PDB-8du0: Crystal Structure of NADP bound GDP-L-fucose synthase from Brucel...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8du0

タイトル

Crystal Structure of NADP bound GDP-L-fucose synthase from Brucella ovis

要素

GDP-L-fucose synthase

キーワード

ISOMERASE / SSGCID / Multifunctional enzyme / Oxidoreductase / NADP / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

GDP-L-fucose synthase / GDP-L-fucose synthase activity / 'de novo' GDP-L-fucose biosynthetic process / NADP+ binding / isomerase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Brucella ovis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

1件

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of NADP bound GDP-L-fucose synthase from Brucella ovis
著者: DeBouver, N.D. / Davies, D.R. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2022年7月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年8月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月14日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.2	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8du0.cif.gz	130.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8du0.ent.gz	99.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8du0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8du0_validation.pdf.gz	731.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8du0_full_validation.pdf.gz	736.6 KB	表示
XML形式データ	8du0_validation.xml.gz	13.6 KB	表示
CIF形式データ	8du0_validation.cif.gz	18.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/du/8du0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/du/8du0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: BrovA.00085.a.B1

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: GDP-L-fucose synthase

ヘテロ分子

37.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.820, 75.820, 112.530
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-533- HOH

#1: タンパク質	GDP-L-fucose synthase / GDP-4-keto-6-deoxy-D-mannose-3 / 5-epimerase-4-reductase 分子量: 36897.914 Da / 分子数: 1 / 断片: BrovA.00085.a.B1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Brucella ovis (バクテリア) / 株: ATCC 25840 / 63/290 / NCTC 10512 / 遺伝子: fcl, BOV_A0361 / プラスミド: BrovA.00085.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H3AU93, GDP-L-fucose synthase
#2: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.39 %
結晶化	温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: [Target: BrovA.00085.a.B1.PS02318 - 20 mg/mL] [Barcode: 324698e1] [Pin: dnq8-5] [Crystallization: optimization screen based on MCSG1 h6 - 0.1M Sodium acetate/HCl pH 4.6, 3.5M Sodium formate, ...詳細: [Target: BrovA.00085.a.B1.PS02318 - 20 mg/mL] [Barcode: 324698e1] [Pin: dnq8-5] [Crystallization: optimization screen based on MCSG1 h6 - 0.1M Sodium acetate/HCl pH 4.6, 3.5M Sodium formate, 14C, 0.2:0.2 drop ratio] [Cryo: direct]

結晶

マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.39 %

結晶化

温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: [Target: BrovA.00085.a.B1.PS02318 - 20 mg/mL] [Barcode: 324698e1] [Pin: dnq8-5] [Crystallization: optimization screen based on MCSG1 h6 - 0.1M Sodium acetate/HCl pH 4.6, 3.5M Sodium formate, ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.9787 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2022年6月23日 / 詳細: Beryllium Lenses

放射

モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9787 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→32.83 Å / Num. obs: 22404 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.866 % / B_iso Wilson estimate: 48.6 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.048 / R_rim(I) all: 0.054 / Χ²: 0.924 / Net I/σ(I): 16.65 / Num. measured all: 109014

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.1-2.15	4.921	0.54	2.86	8046	1635	1635	0.905	0.606	100
2.15-2.21	4.941	0.419	3.58	7886	1596	1596	0.929	0.47	100
2.21-2.28	4.926	0.33	4.51	7616	1546	1546	0.95	0.37	100
2.28-2.35	4.926	0.246	5.96	7399	1502	1502	0.971	0.276	100
2.35-2.42	4.922	0.19	7.51	7196	1462	1462	0.98	0.213	100
2.42-2.51	4.947	0.141	9.36	7030	1421	1421	0.99	0.158	100
2.51-2.6	4.935	0.112	11.17	6712	1360	1360	0.994	0.125	100
2.6-2.71	4.927	0.096	13.13	6484	1316	1316	0.995	0.108	100
2.71-2.83	4.941	0.076	15.87	6250	1267	1265	0.996	0.086	99.8
2.83-2.97	4.896	0.057	19.86	5900	1205	1205	0.998	0.064	100
2.97-3.13	4.896	0.05	22.63	5650	1155	1154	0.998	0.056	99.9
3.13-3.32	4.885	0.045	25.83	5388	1104	1103	0.998	0.05	99.9
3.32-3.55	4.84	0.042	29.91	5005	1034	1034	0.998	0.047	100
3.55-3.83	4.842	0.04	31.12	4677	966	966	0.998	0.045	100
3.83-4.2	4.802	0.039	33.31	4322	901	900	0.998	0.044	99.9
4.2-4.7	4.777	0.036	34.57	3941	825	825	0.998	0.041	100
4.7-5.42	4.733	0.038	34.45	3403	720	719	0.998	0.043	99.9
5.42-6.64	4.621	0.039	34.15	2842	615	615	0.997	0.044	100
6.64-9.39	4.442	0.04	34.26	2221	501	500	0.997	0.046	99.8
9.39-32.83	3.736	0.042	32.16	1046	296	280	0.994	0.049	94.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.20-4487	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: AlphaFold2

