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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8drb | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Neisseria gonorrhoeae carbonic anhydrase with 3-phenyl-N-(5-sulfamoyl-1,3,4-thiadiazol-2-yl)propanamide | ||||||
![]() | Carbonic anhydrase | ||||||
![]() | LYASE / Carbonic anhydrase / Neisseria gonorrhoeae / Acetazolamide | ||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of pH / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / carbon dioxide transport / periplasmic space / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Marapaka, A.K. / Das, C. / Flaherty, D.P. / Yadav, R. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural Characterization of Thiadiazolesulfonamide Inhibitors Bound to Neisseria gonorrhoeae alpha-Carbonic Anhydrase. 著者: Marapaka, A.K. / Nocentini, A. / Youse, M.S. / An, W. / Holly, K.J. / Das, C. / Yadav, R. / Seleem, M.N. / Supuran, C.T. / Flaherty, D.P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 191.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 150.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 34.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 46 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27315.727 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-TBW / #3: 化合物 | ChemComp-ZN / #4: 化合物 | ChemComp-SO4 / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.58 % |
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結晶化 | 温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 / 詳細: 0.2 M NH4H2PO4, 2.2 M (NH4)2SO4 / PH範囲: 6.4-7.4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月6日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.0332 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.59→50 Å / Num. obs: 34669 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.164 / Rpim(I) all: 0.076 / Rrim(I) all: 0.181 / Χ2: 1.03 / Net I/σ(I): 4.9 / Num. measured all: 176488 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | ||||||
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Phasing MR | R rigid body: 0.547
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1KOP 解像度: 2.59→46.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / SU B: 10.571 / SU ML: 0.227 / SU R Cruickshank DPI: 0.6691 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.669 / ESU R Free: 0.318 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 175.02 Å2 / Biso mean: 43.375 Å2 / Biso min: 11.22 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.59→46.03 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.591→2.658 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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