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- PDB-8duk: Estrogen Receptor Alpha Ligand Binding Domain in Complex with (6'... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8duk
タイトルEstrogen Receptor Alpha Ligand Binding Domain in Complex with (6'-hydroxy-1'-(4-(2-(methylamino)ethoxy)phenyl)-1',4'-dihydro-2'H-spiro[cyclopropane-1,3'-isoquinolin]-2'-yl)(phenyl)methanone
要素Estrogen receptor
キーワードTRANSCRIPTION / Antiestrogen / breast cancer / alpha helical bundle / estrogen receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of epithelial cell apoptotic process / antral ovarian follicle growth / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / regulation of toll-like receptor signaling pathway / nuclear estrogen receptor activity / epithelial cell development / steroid hormone receptor signaling pathway / epithelial cell proliferation involved in mammary gland duct elongation ...regulation of epithelial cell apoptotic process / antral ovarian follicle growth / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / regulation of toll-like receptor signaling pathway / nuclear estrogen receptor activity / epithelial cell development / steroid hormone receptor signaling pathway / epithelial cell proliferation involved in mammary gland duct elongation / prostate epithelial cord elongation / prostate epithelial cord arborization involved in prostate glandular acinus morphogenesis / mammary gland branching involved in pregnancy / uterus development / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / vagina development / TFIIB-class transcription factor binding / androgen metabolic process / mammary gland alveolus development / cellular response to estrogen stimulus / estrogen response element binding / Mitochondrial unfolded protein response (UPRmt) / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / Nuclear signaling by ERBB4 / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / estrogen receptor signaling pathway / protein localization to chromatin / steroid binding / 14-3-3 protein binding / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / ESR-mediated signaling / negative regulation of miRNA transcription / TBP-class protein binding / nitric-oxide synthase regulator activity / nuclear estrogen receptor binding / transcription corepressor binding / transcription coregulator binding / stem cell differentiation / SUMOylation of intracellular receptors / cellular response to estradiol stimulus / euchromatin / beta-catenin binding / Nuclear Receptor transcription pathway / response to estrogen / transcription coactivator binding / male gonad development / nuclear receptor activity / positive regulation of fibroblast proliferation / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / Regulation of RUNX2 expression and activity / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / sequence-specific double-stranded DNA binding / Ovarian tumor domain proteases / response to estradiol / PIP3 activates AKT signaling / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / ATPase binding / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / regulation of inflammatory response / fibroblast proliferation / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / transcription regulator complex / Estrogen-dependent gene expression / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / calmodulin binding / Extra-nuclear estrogen signaling / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / chromatin remodeling / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of gene expression / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein kinase binding / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / Golgi apparatus / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal domain / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal / Estrogen receptor / : / Oestrogen receptor / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor ...Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal domain / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal / Estrogen receptor / : / Oestrogen receptor / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-TW6 / Estrogen receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Hancock, G.R. / Young, K.S. / Hosfield, D.J. / Joiner, C. / Sullivan, E.A. / Yildz, Y. / Laine, M. / Greene, G.L. / Fanning, S.W.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: NPJ Breast Cancer / 年: 2022
タイトル: Unconventional isoquinoline-based SERMs elicit fulvestrant-like transcriptional programs in ER+ breast cancer cells.
著者: Hancock, G.R. / Young, K.S. / Hosfield, D.J. / Joiner, C. / Sullivan, E.A. / Yildiz, Y. / Laine, M. / Greene, G.L. / Fanning, S.W.
履歴
登録2022年7月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年7月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Estrogen receptor
B: Estrogen receptor
C: Estrogen receptor
D: Estrogen receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,8468
ポリマ－116,1324
非ポリマー1,7144
水11,818656
1
A: Estrogen receptor
B: Estrogen receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,9234
ポリマ－58,0662
非ポリマー8572
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2930 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area20600 Å2
手法PISA
2
C: Estrogen receptor
D: Estrogen receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,9234
ポリマ－58,0662
非ポリマー8572
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2890 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area20720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.031, 57.665, 174.519
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.510, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Estrogen receptor / ER / ER-alpha / Estradiol receptor / Nuclear receptor subfamily 3 group A member 1


