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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8dv0 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of a Dephospho-CoA kinase from Rickettsia felis | ||||||
要素 | Dephospho-CoA kinase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / SSGCID / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 dephospho-CoA kinase / dephospho-CoA kinase activity / coenzyme A biosynthetic process / phosphorylation / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rickettsia felis URRWXCal2 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å | ||||||
データ登録者 | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: to be published タイトル: Crystal Structure of a Dephospho-CoA kinase from Rickettsia felis 著者: Mayclin, S.J. / Abendroth, J. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8dv0.cif.gz | 101.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8dv0.ent.gz | 74.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8dv0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8dv0_validation.pdf.gz | 448.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8dv0_full_validation.pdf.gz | 450 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8dv0_validation.xml.gz | 11.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8dv0_validation.cif.gz | 15.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dv/8dv0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dv/8dv0 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 4i1uS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23138.959 Da / 分子数: 1 / 断片: RifeA.01444.a.B1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Rickettsia felis URRWXCal2 (バクテリア) 株: ATCC VR-1525 / URRWXCal2 / 遺伝子: coaE, RF_0177 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4UN30, dephospho-CoA kinase | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 % |
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結晶化 | 温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Wizard 3/4 D11 (307537d11): 100 mM MES/NaOH pH6.5, 200 mM Ammonium sulfate, 30% (w/v) PEG 5000 MME: RifeA.01444.a.B1.PW308220 @ 26.35 mg/mL: dephosphocoenzyme A @ 6.6mM (does not appear in ...詳細: Wizard 3/4 D11 (307537d11): 100 mM MES/NaOH pH6.5, 200 mM Ammonium sulfate, 30% (w/v) PEG 5000 MME: RifeA.01444.a.B1.PW308220 @ 26.35 mg/mL: dephosphocoenzyme A @ 6.6mM (does not appear in structure): cryoprotected in reservoir supplemented with 15% ethylene glycol: puck/pin id: psd0-3 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2020年10月15日 / 詳細: Beryllium Lenses | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97872 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.4→30.6 Å / Num. obs: 35777 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 3.957 % / Biso Wilson estimate: 17.49 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.028 / Rrim(I) all: 0.032 / Χ2: 0.949 / Net I/σ(I): 23.76 / Num. measured all: 141563 / Scaling rejects: 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4I1U 解像度: 1.4→30.6 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 20.3 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 67.18 Å2 / Biso mean: 25.0737 Å2 / Biso min: 11.87 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.4→30.6 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15
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