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- PDB-8duf: Crystal structure of Venezuelan Equine Encephalitis alphavirus (V... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8duf
タイトルCrystal structure of Venezuelan Equine Encephalitis alphavirus (VEEV) nonstructural protein 2 (nsp2) (K741A/K767A) protease domain
要素nsp2 protease domain
キーワードVIRAL PROTEIN / nonstructural protein / protease
機能・相同性
機能・相同性情報


: / host cell filopodium / mRNA methyltransferase activity / polynucleotide 5'-phosphatase activity / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / 7-methylguanosine mRNA capping / cysteine-type peptidase activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane ...: / host cell filopodium / mRNA methyltransferase activity / polynucleotide 5'-phosphatase activity / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / 7-methylguanosine mRNA capping / cysteine-type peptidase activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / RNA helicase activity / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / host cell nucleus / GTP binding / host cell plasma membrane / proteolysis / RNA binding / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Alphavirus nsP2 protease domain superfamily / Alphavirus nsp2 protease (nsp2pro) domain / Peptidase family C9 / Alphavirus nsp2 protease (nsp2pro) domain profile. / Viral methyltransferase / Alphavirus-like methyltransferase (MT) domain / Alphavirus-like methyltransferase (MT) domain profile. / Tymovirus, RNA-dependent RNA polymerase / RNA dependent RNA polymerase / Viral (Superfamily 1) RNA helicase ...Alphavirus nsP2 protease domain superfamily / Alphavirus nsp2 protease (nsp2pro) domain / Peptidase family C9 / Alphavirus nsp2 protease (nsp2pro) domain profile. / Viral methyltransferase / Alphavirus-like methyltransferase (MT) domain / Alphavirus-like methyltransferase (MT) domain profile. / Tymovirus, RNA-dependent RNA polymerase / RNA dependent RNA polymerase / Viral (Superfamily 1) RNA helicase / (+) RNA virus helicase core domain / (+)RNA virus helicase core domain profile. / Non-structural protein 3, X-domain-like / Macro domain / Appr-1"-p processing enzyme / Macro domain / Macro domain profile. / Macro domain-like / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Venezuelan equine encephalitis virus (ベネズエラウマ脳炎ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.46 Å
データ登録者Lountos, G.T.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2023
タイトル: Self-inhibited State of Venezuelan Equine Encephalitis Virus (VEEV) nsP2 Cysteine Protease: A Crystallographic and Molecular Dynamics Analysis.
著者: Hoffka, G. / Lountos, G.T. / Needle, D. / Wlodawer, A. / Waugh, D.S. / Tozser, J. / Motyan, J.A.
履歴
登録2022年7月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年3月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年4月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: nsp2 protease domain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,5471
ポリマ－36,5471
非ポリマー00
水5,873326
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area14260 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)45.186, 46.165, 175.945
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 nsp2 protease domain / Non-structural polyprotein


分子量: 36546.684 Da / 分子数: 1 / 変異: K1276A/K1302A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Venezuelan equine encephalitis virus (ベネズエラウマ脳炎ウイルス)
遺伝子: NSP, WQI_35787gpNSP, WQI_36543gpNSP / プラスミド: pDN2164 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: M1KSA0
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 326 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.01 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 2.2 M sodium formate, 10% v/v glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.46→50 Å / Num. obs: 64078 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 5.9 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rpim(I) all: 0.039 / Net I/σ(I): 31.7
反射 シェル解像度: 1.46→1.49 Å / Rmerge(I) obs: 1.53 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 3040 / CC1/2: 0.545 / Rpim(I) all: 0.662

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2HWK

2hwk


解像度: 1.46→40.194 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.26 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1971 3182 4.97 %
Rwork0.1535 60785 -
obs0.1556 63967 98.33 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 175.31 Å2 / Biso mean: 23.3096 Å2 / Biso min: 8.82 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.46→40.194 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2441 0 0 326 2767
Biso mean---37.93 -
残基数----308
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.46-1.48170.29391050.1896233089
1.4817-1.50480.25271360.1853259396
1.5048-1.52950.241290.1799252497
1.5295-1.55590.21821600.1656257297
1.5559-1.58410.18731330.1544261599
1.5841-1.61460.24391600.1485258298
1.6146-1.64760.17871410.1422258198
1.6476-1.68340.18121010.1379266099
1.6834-1.72260.19641530.1384260899
1.7226-1.76560.21571400.1367262699
1.7656-1.81340.20671610.1422263399
1.8134-1.86670.18411470.1411263099
1.8667-1.9270.17671330.13252659100
1.927-1.99590.19981560.142652100
1.9959-2.07580.16311200.13482708100
2.0758-2.17020.18581380.1362672100
2.1702-2.28460.18681280.13992709100
2.2846-2.42780.16561260.14042718100
2.4278-2.61520.17631350.15782691100
2.6152-2.87830.18041460.16352734100
2.8783-3.29460.21031330.16542752100
3.2946-4.15020.19011530.1479275499
4.1502-40.10.22531480.1785278295

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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