分子量: 29033.018 Da / 分子数: 4 / 変異: C381S, C417S, C530S, L536S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ESR1, ESR, NR3A1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03372
#2: 化合物
ChemComp-TW6 / [(1'R)-6'-hydroxy-1'-{4-[2-(methylamino)ethoxy]phenyl}-1',4'-dihydro-2'H-spiro[cyclopropane-1,3'-isoquinolin]-2'-yl](phenyl)methanone


分子量: 428.523 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H28N2O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 656 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 8,000, MgCl2, HEPES pH 8.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2021年2月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 106232 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.998 / Rpim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 208.37
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / Num. unique obs: 5068 / CC1/2: 0.624

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5UFX

5ufx


解像度: 1.7→49.91 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 40 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2684 5182 4.98 %
Rwork0.2311 98925 -
obs0.2329 104107 95.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 84.57 Å2 / Biso mean: 20.0932 Å2 / Biso min: 2.99 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→49.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7276 0 128 656 8060
Biso mean--17.6 27.71 -
残基数----928
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7-1.720.39211470.36242689283679
1.72-1.740.3681540.34682916307087
1.74-1.760.3641850.34263079326490
1.76-1.790.36681810.32463077325891
1.79-1.810.38431680.31683117328592
1.81-1.830.37421740.29543243341794
1.83-1.860.32981820.28433232341494
1.86-1.890.29511700.26893256342695
1.89-1.920.2981520.27143256340896
1.92-1.950.28181900.25813303349396
1.95-1.980.28851590.25253306346597
1.98-2.020.27631830.24883335351897
2.02-2.060.27281610.25413358351998
2.06-2.10.27541530.24783361351498
2.1-2.150.26241900.24343343353398
2.15-2.20.2861830.21933354353799
2.2-2.250.25291990.21413398359799
2.25-2.310.27511640.21023371353598
2.31-2.380.24981760.20763380355699
2.38-2.460.26691530.20473432358599
2.46-2.540.26831790.20263414359399
2.54-2.650.28141620.20533400356298
2.65-2.770.24061870.21263367355499
2.77-2.910.21622090.20083376358598
2.91-3.090.26231470.19913427357498
3.09-3.330.21551480.20463411355998
3.33-3.670.23181730.20093462363598
3.67-4.20.22831950.18813394358998
4.2-5.290.23191670.2053462362998
5.29-49.910.26371910.24423406359795
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8367-0.1438-0.38580.8827-0.11661.7610.0057-0.1305-0.03530.1698-0.0564-0.0542-0.07520.0450.0120.2944-0.1337-0.07360.18830.1377-0.0405-36.4988-8.840523.7189
20.8952-0.00550.08261.57960.77660.7016-0.0150.11470.1272-0.1531-0.0030.1763-0.0828-0.12560.09750.19390.0241-0.10.1755-0.03210.0794-37.30954.111312.715
31.10950.28410.21542.46750.78181.3530.0843-0.0576-0.19860.0630.0466-0.15060.16930.0217-0.10770.1481-0.00650.03470.2084-0.0270.1078-32.5102-7.711816.1033
43.91282.365-1.50982.9609-1.37691.7961-0.08930.15040.1473-0.19040.02040.0124-0.1993-0.01330.03220.11210.0266-0.0180.06040.04140.1667-8.341717.102263.6926
50.4847-0.3042-0.10310.5729-0.04160.59580.00640.11430.0191-0.0634-0.02110.09310.0103-0.0624-0.0918-0.08850.1363-0.1075-0.1690.12870.0454-11.06433.583662.389
62.2189-0.58920.4150.27720.31411.56940.0401-0.1866-0.40890.1156-0.02910.04890.2227-0.0262-0.05580.0103-0.0052-0.11430.07450.01690.163-11.8750.023880.015
71.51191.0159-0.10444.765-0.36262.47870.009-0.0686-0.11130.0617-0.0298-0.04820.141-0.0154-0.01240.05510.003-0.05110.07610.11770.1384-1.97770.278878.1973
80.4711-0.08930.30410.6212-0.73141.27720.02450.0214-0.0856-0.1053-0.0428-0.0330.09340.0383-0.01280.06270.017-0.10370.00480.05710.22021.96949.192762.8215
91.15980.57770.97561.18311.48024.51790.05620.19760.135-0.09280.0345-0.1450.01570.0312-0.09370.14080.0525-0.00120.02110.01570.16427.949415.069957.4292
