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- PDB-8dt6: Crystal Structure of DNA Polymerase III beta subunit from Elizabe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dt6
タイトルCrystal Structure of DNA Polymerase III beta subunit from Elizabethkingia anophelis
要素Beta sliding clamp
キーワードDNA BINDING PROTEIN / SSGCID / Beta sliding clamp / DNA replication / DNA-binding / Transferase / Nucleotidyltransferase / DNA-directed DNA polymerase / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA polymerase III complex / 3'-5' exonuclease activity / DNA replication / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase III, beta sliding clamp / DNA polymerase III, beta sliding clamp, N-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, C-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, central / DNA polymerase III beta subunit, N-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit, central domain / DNA polymerase III beta subunit, C-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta sliding clamp
類似検索 - 構成要素
生物種Elizabethkingia anophelis NUHP1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of DNA Polymerase III beta subunit from Elizabethkingia anophelis
著者: DeBouver, N.D. / Abendroth, J. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.
履歴
登録2022年7月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.22024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta sliding clamp
B: Beta sliding clamp
C: Beta sliding clamp
D: Beta sliding clamp
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)172,43217
ポリマ－171,9544
非ポリマー47813
水9,242513
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9690 Å2
ΔGint-159 kcal/mol
Surface area62310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.410, 88.010, 100.240
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.750, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 1 through 22 or (resid 27...
21(chain B and (resid 1 through 22 or (resid 27...
31(chain C and (resid 1 through 22 or (resid 27...
41(chain D and (resid 1 through 22 or resid 27...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 1 through 22 or (resid 27...A1 - 22
121(chain A and (resid 1 through 22 or (resid 27...A27
131(chain A and (resid 1 through 22 or (resid 27...A1 - 374
141(chain A and (resid 1 through 22 or (resid 27...A1 - 374
151(chain A and (resid 1 through 22 or (resid 27...A1 - 374
161(chain A and (resid 1 through 22 or (resid 27...A1 - 374
211(chain B and (resid 1 through 22 or (resid 27...B1 - 22
221(chain B and (resid 1 through 22 or (resid 27...B27
231(chain B and (resid 1 through 22 or (resid 27...B1 - 381
241(chain B and (resid 1 through 22 or (resid 27...B1 - 381
251(chain B and (resid 1 through 22 or (resid 27...B1 - 381
261(chain B and (resid 1 through 22 or (resid 27...B1 - 381
311(chain C and (resid 1 through 22 or (resid 27...C1 - 22
321(chain C and (resid 1 through 22 or (resid 27...C27
331(chain C and (resid 1 through 22 or (resid 27...C1 - 381
341(chain C and (resid 1 through 22 or (resid 27...C1 - 381
351(chain C and (resid 1 through 22 or (resid 27...C1 - 381
361(chain C and (resid 1 through 22 or (resid 27...C1 - 381
411(chain D and (resid 1 through 22 or resid 27...D1 - 22
421(chain D and (resid 1 through 22 or resid 27...D27 - 37
431(chain D and (resid 1 through 22 or resid 27...D38
441(chain D and (resid 1 through 22 or resid 27...D1 - 406
451(chain D and (resid 1 through 22 or resid 27...D1 - 406
461(chain D and (resid 1 through 22 or resid 27...D1 - 406

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要素

#1: タンパク質
Beta sliding clamp


分子量: 42988.617 Da / 分子数: 4 / 断片: ElanA.17987.a.AE1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Elizabethkingia anophelis NUHP1 (バクテリア)
遺伝子: BD94_1355 / プラスミド: ElanA.17987.a.AE1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A077EHW1
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 513 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.85 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: [Target: ElanA.17987.a.AE1.PS38659 - 28.82 mg/mL] [Barcode: 321211c7] [Pin: mjs7-5] [Crystallization: sparse screen - MCSG1 C7 - 100 mM Tris:HCl pH 8.5, 200 mM Calcium chloride, 25% (w/v) PEG ...詳細: [Target: ElanA.17987.a.AE1.PS38659 - 28.82 mg/mL] [Barcode: 321211c7] [Pin: mjs7-5] [Crystallization: sparse screen - MCSG1 C7 - 100 mM Tris:HCl pH 8.5, 200 mM Calcium chloride, 25% (w/v) PEG 4000, 14C, 0.2:0.2 drop ratio] [Cryo: 15% EG]

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.9787 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2021年9月16日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→40.26 Å / Num. obs: 66682 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.213 % / Biso Wilson estimate: 44.22 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rrim(I) all: 0.059 / Χ2: 0.926 / Net I/σ(I): 18.5 / Num. measured all: 280947 / Scaling rejects: 17
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.35-2.414.2360.5482.7349220.8180.62699.8
2.41-2.484.240.4423.4147590.8650.50699.9
2.48-2.554.2380.3574.1846880.9090.408100
2.55-2.634.2470.2974.9845020.9340.3499.9
2.63-2.714.2530.2426.1143940.9550.276100
2.71-2.814.2390.1937.642310.9730.22199.7
2.81-2.914.2390.1489.7740960.9820.16999.9
2.91-3.034.2330.11512.4139620.9890.131100
3.03-3.174.2380.08516.0937710.9940.09799.7
3.17-3.324.2170.06320.6836270.9970.07399.8
3.32-3.54.220.0525.5234200.9980.05799.8
3.5-3.724.1950.0430.0832790.9980.046100
3.72-3.974.1860.03633.3430590.9980.042100
3.97-4.294.1830.03137.3728540.9990.03699.8
4.29-4.74.2040.02642.4826260.9990.029100
4.7-5.254.180.02543.3924030.9990.029100
5.25-6.074.1680.02740.7521210.9990.03199.9
6.07-7.434.1250.02642.1317930.9990.03100
7.43-10.514.0850.02148.4114070.9990.02499.9
10.51-40.263.7630.02248.977680.9990.02596.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.20.1-4487精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: AlphaFold2

