PDB-8dte: Crystal Structure of a toluene tolerance periplasmic transport pr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8dte

タイトル

Crystal Structure of a toluene tolerance periplasmic transport protein from Neisseria gonorrhoeae

要素

Periplasmic transport protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / SSGCID / Periplasmic transport / toluene tolerance / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

Tgt2/MlaC superfamily / Toluene tolerance Ttg2/phospholipid-binding protein MlaC / MlaC protein / Periplasmic transport protein

機能・相同性情報

生物種

Neisseria gonorrhoeae NCCP11945 (淋菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

1件

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of a toluene tolerance periplasmic transport protein from Neisseria gonorrhoeae
著者: DeBouver, N.D. / Abendroth, J. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2022年7月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年8月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月14日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.2	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8dte.cif.gz	85.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8dte.ent.gz	61.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8dte.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8dte_validation.pdf.gz	423.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8dte_full_validation.pdf.gz	423.8 KB	表示
XML形式データ	8dte_validation.xml.gz	9.2 KB	表示
CIF形式データ	8dte_validation.cif.gz	12.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dt/8dte ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dt/8dte	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: NegoA.18500.a.B2

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Periplasmic transport protein

ヘテロ分子

20.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.760, 51.760, 167.570
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	91
Space group name H-M	P4₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-201- MG
2	1	A-323- HOH

#1: タンパク質	Periplasmic transport protein 分子量: 20014.896 Da / 分子数: 1 / 断片: NegoA.18500.a.B2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Neisseria gonorrhoeae NCCP11945 (淋菌) 株: NCCP11945 / 遺伝子: NGK_2593 / プラスミド: NegoA.18500.a.B2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B4RRD5
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.13 %
結晶化	温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: [Target: NegoA.18500.a.B2.PS38078 - 50mg/mL] [Barcode: 321600a1] [Pin: mnd9-2] [Crystallization: sparse screen - Morpheus A1 - 10% (w/v) PEG 20000, 20% (v/v) PEG MME 550, 0.03M of each ...詳細: [Target: NegoA.18500.a.B2.PS38078 - 50mg/mL] [Barcode: 321600a1] [Pin: mnd9-2] [Crystallization: sparse screen - Morpheus A1 - 10% (w/v) PEG 20000, 20% (v/v) PEG MME 550, 0.03M of each divalent cation(0.3M Magnesium chloride, 0.3M Calcium chloride), 0.1M MES/imidazole pH 6.5, 14C, 0.2:0.2 drop ratio] [Cryo: direct]

結晶

マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.13 %

結晶化

温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: [Target: NegoA.18500.a.B2.PS38078 - 50mg/mL] [Barcode: 321600a1] [Pin: mnd9-2] [Crystallization: sparse screen - Morpheus A1 - 10% (w/v) PEG 20000, 20% (v/v) PEG MME 550, 0.03M of each ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.9787 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2022年2月3日 / 詳細: Beryllium Lenses

放射

モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9787 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.2→37.97 Å / Num. obs: 12332 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11.527 % / B_iso Wilson estimate: 38.2 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.055 / R_rim(I) all: 0.058 / Χ²: 0.91 / Net I/σ(I): 30.87 / Num. measured all: 142146

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.2-2.26	11.821	0.544	5.28	10509	889	889	0.962	0.568	100
2.26-2.32	11.904	0.45	6.29	10273	863	863	0.976	0.47	100
2.32-2.39	11.863	0.381	7.28	9716	819	819	0.98	0.398	100
2.39-2.46	11.906	0.334	8.23	10049	844	844	0.982	0.349	100
2.46-2.54	11.827	0.263	10.37	9296	786	786	0.986	0.275	100
2.54-2.63	11.84	0.209	12.8	9129	771	771	0.993	0.218	100
2.63-2.73	11.836	0.178	14.86	8865	749	749	0.994	0.186	100
2.73-2.84	11.793	0.142	17.93	8385	712	711	0.997	0.148	99.9
2.84-2.97	11.734	0.108	23.31	8155	695	695	0.998	0.113	100
2.97-3.11	11.627	0.09	27.74	7627	657	656	0.998	0.094	99.8
3.11-3.28	11.631	0.065	35.95	7525	648	647	0.999	0.068	99.8
3.28-3.48	11.542	0.047	47.52	6937	601	601	0.999	0.049	100
3.48-3.72	11.399	0.04	53.36	6680	586	586	0.999	0.042	100
3.72-4.02	11.3	0.032	63.9	5955	527	527	1	0.034	100
4.02-4.4	11.174	0.027	74.18	5509	494	493	1	0.028	99.8
4.4-4.92	11.004	0.027	75.72	5018	456	456	0.999	0.028	100
4.92-5.68	10.826	0.027	71.73	4482	414	414	1	0.028	100
5.68-6.96	10.369	0.027	71.32	3650	352	352	1	0.028	100
6.96-9.84	9.901	0.02	83.34	2891	292	292	1	0.021	100
9.84-37.97	8.26	0.019	79.44	1495	186	181	1	0.02	97.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.20.1-4487	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: AlphaFold2

