PDB-8dtc: Crystal Structure of Glucokinase with bound glucose from Acantham...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8dtc

タイトル

Crystal Structure of Glucokinase with bound glucose from Acanthamoeba castellanii

要素

Glucokinase

グルコキナーゼ

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) / SSGCID /

ATP binding (アデノシン三リン酸) /

glucokinase (グルコキナーゼ) /

glucose binding (グルコース) / glycolytic process /

Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

グルコキナーゼ /

glucokinase activity /

D-glucose binding / glycolytic process /

ATPase, nucleotide binding domain /

ATP binding /

グルコース /

グルコキナーゼ

機能・相同性情報

生物種

Acanthamoeba castellanii (カステラーニアメーバ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

1件

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of Glucokinase with bound glucose from Acanthamoeba castellanii
著者: DeBouver, N.D. / Abendroth, J. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2022年7月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年8月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月14日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.2	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8dtc.cif.gz	320.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8dtc.ent.gz	257.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8dtc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dt/8dtc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dt/8dtc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: AccaA.19900.a.Q2

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (1) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Glucokinase

B: Glucokinase

ヘテロ分子

88.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	114.990, 52.790, 118.350
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 118.620, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質

Glucokinase /

グルコキナーゼ

分子量: 43954.570 Da / 分子数: 2 / 断片: AccaA.19900.a.Q2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Acanthamoeba castellanii (カステラーニアメーバ)
遺伝子: ACA1_177380 / プラスミド: AccaA.19900.a.Q2 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: L8GT25

#2: 糖

ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス /

グルコース

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#3: 化合物

ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン /

硫酸塩

分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄

#4: 化合物

ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル /

エチレングリコール

分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂

#5: 水

ChemComp-HOH / water /

水

分子量: 18.015 Da / 分子数: 549 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.71 %
結晶化	温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: AccaA.19900.a.Q2.PS38640 at 25.33 mg/mL was mixed 1:1 (0.2 uL protein and 0.2 uL precipitant) with 0.1 M MES: NaOH, pH 6.5, 1.6 M Magnesium Sulfate (MCSG-1 E5). [Barcode: 321398e5] [pin: bzu2- ...詳細: AccaA.19900.a.Q2.PS38640 at 25.33 mg/mL was mixed 1:1 (0.2 uL protein and 0.2 uL precipitant) with 0.1 M MES: NaOH, pH 6.5, 1.6 M Magnesium Sulfate (MCSG-1 E5). [Barcode: 321398e5] [pin: bzu2-8] [cryo: 20% Ethylene glycol]

結晶

マシュー密度: 3.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.71 %

結晶化

温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: AccaA.19900.a.Q2.PS38640 at 25.33 mg/mL was mixed 1:1 (0.2 uL protein and 0.2 uL precipitant) with 0.1 M MES: NaOH, pH 6.5, 1.6 M Magnesium Sulfate (MCSG-1 E5). [Barcode: 321398e5] [pin: bzu2- ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.9787 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2021年4月1日 / 詳細: Beryllium Lenses

放射

モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9787 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.25→39.38 Å / Num. obs: 59214 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3.75 % / B_iso Wilson estimate: 32.57 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.08 / R_rim(I) all: 0.093 / Χ²: 0.914 / Net I/σ(I): 12.35 / Num. measured all: 222043 / Scaling rejects: 141

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.25-2.31	3.395	0.522	2.29	14974	4432	4410	0.737	0.618	99.5
2.31-2.37	3.782	0.46	2.78	16061	4256	4247	0.803	0.536	99.8
2.37-2.44	3.784	0.381	3.43	15755	4182	4164	0.853	0.443	99.6
2.44-2.52	3.808	0.321	4.03	15433	4068	4053	0.897	0.374	99.6
2.52-2.6	3.799	0.281	4.6	14728	3893	3877	0.917	0.327	99.6
2.6-2.69	3.801	0.215	5.82	14383	3809	3784	0.947	0.25	99.3
2.69-2.79	3.805	0.179	7.01	13973	3695	3672	0.963	0.208	99.4
2.79-2.9	3.802	0.147	8.52	13276	3518	3492	0.976	0.171	99.3
2.9-3.03	3.81	0.116	10.63	12786	3386	3356	0.985	0.135	99.1
3.03-3.18	3.81	0.097	12.78	12259	3253	3218	0.988	0.113	98.9
3.18-3.35	3.805	0.081	15.29	11585	3085	3045	0.992	0.094	98.7
3.35-3.56	3.771	0.061	19.46	10891	2929	2888	0.994	0.071	98.6
3.56-3.8	3.748	0.052	22.8	10285	2791	2744	0.996	0.06	98.3
3.8-4.11	3.717	0.046	25.94	9374	2581	2522	0.996	0.053	97.7
4.11-4.5	3.715	0.043	26.89	8541	2355	2299	0.997	0.05	97.6
4.5-5.03	3.75	0.037	27.79	7882	2161	2102	0.998	0.044	97.3
5.03-5.81	3.759	0.039	27.1	7040	1930	1873	0.998	0.045	97
5.81-7.12	3.768	0.038	27.45	5890	1618	1563	0.998	0.045	96.6
7.12-10.06	3.708	0.031	31.84	4557	1290	1229	0.998	0.036	95.3
10.06-39.38	3.506	0.03	34.15	2370	747	676	0.998	0.035	90.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.20.1-4487	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: AlphaFold2