100.58690.37860.04150.92650.18670.3764-0.0353-0.0169-0.01940.0415-0.05080.01210.0440.0548-0.0257-0.2092-0.01780.1909-0.14610.1637-0.01173.89282.201469.0604
111.49150.0193-0.12681.1099-0.5591.70780.24490.4431-0.245-0.3357-0.30010.10930.1287-0.08870.0640.3259-0.0704-0.00390.641-0.06430.1957-14.6421.127750.7605
121.360.0929-0.07741.4034-0.3850.84330.0018-0.06810.22280.0622-0.0157-0.0718-0.09710.0540.02490.01360.08220.00630.0850.0397-0.128725.9113-9.659568.6995
130.6045-0.2401-0.07770.7588-0.08440.64870.07430.25240.0082-0.2698-0.09350.0025-0.0482-0.0117-0.02340.00730.0830.03770.03460.1741-0.042717.6159-8.835461.5523
140.6043-0.27430.03420.49250.04310.59880.0014-0.03190.10930.04350.0162-0.03460.0106-0.0015-0.0208-0.1220.07630.15870.0556-0.0390.181618.41164.240572.5314
150.4202-0.11170.10190.8232-0.32190.4356-0.0153-0.04710.0405-0.0371-0.07880.04940.04310.04560.0009-0.0380.0861-0.0214-0.0156-0.0686-0.01413.7416-7.781269.5954
161.9811-1.2381-0.13551.7448-0.44571.27030.0084-0.10190.1372-0.0092-0.015-0.17440.00030.233-0.00440.1421-0.0544-0.02890.24890.02350.102-4.99888.321119.9399
171.6570.33390.20750.9089-0.25951.9247-0.09080.0587-0.1982-0.11760.0287-0.02410.02740.05620.07350.14170.0274-0.00260.207-0.00060.0062-11.30142.989617.7417
180.722-0.40150.02851.02030.39461.4560.07940.0053-0.0661-0.03430.06260.11230.1539-0.09940.01570.1483-0.08380.02840.19690.0648-0.0438-19.1985.516715.8535
190.7659-0.1270.51192.2236-2.23935.43810.0285-0.08270.09970.05620.05520.0282-0.1045-0.0516-0.0360.17980.0416-0.01460.2433-0.07350.0611-26.814915.179527.6782
200.9310.0280.43890.5690.03591.26010.0061-0.2049-0.10140.08870.052-0.13460.08490.1836-0.09220.2108-0.0161-0.07770.27290.08590.1289-16.01992.008323.053
212.00490.187-0.26814.0750.28621.8104-0.020.0623-0.1086-0.0616-0.060.14660.0007-0.20750.07840.0757-0.0266-0.02730.1538-0.00340.2264-44.8589-9.612816.5902
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 364 through 437 )B364 - 437
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 438 through 496 )B438 - 496
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 497 through 549 )B497 - 549
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'C' and (resid 308 through 331 )C308 - 331
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 332 through 395 )C332 - 395
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 396 through 420 )C396 - 420
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 421 through 437 )C421 - 437
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 438 through 465 )C438 - 465
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 466 through 496 )C466 - 496
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 497 through 528 )C497 - 528
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 529 through 550 )C529 - 550
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 306 through 363 )D306 - 363
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 364 through 437 )D364 - 437
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 438 through 496 )D438 - 496
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 497 through 550 )D497 - 550
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'A' and (resid 308 through 363 )A308 - 363
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'A' and (resid 364 through 420 )A364 - 420
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'A' and (resid 421 through 465 )A421 - 465
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'A' and (resid 466 through 496 )A466 - 496
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'A' and (resid 497 through 550 )A497 - 550
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'B' and (resid 306 through 363 )B306 - 363

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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