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万見
- PDB-8dur: Crystal structure of apo protein arginine N-methyltransferase 1 (... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dur
タイトルCrystal structure of apo protein arginine N-methyltransferase 1 (PRMT1) from Naegleria fowleri
要素Protein arginine N-methyltransferase 1 (PRMT1)
キーワードTRANSFERASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE
機能・相同性
機能・相同性情報


gamma-glutamylcyclotransferase activity / glutathione catabolic process / peptidyl-arginine methylation / protein-arginine N-methyltransferase activity / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Glutathione-specific gamma-glutamylcyclotransferase / ChaC-like protein / Gamma-glutamyl cyclotransferase-like superfamily / PUA domain / Putative RNA-binding Domain in PseudoUridine synthase and Archaeosine transglycosylase / PUA domain / PUA domain superfamily / Methyltransferase domain 25 / Methyltransferase domain / Protein arginine N-methyltransferase ...Glutathione-specific gamma-glutamylcyclotransferase / ChaC-like protein / Gamma-glutamyl cyclotransferase-like superfamily / PUA domain / Putative RNA-binding Domain in PseudoUridine synthase and Archaeosine transglycosylase / PUA domain / PUA domain superfamily / Methyltransferase domain 25 / Methyltransferase domain / Protein arginine N-methyltransferase / SAM-dependent methyltransferase PRMT-type domain profile. / PUA-like superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PUA domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Naegleria fowleri (フォーラーネグレリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.97 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201700059C 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorS10OD030394 米国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of apo protein arginine N-methyltransferase 1 (PRMT1) from Naegleria fowleri
著者: Seibold, S. / Liu, L. / Battaile, K.P. / Lovell, S.
履歴
登録2022年7月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn / Item: _diffrn.ambient_temp

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein arginine N-methyltransferase 1 (PRMT1)
B: Protein arginine N-methyltransferase 1 (PRMT1)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,9702
ポリマ－82,9702
非ポリマー00
水2,396133
1
A: Protein arginine N-methyltransferase 1 (PRMT1)

A: Protein arginine N-methyltransferase 1 (PRMT1)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,9702
ポリマ－82,9702
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_545-x,-y-1/2,z1
Buried area2750 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area26770 Å2
手法PISA
2
B: Protein arginine N-methyltransferase 1 (PRMT1)

B: Protein arginine N-methyltransferase 1 (PRMT1)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,9702
ポリマ－82,9702
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_455-x-1/2,y,-z1
Buried area3940 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area26740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.501, 147.708, 150.200
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number24
Space group name H-MI212121

-
要素

#1: タンパク質 Protein arginine N-methyltransferase 1 (PRMT1)


分子量: 41484.957 Da / 分子数: 2 / 断片: catalytic domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Naegleria fowleri (フォーラーネグレリア)
遺伝子: FDP41_006519 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6A5BBK9
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.29 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: Berkeley D8: 100mM MES pH 5.5, 100 mM Ammonium Citrate dibasic, 20% (w/v) PEG 3350, 5% (v/v) 2-propanol. NafoA.20639.a.A2.PW39094 at 8.5 mg/mL Tray: Original crystals from plate 12655, well ...詳細: Berkeley D8: 100mM MES pH 5.5, 100 mM Ammonium Citrate dibasic, 20% (w/v) PEG 3350, 5% (v/v) 2-propanol. NafoA.20639.a.A2.PW39094 at 8.5 mg/mL Tray: Original crystals from plate 12655, well D8 drop 1, reproduced these crystals in a Clover Jr. plate (Rigaku reagents), Puck: PSL1001, Cryo: 80% (v/v) crystallant + 20% (v/v) ethylene glycol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月7日
放射モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.97→47.42 Å / Num. obs: 63443 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 42.1 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.054 / Net I/σ(I): 18.6 / Num. measured all: 455633 / Scaling rejects: 30
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.97-2.026.80.8873017544210.7280.3650.962.2100
9.03-47.426.40.02647257380.9990.0110.02854.198.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.7.8データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.20.1_4487精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6CU3

6cu3


解像度: 1.97→35.48 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.223 3212 5.07 %Random
Rwork0.1956 ---
obs0.1969 63406 99.86 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å
原子変位パラメータBiso mean: 48.07 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.97→35.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4980 0 0 133 5113
Biso mean---46.63 -
残基数----634
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 23

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.97-20.29611320.280825752707100
2-2.030.28711550.272525932748100
2.03-2.060.24321350.246925832718100
2.06-2.10.2551470.240825832730100
2.1-2.140.27291290.237826082737100
2.14-2.180.29561500.226426042754100
2.18-2.220.25491630.23125482711100
2.22-2.270.26561570.216625812738100
2.27-2.320.25231220.216925962718100
2.32-2.380.25231410.222126012742100
2.38-2.450.291170.221926592776100
2.45-2.520.29021340.231625802714100
2.52-2.60.29531470.227426142761100
2.6-2.690.3021240.223626292753100
2.69-2.80.26161430.230726152758100
2.8-2.930.25961430.234426052748100
2.93-3.080.2221460.219326222768100
3.08-3.280.23971640.208825942758100
3.28-3.530.24331370.19952631276899
3.53-3.880.23821240.17912635275999
3.88-4.440.17631230.160526742797100
4.44-5.60.2061290.158626932822100
5.6-35.480.14861500.17412771292199
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.25372.43491.36793.81440.7434.65650.05140.0337-0.0771-0.08640.1172-0.17130.31350.1236-0.13240.31030.0592-0.00090.2427-0.03960.3322-16.243-17.689440.2124
20.9942-0.7529-0.40351.56310.47560.38850.07560.0858-0.19440.0874-0.12750.21080.0802-0.0090.04950.3140.0308-0.01810.3376-0.01540.3316-17.7354-43.962734.6442
31.3631-0.4821-1.63241.69680.76455.73270.0470.01760.1344-0.0640.0065-0.0653-0.2043-0.059-0.05390.31410.0001-0.02390.2809-0.02430.3368-1.00054.232814.6124
41.41090.34930.82940.2650.420.93840.0261-0.0435-0.0618-0.03460.07130.0139-0.1616-0.0174-0.09680.37650.0120.00070.3758-0.00790.3453-3.8815-5.6809-12.456
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 15 through 103 )A15 - 103
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 104 through 328 )A104 - 328
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 9 through 152 )B9 - 152
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 153 through 328 )B153 - 328

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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