解像度: 2.2→37.97 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.92 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2371	1245	10.15 %
R_work	0.1995	11025	-
obs	0.2033	12270	99.54 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 88.16 Å² / B_iso mean: 47.4292 Å² / B_iso min: 25.37 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.2→37.97 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1294	0	3	94	1391
B_iso mean	-	-	46.09	52.15	-
残基数	-	-	-	-	172

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.2-2.29	0.2288	145	0.2136	1184	1329	100
2.29-2.39	0.2788	133	0.2066	1189	1322	100
2.39-2.52	0.2302	144	0.1993	1196	1340	100
2.52-2.68	0.2296	149	0.212	1173	1322	100
2.68-2.88	0.3062	112	0.2317	1252	1364	100
2.88-3.17	0.2536	137	0.2086	1201	1338	100
3.17-3.63	0.2536	129	0.2021	1241	1370	100
3.63-4.57	0.2036	127	0.173	1264	1391	99
4.57-37.97	0.2299	169	0.2033	1325	1494	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	9.7748	-3.9666	-1.0847	6.7491	-0.4312	4.2927	-0.0187	0.8474	0.0673	-0.6099	0.0503	0.3875	-0.0819	0.1534	-0.0192	0.2686	-0.1021	-0.0732	0.4683	0.0346	0.3199	-7.2118	23.1145	-14.7414
2	5.8458	-1.2372	0.6729	4.4111	-2.7866	2.4022	0.2811	-0.1725	0.6711	0.3015	-0.0039	0.2273	-1.1056	-0.4484	-0.0907	0.3167	0.0125	0.0331	0.3866	-0.0505	0.2958	-12.6321	23.7768	8.0695
3	3.9207	0.2028	2.0436	4.4217	0.4175	2.7643	-0.0298	0.2903	-0.0054	-0.1464	0.0027	0.1401	0.5947	1.1907	-0.1114	0.2245	0.0056	0.0407	0.4224	0.0464	0.3179	-7.6356	15.8766	0.9298
4	4.99	-0.4876	-1.1317	5.3069	0.5434	8.5216	0.3854	0.5152	0.5714	-0.6663	-0.1161	0.9142	0.2628	-1.7586	-0.4149	0.4467	-0.0211	-0.1749	0.4328	0.1682	0.6393	-20.5223	27.2329	-12.3039
5	3.5515	-0.6066	2.2439	5.8776	0.2998	3.2637	0.1422	-0.0567	-0.1757	-1.5073	-0.2181	-0.5781	-0.4304	-0.2979	-0.0655	0.3105	-0.065	0.0659	0.5498	0.0902	0.3584	-19.6885	22.829	-11.0577
6	1.7829	-1.9433	1.5484	2.4956	-2.8769	8.4836	-0.0637	-0.1315	-0.0031	0.0531	0.0967	0.1751	0.341	-0.3574	-0.0095	0.1901	-0.0211	0.0217	0.316	0.0086	0.2494	-14.3246	16.7344	5.3322

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 23 through 61 )	A	23 - 61
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 62 through 80 )	A	62 - 80
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 81 through 105 )	A	81 - 105
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 106 through 133 )	A	106 - 133
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 134 through 149 )	A	134 - 149
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 150 through 194 )	A	150 - 194

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)