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- PDB-8duz: Protective antibody against gonococcal lipooligosaccharide bound ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8duz
タイトルProtective antibody against gonococcal lipooligosaccharide bound to peptide mimetic
要素
  • Ig, lambda light chain
  • IgG heavy chain, Fd fragment
  • Mimetic peptide
キーワードIMMUNE SYSTEM / Antibody / IMMUNE SYSTEM Peptide antigen
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / ACETATE ION
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Bacteriophage sp. (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Beernink, P.T. / Beernink, B.P. / Rice, P.A. / Ram, S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI134868 米国
引用ジャーナル: Jacs Au / 年: 2024
タイトル: Gonococcal Mimitope Vaccine Candidate Forms a Beta-Hairpin Turn and Binds Hydrophobically to a Therapeutic Monoclonal Antibody.
著者: Beernink, P.T. / Di Carluccio, C. / Marchetti, R. / Cerofolini, L. / Carillo, S. / Cangiano, A. / Cowieson, N. / Bones, J. / Molinaro, A. / Paduano, L. / Fragai, M. / Beernink, B.P. / Gulati, ...著者: Beernink, P.T. / Di Carluccio, C. / Marchetti, R. / Cerofolini, L. / Carillo, S. / Cangiano, A. / Cowieson, N. / Bones, J. / Molinaro, A. / Paduano, L. / Fragai, M. / Beernink, B.P. / Gulati, S. / Shaughnessy, J. / Rice, P.A. / Ram, S. / Silipo, A.
履歴
登録2022年7月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.32024年11月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: IgG heavy chain, Fd fragment
C: IgG heavy chain, Fd fragment
D: Ig, lambda light chain
B: Ig, lambda light chain
E: Mimetic peptide
F: Mimetic peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,13413
ポリマ－96,6826
非ポリマー4537
水10,413578
1
A: IgG heavy chain, Fd fragment
B: Ig, lambda light chain
F: Mimetic peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5177
ポリマ－48,3413
非ポリマー1774
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5010 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area19220 Å2
手法PISA
2
C: IgG heavy chain, Fd fragment
D: Ig, lambda light chain
E: Mimetic peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,6176
ポリマ－48,3413
非ポリマー2763
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5130 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area19050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.610, 64.190, 110.810
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.120, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

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タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 EF

#3: タンパク質・ペプチド Mimetic peptide


分子量: 1695.933 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Bacteriophage sp. (ファージ)

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抗体 , 2種, 4分子 ACDB

#1: 抗体 IgG heavy chain, Fd fragment


分子量: 23800.439 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体 Ig, lambda light chain


分子量: 22844.410 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

-
非ポリマー , 5種, 585分子

#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 578 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.51 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 0.17 M sodium acetate trihydrate 0.085 TrisHCl 22.5% PEG 4000 15% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→58.19 Å / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 25.24 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.094 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 1.65→1.71 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 1.841 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 64843 / CC1/2: 0.461 / Rpim(I) all: 0.766 / Rrim(I) all: 1.997 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX1.20.1_4487位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 8DOZ

8doz


解像度: 1.65→58.16 Å / SU ML: 0.2328 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.2637
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2339 1894 1.94 %
Rwork0.1892 95834 -
obs0.1901 97728 99.43 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 33.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→58.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6521 0 28 578 7127
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01046764
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.06489256
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0631066
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00981175
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4682378
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.65-1.690.33841350.33076784X-RAY DIFFRACTION99.35
1.69-1.740.32591350.31996845X-RAY DIFFRACTION99.39
1.74-1.790.37251330.29736768X-RAY DIFFRACTION99.25
1.79-1.850.31791350.27186808X-RAY DIFFRACTION99.24
1.85-1.910.27651340.23296783X-RAY DIFFRACTION99.33
1.91-1.990.28691350.2166819X-RAY DIFFRACTION99.36
1.99-2.080.25061350.20366840X-RAY DIFFRACTION99.59
2.08-2.190.30931350.20276839X-RAY DIFFRACTION99.61
2.19-2.330.2531350.18466827X-RAY DIFFRACTION99.49
2.33-2.510.2451350.18516836X-RAY DIFFRACTION99.63
2.51-2.760.23991360.1876884X-RAY DIFFRACTION99.56
2.76-3.160.24661350.17866859X-RAY DIFFRACTION99.39
3.16-3.980.17631370.16266932X-RAY DIFFRACTION99.45
3.98-58.160.19831390.16677010X-RAY DIFFRACTION99.42
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 1.0638202342 Å / Origin y: -22.6923414578 Å / Origin z: 27.625904359 Å
111213212223313233
T0.12497908157 Å20.00535331158129 Å2-0.000842472734812 Å2-0.135047392567 Å2-0.0246444779035 Å2--0.127448926652 Å2
L0.00622919005317 °20.020371802788 °2-0.0152171343932 °2-0.0113936763765 °20.0178440664518 °2--0.0133176997499 °2
S0.00255960519363 Å °-0.0130640884909 Å °0.00792612324497 Å °0.0152570439251 Å °-0.00451184891401 Å °-0.000420952336941 Å °-0.00259241647818 Å °0.0167029742474 Å °-1.00844549004E-13 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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