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万見
- PDB-8dsb: Lambda Bacteriophage Orf63 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dsb
タイトルLambda Bacteriophage Orf63
要素Xis (Excision72)
キーワードVIRAL PROTEIN / BACTERIOPHAGE / LYTIC DEVELOPMENT
機能・相同性Bacteriophage lambda, Xis (Q38267) / Protein of unknown function (DUF1382) / viral capsid / Xis (Excision72)
機能・相同性情報
生物種Lambdavirus lambda (ウイルス)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Donaldson, L.W.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)2018-05838 カナダ
引用ジャーナル: Front Microbiol / 年: 2017
タイトル: Bad Phages in Good Bacteria: Role of the Mysterious orf63 of lambda and Shiga Toxin-Converting Phi 24 B Bacteriophages.
著者: Dydecka, A. / Bloch, S. / Rizvi, A. / Perez, S. / Nejman-Falenczyk, B. / Topka, G. / Gasior, T. / Necel, A. / Wegrzyn, G. / Donaldson, L.W. / Wegrzyn, A.
履歴
登録2022年7月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Xis (Excision72)
B: Xis (Excision72)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,7162
ポリマ－17,7162
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: light scattering, SEC-MALS was performed at the SPARC Centre at the Hospital for Sick Children (Toronto, ON) to confirm the dimeric assembly.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area2440 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area5770 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Xis (Excision72) / orf63


分子量: 8857.889 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lambdavirus lambda (ウイルス) / プラスミド: pD441-NH / 詳細 (発現宿主): ATUM Electra Vector / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q38267

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic12D 1H-13C HSQC
131isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
141isotropic13D 1H-13C NOESY
151isotropic13D 1H-15N NOESY
1121isotropic13D C(CO)NH
1111isotropic13D CBCA(CO)NH
1101isotropic13D HN(CA)CB
191isotropic13D HNCA
181isotropic13D HN(CO)CA
171isotropic13D HNCO
161isotropic13D HN(CA)CO
1151isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1141isotropic13D CCH-TOCSY
1132isotropic23D 12C-filtered 13C-edited
1161isotropic13D HBHA(CO)NH

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系詳細
solution15 mM TRIS, 140 mM sodium chloride, 0.05 % w/v sodium azide, 0.8 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] sample, 90% H2O/10% D2O13C15N_sample90% H2O/10% D2O
solution25 mM TRIS, 140 mM sodium chloride, 0.05 % w/v sodium azide, 0.8 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] sample, 90% H2O/10% D2O12C13C_sample90% H2O/10% D2O1:1 mixed sample to obtain intermolecular NOEs
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
5 mMTRISnatural abundance1
140 mMsodium chloridenatural abundance1
0.05 % w/vsodium azidenatural abundance1
0.8 mMsample[U-98% 13C; U-98% 15N]1
5 mMTRISnatural abundance2
140 mMsodium chloridenatural abundance2
0.05 % w/vsodium azidenatural abundance2
0.8 mMsample[U-98% 13C; U-98% 15N]2
試料状態イオン強度: 140 mM / Label: main_conditions / pH: 7.7 / 圧: 1 atm / 温度: 310 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID詳細
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III7001York University
Varian INOVAVarianINOVA6002University of Toronto

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
CcpNmr AnalysisCCPNデータ解析
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
RosettaBaker精密化
CYANAstructure calculation
精密化
手法ソフトェア番号詳細
simulated annealing3100 structures chosen from 5000
simulated annealing420 structures chosen from 100
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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