.623876274170.9016357688510.8254390833232.25064747725-0.07471906033891.61757701274-1.1606342299-0.2748260971440.166871860202-0.195842231610.4715499204630.245297661492-0.1137167375670.8858142662080.01066112361310.2330163203511.19559183364-0.5721895126851.43056642204-109.243-21.40520.276
45.544021876110.434356175475-0.4883230099411.64980988014-0.2983646899321.179636388420.06546647841510.3570963783491.591314877990.122183522486-0.01072089597940.857928374771-0.113058093784-0.491753702005-0.06439657018440.50886138880.0123899641631-0.05905315577280.621187891477-0.01597462319031.22105982-137.174-35.7357.128
57.42030974242-0.6168573046490.4968275591840.319221913346-0.6665935740760.878220802735-0.278508620806-1.260416713341.321384780530.3917747775810.1712251682240.345453678081-0.392004467171-0.3071165541650.1027526843550.7225448291520.055480246774-0.06974930349470.85662956863-0.3432078231011.08669841538-129.588-31.0373.015
63.59870320329-0.2040353607080.2987544066461.334527172770.7638288785891.97232333974-0.1492301417910.852301424617-0.917319557437-0.374361122735-0.24884595520.1195350911040.282814335548-0.4813701017880.2608018005930.800201900979-0.09386858275650.133191801940.779182432128-0.4304099251131.0514892084-125.392-16.33226.506
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 1:405 )A1 - 405
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND RESID 1:405 )B1 - 405
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN C AND RESID 1:231 )C1 - 231
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN D AND RESID 2:213 )D2 - 213
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN H AND RESID 1:229 )H1 - 229
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN L AND RESID 2:213 )L2 - 213

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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