解像度: 2.1→32.83 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.62 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2434	2115	9.44 %
R_work	0.206	20279	-
obs	0.2093	22394	99.88 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 154.94 Å² / B_iso mean: 75.0959 Å² / B_iso min: 35.54 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.1→32.83 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2089	0	54	62	2205
B_iso mean	-	-	56.68	62.49	-
残基数	-	-	-	-	286

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.1-2.15	0.3204	158	0.2792	1311	1469	100
2.15-2.2	0.2817	166	0.2664	1292	1458	100
2.2-2.26	0.2625	137	0.2495	1336	1473	100
2.26-2.33	0.2895	150	0.234	1332	1482	100
2.33-2.4	0.2811	125	0.2215	1321	1446	100
2.4-2.49	0.2672	162	0.2209	1310	1472	100
2.49-2.59	0.2861	135	0.2169	1358	1493	100
2.59-2.71	0.2956	127	0.2434	1372	1499	100
2.71-2.85	0.2898	137	0.2584	1326	1463	100
2.85-3.03	0.2853	125	0.231	1368	1493	100
3.03-3.26	0.2813	136	0.2278	1354	1490	100
3.26-3.59	0.2354	148	0.2206	1354	1502	100
3.59-4.11	0.2516	126	0.1807	1399	1525	100
4.11-5.17	0.2016	142	0.1736	1370	1512	100
5.17-32.83	0.2072	141	0.1907	1476	1617	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3076	-0.8027	-0.588	2.2521	0.2871	2.5806	-0.3023	1.3118	-0.4038	-0.3824	-0.2277	-0.2108	1.0451	-0.2059	-0.4195	0.7343	0.0055	0.0716	1.2972	-0.5271	0.4671	20.2881	16.1992	-21.6373
2	1.5661	-1.39	-0.8689	2.4358	0.3327	0.6495	-0.1077	1.8474	-0.7313	-1.0337	-0.2462	0.4389	0.868	-0.4446	0.4269	0.8793	-0.0872	0.0454	1.4214	-0.5465	0.7969	14.002	13.4411	-20.3411
3	3.5062	-0.5506	-0.4049	3.476	0.1748	3.8808	-0.1975	0.991	-0.3456	0.0334	-0.0842	0.0886	0.4845	-0.2137	0.2703	0.2967	-0.0627	0.0745	0.6358	-0.1041	0.4231	16.0294	24.4387	-9.2184
4	2.3685	0.0874	0.1547	2.0347	0.1393	4.5781	-0.2986	1.0476	0.2577	0.014	-0.0861	-0.348	0.2499	0.1142	0.3027	0.218	-0.0283	0.0679	0.629	0.0092	0.4285	21.1325	29.112	-8.6835
5	2.6469	3.1942	1.0731	4.0007	1.3377	0.4429	-0.5018	1.4123	1.52	-0.5386	-0.0484	0.4318	0.0272	1.0295	0.2964	0.5309	-0.031	0.0258	1.6871	0.4165	0.9409	4.8405	39.7452	-30.534
6	4.1352	0.0435	2.9315	1.4522	-0.568	3.2227	0.0414	1.667	0.71	-0.3161	-0.3686	-0.3049	0.0767	0.4515	-0.1607	0.4246	0.0791	0.1272	1.3708	0.1331	0.5288	25.4156	28.6401	-21.7538
7	3.5961	0.3486	0.4774	1.2656	-0.7011	0.5574	0.0339	2.2028	2.2612	-0.4563	-0.4228	-0.5883	-0.303	0.3264	0.9517	0.4254	-0.0261	-0.0083	1.7783	0.7882	1.3593	20.7338	43.309	-28.9422
8	2.5088	0.6374	2.5647	1.6901	1.5016	3.1442	-0.5558	1.6059	1.1072	-0.6179	-0.1073	0.1594	-0.5802	0.2206	0.0158	0.5715	-0.1404	0.0059	1.7153	0.6176	0.9016	17.5257	43.4674	-30.5953
9	2.9321	-1.2684	1.6288	0.8435	-0.668	0.9285	0.2403	1.9259	0.6644	-0.8592	-0.4683	-0.5101	-0.0255	-0.19	0.1264	0.726	0.1114	0.0881	2.2008	0.364	0.6416	21.9631	32.4446	-30.7306

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 19 through 43 )	A	19 - 43
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 44 through 63 )	A	44 - 63
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 64 through 144 )	A	64 - 144
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 145 through 191 )	A	145 - 191
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 192 through 215 )	A	192 - 215
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 216 through 256 )	A	216 - 256
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 257 through 271 )	A	257 - 271
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 272 through 299 )	A	272 - 299
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 300 through 327 )	A	300 - 327

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)