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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8dtx | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of SARS-CoV-2 spike stem helix peptide in complex with neutralizing antibody COV89-22 | |||||||||
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![]() | IMMUNE SYSTEM / SARS-CoV-2 / coronavirus / antibody / stem helix / neutralizing antibody / COVID-19 | |||||||||
機能・相同性 | ![]() Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Lin, T.H. / Lee, C.C.D. / Wilson, I.A. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Rare, convergent antibodies targeting the stem helix broadly neutralize diverse betacoronaviruses. 著者: Dacon, C. / Peng, L. / Lin, T.H. / Tucker, C. / Lee, C.D. / Cong, Y. / Wang, L. / Purser, L. / Cooper, A.J.R. / Williams, J.K. / Pyo, C.W. / Yuan, M. / Kosik, I. / Hu, Z. / Zhao, M. / Mohan, ...著者: Dacon, C. / Peng, L. / Lin, T.H. / Tucker, C. / Lee, C.D. / Cong, Y. / Wang, L. / Purser, L. / Cooper, A.J.R. / Williams, J.K. / Pyo, C.W. / Yuan, M. / Kosik, I. / Hu, Z. / Zhao, M. / Mohan, D. / Peterson, M. / Skinner, J. / Dixit, S. / Kollins, E. / Huzella, L. / Perry, D. / Byrum, R. / Lembirik, S. / Murphy, M. / Zhang, Y. / Yang, E.S. / Chen, M. / Leung, K. / Weinberg, R.S. / Pegu, A. / Geraghty, D.E. / Davidson, E. / Doranz, B.J. / Douagi, I. / Moir, S. / Yewdell, J.W. / Schmaljohn, C. / Crompton, P.D. / Mascola, J.R. / Holbrook, M.R. / Nemazee, D. / Wilson, I.A. / Tan, J. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 211.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 164.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 451.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 455.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 43.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 65.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8dtrC ![]() 8dttC ![]() 7sjsS C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: 抗体 | 分子量: 23638.607 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 抗体 | 分子量: 24069.760 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1917.122 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) ![]() ![]() 参照: UniProt: P0DTC2 #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.1 M sodium citrate, pH 5.6, 20% 2-propanol, and 20% PEG4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月10日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 99765 / % possible obs: 77.3 % / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 20.39 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.092 / Χ2: 1.097 / Net I/σ(I): 8.9 / Num. measured all: 599784 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 7SJS 解像度: 1.6→42.71 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 26.45 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 85.06 Å2 / Biso mean: 26.6019 Å2 / Biso min: 10.58 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.6→42.71 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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