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Yorodumi- PDB-8dt1: Crystal Structure of a Putative D-beta-hydroxybutyrate dehydrogen... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8dt1 | ||||||
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Title | Crystal Structure of a Putative D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase from Burkholderia cenocepacia J2315 in complex with NAD | ||||||
Components | 3-hydroxybutyrate dehydrogenase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / SSGCID / Putative D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase / NAD / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Burkholderia cenocepacia (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.8 Å | ||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal Structure of a Putative D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase from Burkholderia cenocepacia J2315 in complex with NAD Authors: Abendroth, J. / Mayclin, S.J. / Phan, J.N. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8dt1.cif.gz | 486.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8dt1.ent.gz | 330.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8dt1.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8dt1_validation.pdf.gz | 2.4 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8dt1_full_validation.pdf.gz | 2.5 MB | Display | |
Data in XML | 8dt1_validation.xml.gz | 48.2 KB | Display | |
Data in CIF | 8dt1_validation.cif.gz | 68.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dt/8dt1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dt/8dt1 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4trrS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 28444.488 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: BuceA.00010.z.B1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Burkholderia cenocepacia (bacteria) / Gene: A8E72_04365, A8F33_24625 / Plasmid: BuceA.00010.z.B1 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: A0A1V2Y0M0 |
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-Non-polymers , 5 types, 755 molecules
#2: Chemical | ChemComp-NAD / #3: Chemical | ChemComp-CIT / #4: Chemical | ChemComp-PO4 / | #5: Chemical | ChemComp-PG4 / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.2 Å3/Da / Density % sol: 44 % |
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Crystal grow | Temperature: 287 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4.5 Details: Optimized condition around RigakuReagents JCSG+ screen, condition C6:100mM sodium phosphate dibasic/citric acid pH 4.5: 43% (V/V) PEG 300: BuceA.00010.z.B1.PS01812 at 40mg/ml + 5mM NAD/MgCl2: ...Details: Optimized condition around RigakuReagents JCSG+ screen, condition C6:100mM sodium phosphate dibasic/citric acid pH 4.5: 43% (V/V) PEG 300: BuceA.00010.z.B1.PS01812 at 40mg/ml + 5mM NAD/MgCl2: tray: 325332 H9: cryo: reservoir with 5mM NAD and MgCl2: puck jqn3-2. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / Wavelength: 1.5418 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RIGAKU HyPix-6000HE / Detector: PIXEL / Date: Jul 18, 2022 / Details: Beryllium Lenses | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Diamond [111] / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.8→50 Å / Num. obs: 88982 / % possible obs: 99.3 % / Redundancy: 3.195 % / Biso Wilson estimate: 27.47 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Rrim(I) all: 0.05 / Χ2: 0.826 / Net I/σ(I): 15.91 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: apo structure, PDB entry 4trr Resolution: 1.8→22.17 Å / SU ML: 0.1398 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / Phase error: 17.4806 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 26.81 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.8→22.17 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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