PDB-8dsr: Structure of Plasmepsin X (PM10, PMX) from Plasmodium falciparum ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8dsr

タイトル

Structure of Plasmepsin X (PM10, PMX) from Plasmodium falciparum 3D7 in complex with UCB7362

要素

Plasmepsin X

キーワード

HYDROLASE / Plasmepsin X / Plasmodium falciparum / PM10 / PMX

機能・相同性

機能・相同性情報

MHC class II antigen presentation / Neutrophil degranulation / entry into host cell by a symbiont-containing vacuole / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / protein autoprocessing / transport vesicle / protein processing / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.85 Å

データ登録者

Abendroth, J. / Lorimer, D.D.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Discovery and Characterization of Potent, Efficacious, Orally Available Antimalarial Plasmepsin X Inhibitors and Preclinical Safety Assessment of UCB7362 .
著者: Lowe, M.A. / Cardenas, A. / Valentin, J.P. / Zhu, Z. / Abendroth, J. / Castro, J.L. / Class, R. / Delaunois, A. / Fleurance, R. / Gerets, H. / Gryshkova, V. / King, L. / Lorimer, D.D. / ...

履歴

登録	2022年7月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年10月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年11月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年1月25日	Group: Other / Structure summary カテゴリ: audit_author / pdbx_SG_project ...audit_author / pdbx_SG_project / pdbx_database_status / struct_keywords Item: _pdbx_database_status.SG_entry / _struct_keywords.text
改定 1.3	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb8dsr.ent.gz	220 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8dsr_validation.pdf.gz	1023.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8dsr_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	8dsr_validation.xml.gz	24.8 KB	表示
CIF形式データ	8dsr_validation.cif.gz	33 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ds/8dsr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ds/8dsr	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7ry7S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Plasmepsin X

B: Plasmepsin X

ヘテロ分子

106 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Plasmepsin X

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
53.2 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Plasmepsin X

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
53.2 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	54.710, 61.430, 143.980
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.769, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 232 through 287 or (resid 288...
d_2	ens_1	(chain "B" and (resid 232 through 299 or (resid 300...

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg label comp-ID	End label comp-ID	Label asym-ID	Label seq-ID
d_1	1	ens_1	LYS	LYS	A	1 - 332
d_1	2	ens_1	382	382	B
d_2	1	ens_1	LYS	LYS	C	1 - 332
d_2	2	ens_1	382	382	D

NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.978551022, -0.0533473445209, -0.198977280552), (-0.0489741413555, -0.998439377323, 0.0268392117709), (-0.200098552773, -0.0165187966437, -0.979636513476)ベクター: ...

#1: タンパク質	Plasmepsin X / PfPMX / Plasmepsin 10 分子量: 52764.504 Da / 分子数: 2 / 断片: PlfaA.17789.b.HE11 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫) 株: isolate 3D7 / 遺伝子: PMX, PF3D7_0808200 / プラスミド: PlfaA.17789.b.HE11 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 株 (発現宿主): HEK 参照: UniProt: Q8IAS0, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ
#2: 化合物	ChemComp-TWU / (2E,6S)-6-{2-chloro-3-[(2-cyclopropylpyrimidin-5-yl)amino]phenyl}-2-imino-6-methyl-3-[(2S,4S)-2-methyloxan-4-yl]-1,3-diazinan-4-one 分子量: 468.979 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₂₉ClN₆O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.9 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.4 詳細: RigakuReagents JCSG A7 optimization screen: 100mM Tris HCl / NaOH pH 9.4, 17.86% PEG 8000: PlfaA.17789.b.HE11.PD38363 at 11.4mg/ml: cryo: 20% EG: tray: 3908603 D3: puck qpu2-2

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2019年4月18日

放射

モノクロメーター: C111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.85→50 Å / Num. obs: 22559 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.683 % / B_iso Wilson estimate: 68.75 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.069 / R_rim(I) all: 0.082 / Χ²: 0.915 / Net I/σ(I): 12.66

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.85-2.92	3.797	0.562	2.11	1685	0.913	0.656	99.8
2.92-3	3.794	0.4	2.86	1581	0.949	0.467	99.7
3-3.09	3.796	0.36	3.18	1560	0.951	0.42	99.9
3.09-3.19	3.809	0.279	4.19	1546	0.969	0.326	100
3.19-3.29	3.788	0.204	5.51	1470	0.984	0.238	99.7
3.29-3.41	3.773	0.163	6.78	1453	0.988	0.191	99.9
3.41-3.54	3.725	0.137	8.11	1338	0.992	0.161	99.8
3.54-3.68	3.618	0.137	9	1343	0.987	0.162	98.7
3.68-3.84	3.597	0.113	10.99	1274	0.989	0.133	98.7
3.84-4.03	3.624	0.078	14.25	1207	0.994	0.092	99.4
4.03-4.25	3.661	0.058	17.85	1172	0.997	0.068	99.9
4.25-4.51	3.616	0.05	21.6	1108	0.997	0.059	99.6
4.51-4.82	3.611	0.046	23.11	1046	0.997	0.054	99.8
4.82-5.2	3.601	0.044	24.38	970	0.996	0.052	100
5.2-5.7	3.63	0.044	23.8	893	0.997	0.051	99.8
5.7-6.37	3.619	0.042	23.97	821	0.997	0.05	99.9
6.37-7.36	3.55	0.039	25.6	724	0.997	0.046	100
7.36-9.01	3.534	0.035	29.52	626	0.997	0.042	99.5
9.01-12.75	3.431	0.03	31.71	473	0.998	0.035	99.4
12.75-50	3.119	0.03	30.94	269	0.997	0.036	94.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.19 dev 4035	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: apo structure 7ry7, minus pro domain

