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- PDB-8dtq: Crystal Structure of Staphylococcus aureus pSK41 Cop -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dtq
タイトルCrystal Structure of Staphylococcus aureus pSK41 Cop
要素Helix-turn-helix domain
キーワードDNA BINDING PROTEIN / transcriptional regulator / conjugation
機能・相同性
機能・相同性情報


Helix-turn-helix / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / lambda repressor-like DNA-binding domains / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Helix-turn-helix domain
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Walton, W.G. / Eakes, T.C. / Redinbo, M.R. / McLaughlin, K.J.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Plasmid / 年: 2023
タイトル: pSK41/pGO1-family conjugative plasmids of Staphylococcus aureus encode a cryptic repressor of replication.
著者: Sarosh, A. / Kwong, S.M. / Jensen, S.O. / Northern, F. / Walton, W.G. / Eakes, T.C. / Redinbo, M.R. / Firth, N. / McLaughlin, K.J.
履歴
登録2022年7月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年12月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Helix-turn-helix domain
B: Helix-turn-helix domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,4749
ポリマ－21,2752
非ポリマー1987
水2,522140
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2840 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area8570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.460, 56.261, 46.018
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.344, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and ((resid 2 through 5 and (name N...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 2 through 6 or resid 8...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1ASNILEA2 - 6
d_12ens_1LYSTYRA8 - 10
d_13ens_1TYRGLNA12 - 22
d_14ens_1ILELEUA24 - 35
d_15ens_1VALGLYA37 - 40
d_16ens_1LEUPROA42 - 51
d_17ens_1ILEVALA53 - 60
d_18ens_1SERALAA62 - 76
d_19ens_1GLUGLUA78 - 84
d_21ens_1ASNILEB1 - 5
d_22ens_1LYSTYRB7 - 9
d_23ens_1TYRGLNB11 - 21
d_24ens_1ILELEUB23 - 34
d_25ens_1VALGLYB36 - 39
d_26ens_1LEUPROB41 - 50
d_27ens_1ILEVALB52 - 59
d_28ens_1SERALAB61 - 75
d_29ens_1GLUGLUB77 - 83

NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.0492094633824, -0.932536964232, -0.357705520023), (-0.924367706722, -0.178175985902, 0.337339088779), (-0.378315703459, 0.314051155689, -0.870774999714)ベクター: ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.0492094633824, -0.932536964232, -0.357705520023), (-0.924367706722, -0.178175985902, 0.337339088779), (-0.378315703459, 0.314051155689, -0.870774999714)
ベクター: 55.1641864704, 39.2592474568, 59.6519002052)

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要素

#1: タンパク質 Helix-turn-helix domain / Helix-turn-helix domain protein / Helix-turn-helix domain-containing protein


分子量: 10637.744 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: BN1321_460002, FA040_14490, GO782_04310, GQX37_01460, SAMEA2078260_02861, SAMEA2078588_02856, SAMEA2081063_02868, SAMEA2081470_02943, SAP014A_023, SAP015H_002, SAP068A_002, SAP069A_028, ...遺伝子: BN1321_460002, FA040_14490, GO782_04310, GQX37_01460, SAMEA2078260_02861, SAMEA2078588_02856, SAMEA2081063_02868, SAMEA2081470_02943, SAP014A_023, SAP015H_002, SAP068A_002, SAP069A_028, SAP079A_025, SAP080A_043, SAP082A_020, VRA0062
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O87366
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 140 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.14 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 / 詳細: 3M sodium chloride, 0.1M sodium acetate pH 4.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.97942 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月2日
放射モノクロメーター: DCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97942 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→44.58 Å / Num. obs: 33440 / % possible obs: 99.45 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 18.43 Å2 / CC1/2: 0.991 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.07654 / Rrim(I) all: 0.1082 / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル解像度: 1.45→1.504 Å / 冗長度: 2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.72 / Num. unique obs: 3284 / CC1/2: 0.673 / Rrim(I) all: 0.7004 / % possible all: 98.44

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
Cootモデル構築
JBluIce-EPICSデータ収集
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.45→44.58 Å / SU ML: 0.1632 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.449
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2227 1999 5.98 %
Rwork0.1883 31437 -
obs0.1903 33436 99.45 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 27.93 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→44.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1350 0 7 140 1497
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00651442
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.79131949
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0758213
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0065251
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.0679205
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.920860555007 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.45-1.490.36181400.2832209X-RAY DIFFRACTION98.33
1.49-1.530.26941400.25172212X-RAY DIFFRACTION98.58
1.53-1.570.26131400.22212200X-RAY DIFFRACTION98.82
1.57-1.620.26171430.19632252X-RAY DIFFRACTION99.25
1.62-1.680.25561420.19122224X-RAY DIFFRACTION99.12
1.68-1.750.25341420.17822238X-RAY DIFFRACTION99.42
1.75-1.830.2351420.17112241X-RAY DIFFRACTION99.42
1.83-1.930.23461440.1772249X-RAY DIFFRACTION99.71
1.93-2.050.19731410.17482220X-RAY DIFFRACTION99.75
2.05-2.20.2081440.16082273X-RAY DIFFRACTION99.92
2.21-2.430.19011460.17642274X-RAY DIFFRACTION100
2.43-2.780.22021430.19312249X-RAY DIFFRACTION100
2.78-3.50.24351460.19672286X-RAY DIFFRACTION100
3.5-44.580.20471460.18662310X-RAY DIFFRACTION99.96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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