解像度: 2.25→39.38 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.97 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2013	2067	3.49 %
R_work	0.1694	57141	-
obs	0.1705	59208	98.93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 105.31 Å² / B_iso mean: 40.5027 Å² / B_iso min: 16.52 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.25→39.38 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5755	0	66	558	6379
B_iso mean	-	-	46.2	45.17	-
残基数	-	-	-	-	748

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.25-2.3	0.2549	145	0.2237	3850	3995	100
2.3-2.36	0.2747	133	0.2224	3764	3897	100
2.36-2.42	0.2354	124	0.2125	3833	3957	100
2.42-2.49	0.2609	141	0.1962	3810	3951	100
2.5-2.58	0.2301	142	0.1977	3793	3935	100
2.58-2.67	0.2097	126	0.187	3803	3929	100
2.67-2.77	0.2469	167	0.1902	3815	3982	99
2.77-2.9	0.2286	128	0.1803	3803	3931	99
2.9-3.05	0.2332	154	0.1805	3786	3940	99
3.05-3.24	0.1886	115	0.1733	3850	3965	99
3.24-3.5	0.2313	125	0.1697	3807	3932	99
3.5-3.85	0.1818	155	0.1545	3779	3934	99
3.85-4.4	0.1845	184	0.1399	3756	3940	98
4.4-5.54	0.1462	142	0.139	3774	3916	97
5.54-39.38	0.1581	86	0.1665	3918	4004	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6588	0.8675	1.8423	3.4363	1.4055	6.8563	0.0246	0.6008	-0.1029	-0.815	0.1495	0.0078	0.2011	0.1828	-0.082	0.7567	-0.0014	-0.0704	0.3418	0.0031	0.2491	3.0593	1.3389	-5.9201
2	1.4865	-0.2461	0.3071	1.7991	-0.5292	3.9355	-0.0733	0.1442	-0.0157	-0.3542	0.0228	0.0015	-0.0301	0.0923	0.0569	0.3012	0.0158	0.0053	0.1991	-0.0346	0.1934	6.4386	3.3249	12.7951
3	3.0819	-0.263	0.2244	1.5323	0.1841	2.0104	0.0771	-0.0276	-0.1539	-0.1448	-0.1531	-0.258	0.1094	0.5037	0.0682	0.2184	0.0308	0.0223	0.3419	0.0562	0.1931	21.5311	-2.5645	32.7203
4	1.9919	-0.1049	0.272	1.3215	-0.0592	1.8418	0.0105	0.0434	-0.237	-0.3079	-0.0683	-0.0676	0.4429	0.3226	0.0743	0.2952	0.0528	0.0385	0.2388	-0.0174	0.2747	12.0718	-10.6847	27.0169
5	4.5124	0.4029	-1.2232	7.1609	0.157	2.4869	0.0403	-0.5676	0.5793	0.5347	-0.1895	0.045	0.0446	-0.0237	0.1812	0.2901	-0.0225	0.1406	0.2199	0.0157	0.4574	-32.4232	-1.249	57.2645
6	4.4805	0.4328	-1.0456	2.6246	0.2068	2.2218	0.0913	-0.3754	0.0795	0.1471	-0.0137	0.0851	0.0036	0.078	-0.0001	0.1825	-0.018	0.0274	0.1239	-0.0225	0.2282	-20.6311	-5.7835	55.6427
7	5.2401	1.6165	-1.0815	3.4932	0.6286	2.6177	0.1488	-0.1512	-1.1891	0.2465	-0.0595	-0.3977	0.6872	0.5342	0.0808	0.2539	0.041	0.0111	0.2699	0.0216	0.4936	-3.9108	-13.7454	50.3673
8	2.641	0.2491	-0.4574	0.7246	0.056	1.0405	0.0963	-0.0343	0.0262	0.0353	-0.0611	-0.03	-0.1033	0.2024	-0.0379	0.2148	-0.029	0.0145	0.2024	-0.01	0.2078	-0.1705	2.882	45.8286
9	1.5783	-0.4532	0.0482	2.6941	0.7286	2.5122	0.048	-0.7601	0.193	0.8036	-0.2353	0.0393	0.3368	0.0095	0.0976	0.3925	-0.1615	0.0347	0.5905	-0.0448	0.2525	11.2058	8.0644	61.6958
10	2.3617	0.5135	-0.4772	1.3244	0.2137	1.5451	0.1885	-0.3439	0.2708	0.1831	-0.0486	0.1232	-0.145	0.2362	-0.1273	0.2064	-0.0155	0.0116	0.1908	-0.029	0.2179	-0.1159	11.9206	47.1431

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 12 through 33 )	A	12 - 33
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 34 through 182 )	A	34 - 182
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 183 through 320 )	A	183 - 320
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 321 through 385 )	A	321 - 385
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 12 through 33 )	B	12 - 33
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 34 through 100 )	B	34 - 100
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 101 through 126 )	B	101 - 126
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 127 through 258 )	B	127 - 258
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 259 through 319 )	B	259 - 319
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 320 through 385 )	B	320 - 385

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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