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万見
- PDB-8dso: Structure of cIAP1, BTK and BCCov -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dso
タイトルStructure of cIAP1, BTK and BCCov
要素
  • Baculoviral IAP repeat-containing protein 2
  • Tyrosine-protein kinase BTK
キーワードONCOPROTEIN / E3 Ligase / PROTAC / Ternary Complex / BTK
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of ripoptosome assembly involved in necroptotic process / FBXO family protein binding / regulation of RIG-I signaling pathway / positive regulation of protein K48-linked ubiquitination / regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / regulation of B cell cytokine production / regulation of necroptotic process / proteoglycan catabolic process / monocyte proliferation ...negative regulation of ripoptosome assembly involved in necroptotic process / FBXO family protein binding / regulation of RIG-I signaling pathway / positive regulation of protein K48-linked ubiquitination / regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / regulation of B cell cytokine production / regulation of necroptotic process / proteoglycan catabolic process / monocyte proliferation / regulation of nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway / positive regulation of interleukin-17A production / positive regulation of protein K63-linked ubiquitination / eosinophil homeostasis / regulation of B cell apoptotic process / CD40 receptor complex / positive regulation of type III hypersensitivity / B cell affinity maturation / positive regulation of synoviocyte proliferation / histamine secretion by mast cell / neutrophil homeostasis / positive regulation of cGAS/STING signaling pathway / negative regulation of necroptotic process / cellular response to molecule of fungal origin / XY body / positive regulation of type I hypersensitivity / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / cellular response to interleukin-7 / MyD88 deficiency (TLR2/4) / non-canonical NF-kappaB signal transduction / TNFR1-induced proapoptotic signaling / positive regulation of protein monoubiquitination / IRAK4 deficiency (TLR2/4) / MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / RIPK1-mediated regulated necrosis / regulation of reactive oxygen species metabolic process / MyD88:MAL(TIRAP) cascade initiated on plasma membrane / positive regulation of B cell differentiation / positive regulation of immunoglobulin production / phospholipase activator activity / regulation of toll-like receptor signaling pathway / negative regulation of interleukin-10 production / regulation of innate immune response / negative regulation of B cell proliferation / Apoptotic cleavage of cellular proteins / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / Fc-epsilon receptor signaling pathway / mesoderm development / necroptotic process / phospholipase binding / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / B cell activation / regulation of cell differentiation / canonical NF-kappaB signal transduction / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / cell maturation / positive regulation of phagocytosis / response to cAMP / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / positive regulation of B cell proliferation / FCERI mediated Ca+2 mobilization / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / ubiquitin binding / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / positive regulation of protein ubiquitination / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / cellular response to reactive oxygen species / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / B cell receptor signaling pathway / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / FCGR3A-mediated phagocytosis / non-specific protein-tyrosine kinase / placenta development / apoptotic signaling pathway / Regulation of TNFR1 signaling / calcium-mediated signaling / NOD1/2 Signaling Pathway / peptidyl-tyrosine phosphorylation / RING-type E3 ubiquitin transferase / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / Regulation of necroptotic cell death / positive regulation of interleukin-6 production / cytoplasmic side of plasma membrane / protein polyubiquitination / G beta:gamma signalling through BTK / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / ubiquitin-protein transferase activity / positive regulation of tumor necrosis factor production / ubiquitin protein ligase activity / DAP12 signaling / G alpha (12/13) signalling events / T cell receptor signaling pathway / regulation of cell population proliferation / transferase activity / protein-folding chaperone binding / ER-Phagosome pathway / regulation of inflammatory response / protein tyrosine kinase activity / cytoplasmic vesicle
類似検索 - 分子機能
BIRC2/BIRC3, UBA domain / : / BIRC2/3-like, UBA domain / : / Caspase recruitment domain / BIR repeat. / Tyrosine-protein kinase BTK, SH3 domain / Zinc finger, Btk motif / BTK motif / Zinc finger Btk-type profile. ...BIRC2/BIRC3, UBA domain / : / BIRC2/3-like, UBA domain / : / Caspase recruitment domain / BIR repeat. / Tyrosine-protein kinase BTK, SH3 domain / Zinc finger, Btk motif / BTK motif / Zinc finger Btk-type profile. / Bruton's tyrosine kinase Cys-rich motif / BIR repeat / Inhibitor of Apoptosis domain / BIR repeat profile. / Baculoviral inhibition of apoptosis protein repeat / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / PH domain / : / Death-like domain superfamily / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Ring finger / Pleckstrin homology domain / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / SH2 domain superfamily / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / PH-like domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-TOO / Tyrosine-protein kinase BTK / Baculoviral IAP repeat-containing protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.334 Å
データ登録者Schiemer, J.S. / Calabrese, M.F.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: A covalent BTK ternary complex compatible with targeted protein degradation.
著者: Schiemer, J. / Maxwell, A. / Horst, R. / Liu, S. / Uccello, D.P. / Borzilleri, K. / Rajamohan, N. / Brown, M.F. / Calabrese, M.F.
履歴
登録2022年7月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年5月1日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Tyrosine-protein kinase BTK
D: Baculoviral IAP repeat-containing protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,6054
ポリマ－43,4322
非ポリマー1,1742
水1,29772
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)104.36, 104.36, 110.29
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 120
Int Tables number150
Space group name H-MP321