解像度: 2.35→40.26 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.77 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2183 2024 3.04 %
Rwork0.176 64642 -
obs0.1773 66666 99.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 126.98 Å2 / Biso mean: 54.4007 Å2 / Biso min: 27.47 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.35→40.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11380 0 13 513 11906
Biso mean--61.99 52.23 -
残基数----1494
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A6663X-RAY DIFFRACTION8.462TORSIONAL
12B6663X-RAY DIFFRACTION8.462TORSIONAL
13C6663X-RAY DIFFRACTION8.462TORSIONAL
14D6663X-RAY DIFFRACTION8.462TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.35-2.410.29361370.239246234760100
2.41-2.470.28231450.227545514696100
2.47-2.550.31281410.220246274768100
2.55-2.630.28061380.219745814719100
2.63-2.720.27561520.222446124764100
2.72-2.830.30581220.224746214743100
2.83-2.960.30821440.221246084752100
2.96-3.120.24941370.210146024739100
3.12-3.310.26751630.205245824745100
3.31-3.570.23471520.178746104762100
3.57-3.930.18471660.156945944760100
3.93-4.490.17791530.137946084761100
4.49-5.660.15151170.130546954812100
5.66-40.260.18731570.16784728488599
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.44891.2972-0.40096.7664-1.69583.1915-0.05160.01880.11560.72070.07620.1379-0.5194-0.1482-0.0090.5650.05280.02270.46570.03330.2543-41.4912-22.6105-24.7914
21.6370.8046-1.02741.7214-0.77693.0080.2666-0.3966-0.00630.875-0.3076-0.2615-1.12240.26680.04350.9188-0.069-0.16680.4656-0.01580.3846-30.54640.5158-42.0587
32.5441-1.479-1.60153.26631.18032.42410.00310.0840.14430.172-0.0599-0.6774-0.42550.17480.03960.4681-0.1318-0.15910.48710.07140.5434-13.9448-4.7013-62.2024
43.1114-0.4235-0.16947.5172-2.74463.9667-0.10340.33310.0601-0.0674-0.1914-0.37060.07980.21150.27550.2517-0.03090.00480.42060.02970.3138-2.3359-33.3399-65.1023
53.13840.8806-1.58132.2347-1.38174.7781-0.30980.3563-0.2116-0.37560.0491-0.33650.4886-0.01720.2080.3727-0.0070.06110.3028-0.03410.321-14.3753-56.0056-49.2629
62.3529-0.86340.52082.70460.29182.5685-0.1483-0.0160.0189-0.08860.09350.0385-0.1043-0.11440.04130.3103-0.0920.01420.35610.00180.2284-33.3656-51.829-31.366
72.775-1.1057-0.54476.93651.70073.50440.0769-0.16050.09320.1306-0.00430.3583-0.1041-0.1069-0.07880.2028-0.01120.00790.29760.0390.3628-39.3438-30.000612.6713
82.2879-0.7799-1.67222.28050.37753.4028-0.0701-0.090.03070.04640.1016-0.041-0.05320.1033-0.05470.3064-0.0193-0.03890.2541-0.02650.3403-23.4882-53.2952-0.8983
91.84310.4935-0.70491.8241-0.02944.2920.0135-0.01550.1497-0.10850.0521-0.1640.06710.3183-0.07240.2620.01490.02360.3177-0.04240.4018-4.8453-49.4481-18.8658
102.5913-3.88793.27617.6538-2.71887.5138-0.0674-0.4002-0.1953-0.01180.11010.1827-0.4183-0.03160.00320.4093-0.10830.19180.3409-0.0570.4434-1.5205-18.5862-25.2767
111.6278-1.72810.37395.74320.33321.56510.08840.1181-0.1032-0.5078-0.0235-0.4632-0.04250.2131-0.05170.3779-0.07510.14530.4057-0.0520.46412.1813-20.2709-27.9829
125.5983-0.9286-3.69665.02840.74665.7850.01160.2066-0.1784-0.2978-0.00160.0850.0398-0.27870.12560.342-0.0081-0.0010.3034-0.00820.323-14.05271.0942-11.7628
135.0491-0.8107-4.19553.08171.734.74110.03710.1330.0251-0.35740.0614-0.3875-0.23440.0192-0.11620.3424-0.02180.04390.31660.01490.3086-11.23993.8906-12.2449
143.15181.191-0.94285.3529-1.50713.42460.12020.06760.00430.3127-0.03650.3205-0.170.0208-0.09280.23050.026-0.00460.2949-0.0130.2995-29.7387-1.59267.3215
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 129 )A1 - 129
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 130 through 257 )A130 - 257
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 258 through 374 )A258 - 374
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 1 through 129 )B1 - 129
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 130 through 257 )B130 - 257
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 258 through 381 )B258 - 381
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 1 through 129 )C1 - 129
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 130 through 257 )C130 - 257
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 258 through 381 )C258 - 381
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 1 through 38 )D1 - 38
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 39 through 129 )D39 - 129
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 130 through 166 )D130 - 166
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 167 through 257 )D167 - 257
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 258 through 376 )D258 - 376

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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