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- PDB-8dss: X-ray crystal structure of Geobacillus stearothermophilus ComEA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dss
タイトルX-ray crystal structure of Geobacillus stearothermophilus ComEA
要素ComE operon protein 1
キーワードDNA BINDING PROTEIN / plasma membrane / DNA binding / genetic competence / oligomerization
機能・相同性
機能・相同性情報


protein secretion by the type II secretion system / type II protein secretion system complex / DNA repair / DNA binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Competence protein ComEA, helix-hairpin-helix domain / : / Helix-hairpin-helix motif / Soluble ligand binding domain / SLBB domain / RuvA domain 2-like / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif, class 1 / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif class 1
類似検索 - ドメイン・相同性
ComEA family DNA-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus stearothermophilus ATCC 7953 (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.05 Å
データ登録者Ahmed, I. / Neiditch, M.B.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM057720 米国
引用
ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structure-function studies reveal ComEA contains an oligomerization domain essential for transformation in gram-positive bacteria.
著者: Ahmed, I. / Hahn, J. / Henrickson, A. / Khaja, F.T. / Demeler, B. / Dubnau, D. / Neiditch, M.B.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr / 年: 2012
タイトル: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine.
著者: Afonine, P.V. / Grosse-Kunstleve, R.W. / Echols, N. / Headd, J.J. / Moriarty, N.W. / Mustyakimov, M. / Terwilliger, T.C. / Urzhumtsev, A. / Zwart, P.H. / Adams, P.D.
履歴
登録2022年7月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ComE operon protein 1
B: ComE operon protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3132
ポリマ－31,3132
非ポリマー00
水362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)80.706, 80.706, 71.279
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65
Space group name HallP65
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+5/6
#3: y,-x+y,z+1/6
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: -x,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 ComE operon protein 1 / ComEA family DNA-binding protein / Late competence protein ComEA DNA receptor


分子量: 15656.725 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus ATCC 7953 (バクテリア)
遺伝子: B4109_2104, B4114_2221, D9548_03605, GS458_2294, TGS27_0901
プラスミド: pTB146 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0K9HI54
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.52 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 30% PEG 400, 0.1M ammonium nitrate

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データ収集

回折平均測定温度: 297 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2021年1月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.05→50 Å / Num. obs: 5194 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 51.71 Å2 / CC1/2: 0.929 / Net I/σ(I): 9.38
反射 シェル解像度: 3.05→3.1 Å / Num. unique obs: 273 / CC1/2: 0.429

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 8DFK

8dfk


解像度: 3.05→40.35 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.2579
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.284 515 10.14 %
Rwork0.2262 4562 -
obs0.2319 5077 99.41 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 54.55 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.05→40.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1422 0 0 2 1424
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00331438
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.481947
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0455232
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042255
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.3649202
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.05-3.360.38861290.29581144X-RAY DIFFRACTION99.61
3.36-3.840.27021290.23911135X-RAY DIFFRACTION99.84
3.84-4.840.25941250.19911133X-RAY DIFFRACTION99.6
4.84-40.350.27131320.21161150X-RAY DIFFRACTION98.62
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.10662467653-1.81117053258-4.202145540054.80266347152-1.574305401557.52736814159-0.1094171878990.2749957095140.680540891956-0.150711494703-0.316849037174-0.7283756864150.9038376012661.4385022765-0.4863959751020.4605864849360.023302357868-0.1033522858560.258995128031-0.07947572960920.27753305913121.343442500934.262771490520.324878678
28.74679924636-5.67757132726-0.3163756382515.16230933898-0.5153229659822.729253501390.555242527222-1.044802185020.03615145694430.5756998754110.541640738162-0.31540602875-0.775938913011-0.15255854151-0.6753474223940.4278165152740.158922434506-0.03818875901370.515538714845-0.08588198658620.35891589966617.664421719337.419848900325.9445002982
35.93277843361.415197867253.082663120388.366542566433.821072991923.393505014720.2040770971730.6556943143240.12859625703-0.2815251594880.094648333283-0.60836090570.4271291405070.865990951474-0.3344792583410.2275790572250.04062560706720.03255516141460.3465017178750.07776985788580.22842444302114.79264643137.127614454912.4103933646
49.26910623652-5.816591407096.184306205333.6855103463-3.965350722477.62299832801-0.525229110455-0.767595351146-0.1916633669920.2305389361290.6080501084990.2758067555230.209275979418-1.081597451850.01618631373630.365702625061-0.08342164901160.007769234239350.275511346512-0.06721116664210.32939567430712.036235390932.238354127723.489473163
52.469012539970.4023138641842.845137153065.62702316839-2.781834806358.405682824480.5487830459750.859940465965-0.40700668065-0.281032537578-0.768375013639-1.115524625041.13785822439-0.154875629038-0.02482830023950.4477346841360.1147687901440.02275170132740.645144089052-0.06701884562510.60836747064716.535997783828.449699680211.6017921444
62.800382411881.075162998160.5549321040413.84820194022-0.6632608266415.202799652840.0690393086782-0.34549533563-0.03280531948510.1327636537490.06516353234820.3005361796720.18867026053-0.131360715091-0.1481942400980.216522546130.01766489579290.02728674249960.227110603165-0.01132178582430.201167130671-2.8826086901339.442090001613.3669454853
76.72460377181-0.787118241209-5.213556023410.6056953538840.6493915306424.25701734274-0.4192338098381.000407525680.4665887462040.2865451262490.344230604742-0.3031437463170.553131165544-0.2853704349540.9345189830010.5452951854560.04408993286010.0361119241430.5950798749010.04033230130360.6873727111344.5725290361231.4630174306-8.95906495506
87.070042453030.60323563714-3.535546136934.80193128242-5.564092958247.79778042671-0.3936892884820.0622132261595-1.20704913275-1.107979368690.8980279865490.7127051167061.441354005470.0227684362495-0.4019139260420.769544847137-0.0473264865166-0.04527771901130.578535475298-0.2557864397441.204275211895.572689437424.0386303424-21.5834182977
96.4104647984-1.416507679724.953033091678.246241627522.847239901698.197456847390.4246754178260.543417679685-0.720153726441-0.938518019999-0.4342000067361.34788684566-0.2081309659090.09308376264550.06522976737710.585737667165-0.0450044525053-0.07380762693620.44320023758-0.09570196050140.602563302343-1.6722937618432.9266050639-23.5679069458
100.3020607745290.721673259125-0.2170470401562.759106965881.009700913422.37272924163-0.987399815325-0.12886171787-0.3434095114750.756865930245-0.1118440997391.664947660260.470872996435-0.6503877461850.408433413320.431047140349-0.08124646325070.04790482206490.4357597750760.004005640227791.03190625494-0.053592445178632.8199281931-13.7544789002
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 62 through 75 )AA62 - 751 - 14
22chain 'A' and (resid 76 through 85 )AA76 - 8515 - 24
33chain 'A' and (resid 86 through 104 )AA86 - 10425 - 43
44chain 'A' and (resid 105 through 114 )AA105 - 11444 - 53
55chain 'A' and (resid 115 through 124 )AA115 - 12454 - 63
66chain 'B' and (resid 62 through 119 )BB62 - 1191 - 58
77chain 'B' and (resid 120 through 152 )BB120 - 15259 - 73
88chain 'B' and (resid 153 through 176 )BB153 - 17674 - 97
99chain 'B' and (resid 177 through 199 )BB177 - 19998 - 120
1010chain 'B' and (resid 200 through 207 )BB200 - 207121 - 128

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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