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要素

#1: タンパク質 Tyrosine-protein kinase BTK / Agammaglobulinemia tyrosine kinase / ATK / B-cell progenitor kinase / BPK / Bruton tyrosine kinase


分子量: 32112.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BTK, AGMX1, ATK, BPK
発現宿主: Spodoptera aff. frugiperda 2 RZ-2014 (蝶・蛾)
参照: UniProt: Q06187, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: タンパク質 Baculoviral IAP repeat-containing protein 2 / Cellular inhibitor of apoptosis 1 / C-IAP1 / IAP homolog B / Inhibitor of apoptosis protein 2 / ...Cellular inhibitor of apoptosis 1 / C-IAP1 / IAP homolog B / Inhibitor of apoptosis protein 2 / hIAP2 / RING finger protein 48 / RING-type E3 ubiquitin transferase BIRC2 / TNFR2-TRAF-signaling complex protein 2


分子量: 11318.731 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BIRC2, API1, MIHB, RNF48 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13490, RING-type E3 ubiquitin transferase
#3: 化合物 ChemComp-TOO / (4S)-4-[2-(2-{4-[(2E)-4-{(3R)-3-[4-amino-3-(4-phenoxyphenyl)-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-1-yl]piperidin-1-yl}-4-oxobut-2-en-1-yl]piperazin-1-yl}ethoxy)acetamido]-1-{(2S)-2-cyclohexyl-2-[(N-methyl-L-alanyl)amino]acetyl}-N-[(1R)-1,2,3,4-tetrahydronaphthalen-1-yl]-L-prolinamide bound form


分子量: 1108.379 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C61H81N13O7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.22 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9
詳細: 0.1 M BTP pH 9, 4M potassium formate, and 2% PEG MME 2K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.334→110.29 Å / Num. obs: 17804 / % possible obs: 88.9 % / 冗長度: 9.9 % / Rpim(I) all: 0.113 / Net I/σ(I): 4.7
反射 シェル解像度: 2.337→2.734 Å / Num. unique obs: 890 / Rpim(I) all: 0.551

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.8精密化
autoPROCデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5p9j

5p9j


解像度: 2.334→110.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.903 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.88 / SU R Cruickshank DPI: 0.456 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.446 / SU Rfree Blow DPI: 0.319 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.322
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2918 854 -RANDOM
Rwork0.2423 ---
obs0.2446 17804 59.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 70.79 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.3827 Å20 Å20 Å2
2---0.3827 Å20 Å2
3---0.7653 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.41 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.334→110.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2683 0 82 72 2837
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0082925HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.934046HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d959SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes525HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2844HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion353SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2242SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.58
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.27
LS精密化 シェル解像度: 2.334→2.53 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.5295 12 -
Rwork0.3443 --
obs--6.7 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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