7ry7

解像度: 2.85→47.99 Å / SU ML: 0.4296 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 34.1224
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28	2027	9.01 %	0
R_work	0.2344	20468	-	-
obs	0.2385	22495	99.38 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 78.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.85→47.99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4989	0	66	0	5055

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0026	5187
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5673	7080
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0486	806
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	904
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.5571	1766

Refine LS restraints NCS

タイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.619444188874 Å

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.85-2.92	0.4242	150	0.3707	1449	X-RAY DIFFRACTION	99.32
2.92-3	0.3419	115	0.3207	1462	X-RAY DIFFRACTION	99.24
3-3.09	0.423	145	0.2956	1428	X-RAY DIFFRACTION	99.31
3.09-3.19	0.3306	163	0.2824	1448	X-RAY DIFFRACTION	99.57
3.19-3.3	0.2752	154	0.2695	1438	X-RAY DIFFRACTION	99.38
3.3-3.43	0.3493	158	0.2819	1478	X-RAY DIFFRACTION	99.45
3.43-3.59	0.3389	128	0.2866	1441	X-RAY DIFFRACTION	99.43
3.59-3.78	0.3354	150	0.3061	1403	X-RAY DIFFRACTION	98.04
3.78-4.02	0.2926	136	0.2274	1474	X-RAY DIFFRACTION	99.51
4.02-4.33	0.2156	131	0.2037	1492	X-RAY DIFFRACTION	99.69
4.33-4.76	0.2147	164	0.1674	1452	X-RAY DIFFRACTION	99.63
4.76-5.45	0.2309	155	0.1828	1478	X-RAY DIFFRACTION	99.88
5.45-6.86	0.3151	129	0.2363	1514	X-RAY DIFFRACTION	99.88
6.86-47.99	0.2578	149	0.2188	1511	X-RAY DIFFRACTION	98.99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.41284727836	2.10096097481	-2.73480356188	2.44887521172	-2.49980660313	4.48438306628	0.283637162507	-0.31130160942	0.133074403676	0.237185966066	-0.262485983964	0.0669451371446	-0.654405948946	-0.39127487327	0.107241005993	0.677963746442	-0.0301356870579	0.0640464714321	0.522699315943	-0.0264124061643	0.549549856427	-10.5006557089	5.90435787783	56.8551114408
2	4.17413016054	0.006456344831	3.6475022926	3.82060472354	-1.20006934426	3.69673167861	0.192486985538	-0.518920943104	-0.305682319292	0.301660085938	0.314042259901	0.716531765941	0.709797072713	-1.09034782861	-0.40375877293	0.641110535501	-0.0195040379735	0.0147227035918	0.711597790214	0.00234616338179	0.522310868064	-18.3144750034	-4.78162999843	49.427771773
3	3.98815530999	0.00439145494162	1.05659290405	1.85283074547	-0.417594978052	4.42738098374	0.0595923194373	0.349558046632	-0.141296206437	-0.269973070484	-0.0805619815234	-0.00819503174196	0.0620241747296	0.0984376958824	0.0833252861523	0.382914975905	0.000726287301477	0.104201296864	0.326224920028	-0.0288810742312	0.380471867597	-0.50194613159	-2.09108548328	54.5841458962
4	1.81791805807	0.308483448504	-0.530664494691	4.71198566217	-4.38804395512	7.16413222589	0.0401143249199	-0.0646645309083	-0.178722139858	0.0988318424452	-0.286251988952	-0.362848596283	0.163166089497	0.448354481592	0.22432173821	0.309375256331	0.0331057500343	-0.002192403446	0.351636039243	-0.00879223271143	0.555269633482	8.59373016009	-5.96128286307	68.5393895225
5	5.24058842314	-3.25371277401	4.23034564789	3.5799576455	-2.56476593411	4.66813134949	0.698308453596	-0.0355673428506	-0.289198053495	-0.395544202625	-0.403033675066	0.0163275241369	0.412839331345	-0.651901422536	0.299135842469	0.829108314182	-0.163061603318	0.0163068227456	0.657733054229	-0.0990396288073	0.490810278828	-33.932455142	-12.2938361157	16.6160612764
6	3.47002915173	-0.692399812605	-0.909678290451	2.40408437057	-0.00328859415893	7.14615434001	-0.0541009647057	0.00314959981636	0.259604089911	-0.0273102656102	0.0480345263984	0.108332034853	-0.128599738443	-0.241142082065	-0.0390340704768	0.507320718006	-0.0272419395572	-0.0805174183863	0.517637895948	-0.0303593965921	0.407119443288	-26.4808687067	-2.97513554418	18.2338577859
7	3.50766437102	-2.52877431746	1.30515415231	5.8971024946	-2.57897613096	5.15828364277	0.183178312893	0.0675573515276	0.135067096123	-0.739616118822	-0.272092792826	-0.50306238158	0.138237390037	0.797622910155	-0.0114609117491	0.625596413547	-0.0654739050452	0.110445665069	0.691984108232	0.0111119056254	0.551335893829	-17.256743125	-2.42094465807	2.41968360506

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 232 through 258 )	A	A	232 - 258	1 - 27
2	2	chain 'A' and (resid 259 through 306 )	A	A	259 - 306	28 - 75
3	3	chain 'A' and (resid 307 through 466 )	A	A	307 - 466	76 - 228
4	4	chain 'A' and (resid 467 through 570 )	A	A	467 - 570	229 - 332
5	5	chain 'B' and (resid 232 through 258 )	B	C	232 - 258	1 - 27
6	6	chain 'B' and (resid 259 through 476 )	B	C	259 - 476	28 - 238
7	7	chain 'B' and (resid 477 through 570 )	B	C	477 - 570	239 - 332

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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