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- PDB-8ds5: X-ray structure of the MK5890 Fab - CD27 antibody-antigen complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ds5
タイトルX-ray structure of the MK5890 Fab - CD27 antibody-antigen complex
要素
  • CD27 antigen
  • MK-5890 Fab heavy chain
  • MK-5890 Fab light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


adaptive immune memory response involving T cells and B cells / CD27 signaling pathway / TNFs bind their physiological receptors / negative regulation of T cell apoptotic process / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / positive regulation of T cell differentiation / positive regulation of B cell differentiation / immunoglobulin mediated immune response / extrinsic apoptotic signaling pathway / T cell activation ...adaptive immune memory response involving T cells and B cells / CD27 signaling pathway / TNFs bind their physiological receptors / negative regulation of T cell apoptotic process / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / positive regulation of T cell differentiation / positive regulation of B cell differentiation / immunoglobulin mediated immune response / extrinsic apoptotic signaling pathway / T cell activation / positive regulation of JNK cascade / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / transmembrane signaling receptor activity / response to ethanol / cell surface receptor signaling pathway / external side of plasma membrane / negative regulation of apoptotic process / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tumour necrosis factor receptor 7 / Tumour necrosis factor receptor 7, N-terminal / : / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / TNFR/NGFR family cysteine-rich region signature. / Tumor necrosis factor receptor / nerve growth factor receptor repeats. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like ...Tumour necrosis factor receptor 7 / Tumour necrosis factor receptor 7, N-terminal / : / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / TNFR/NGFR family cysteine-rich region signature. / Tumor necrosis factor receptor / nerve growth factor receptor repeats. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.926 Å
データ登録者Fischmann, T.O.
資金援助1件
組織認可番号国
Other private
引用ジャーナル: J Immunother Cancer / 年: 2022
タイトル: Preclinical characterization and clinical translation of pharmacodynamic markers for MK-5890: a human CD27 activating antibody for cancer immunotherapy.
著者: Guelen, L. / Fischmann, T.O. / Wong, J. / Mauze, S. / Guadagnoli, M. / Babala, N. / Wagenaars, J. / Juan, V. / Rosen, D. / Prosise, W. / Habraken, M. / Lodewijks, I. / Gu, D. / Stammen- ...著者: Guelen, L. / Fischmann, T.O. / Wong, J. / Mauze, S. / Guadagnoli, M. / Babala, N. / Wagenaars, J. / Juan, V. / Rosen, D. / Prosise, W. / Habraken, M. / Lodewijks, I. / Gu, D. / Stammen-Vogelzangs, J. / Yu, Y. / Baker, J. / Lutje Hulsik, D. / Driessen-Engels, L. / Malashock, D. / Kreijtz, J. / Bertens, A. / de Vries, E. / Bovens, A. / Bramer, A. / Zhang, Y. / Wnek, R. / Troth, S. / Chartash, E. / Dobrenkov, K. / Sadekova, S. / van Elsas, A. / Cheung, J.K. / Fayadat-Dilman, L. / Borst, J. / Beebe, A.M. / Van Eenennaam, H.
履歴
登録2022年7月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CD27 antigen
B: MK-5890 Fab light chain
C: MK-5890 Fab heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,90610
ポリマ－65,8173
非ポリマー1,0897
水4,954275
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)114.246, 126.105, 131.602
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-10100-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 CD27 antigen / CD27L receptor / T-cell activation antigen CD27 / T14 / Tumor necrosis factor receptor superfamily member 7


分子量: 18459.900 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD27, TNFRSF7
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
株 (発現宿主): Expi293 / 参照: UniProt: P26842

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抗体 , 2種, 2分子 BC

#2: 抗体 MK-5890 Fab light chain


分子量: 23426.932 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
株 (発現宿主): Expi293
#3: 抗体 MK-5890 Fab heavy chain


分子量: 23929.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
株 (発現宿主): Expi293

-
非ポリマー , 3種, 282分子

#4: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#5: 化合物 ChemComp-2PE / NONAETHYLENE GLYCOL / 3,6,9,12,15,18,21,24-オクタオキサヘキサコサン-1,26-ジオ-ル


分子量: 414.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H38O10 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 275 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.84 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1M Tris Cl pH 8.5, 40% v/v PEG400, 8.0mM CdCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.926→52.4 Å / Num. obs: 45883 / % possible obs: 91.5 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 46.8 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.067 / Net I/σ(I): 15.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.927-2.10560.9521369322950.7180.4081.0381.662.6
6.218-52.46.10.0391393722930.9980.0170.04339.899.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
BUSTER2.11.7 (23-SEP-2019)精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2XTJ

2xtj


解像度: 1.926→22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU R Cruickshank DPI: 0.265 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.185 / SU Rfree Blow DPI: 0.155 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.154
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2254 2190 4.78 %RANDOM
Rwork0.2093 ---
obs0.2101 45831 63.8 %-
原子変位パラメータBiso max: 123.99 Å2 / Biso mean: 59.95 Å2 / Biso min: 24.74 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.0659 Å20 Å20 Å2
2---3.3694 Å20 Å2
3----2.6966 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.33 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.926→22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3980 0 309 0 4289
Biso mean--51.45 --
残基数----520
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1678SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1266HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4127HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion539SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4691SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d7969HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg14319HARMONIC20.98
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.74
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.05
LS精密化 シェル解像度: 1.93→2 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2759 42 4.58 %
Rwork0.2257 875 -
all0.228 917 -
obs--9.69 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.6075-1.78970.44475.2766-0.47922.27880.1166-0.0958-0.20190.0475-0.0721-0.05350.0292-0.0982-0.0444-0.0593-0.01450.0309-0.2580.0191-0.171-6.4342-54.516532.877
20.2902-0.4140.00833.8549-0.73961.04550.0146-0.2340.06060.3143-0.1482-0.7978-0.31140.38370.1336-0.1296-0.0817-0.0859-0.11370.0335-0.0656-17.1825-2.284819.1054
31.0999-1.04130.34754.5334-1.03241.8077-0.0154-0.1378-0.15680.05320.06180.1307-0.11920.0213-0.0464-0.0724-0.0143-0.0112-0.10610.0122-0.2054-32.6154-11.389115.6993
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A26 - 9922
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B1 - 9911
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C1 - 9902

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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