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万見
- PDB-8dr9: Crystal structure of human ALDH2 in complex with NAD+ and PEG MME 550 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dr9
タイトルCrystal structure of human ALDH2 in complex with NAD+ and PEG MME 550
要素Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial
キーワードOXIDOREDUCTASE / ALDH2 / aldehyde dehydrogenase / mitochondrial
機能・相同性
機能・相同性情報


Metabolism of serotonin / regulation of dopamine biosynthetic process / regulation of serotonin biosynthetic process / phenylacetaldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / nitroglycerin metabolic process / aldehyde catabolic process / alcohol metabolic process / aldehyde dehydrogenase [NAD(P)+] activity / ethanol catabolic process / Ethanol oxidation ...Metabolism of serotonin / regulation of dopamine biosynthetic process / regulation of serotonin biosynthetic process / phenylacetaldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / nitroglycerin metabolic process / aldehyde catabolic process / alcohol metabolic process / aldehyde dehydrogenase [NAD(P)+] activity / ethanol catabolic process / Ethanol oxidation / aldehyde dehydrogenase (NAD+) / carboxylesterase activity / aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / Smooth Muscle Contraction / Mitochondrial protein degradation / NAD binding / carbohydrate metabolic process / electron transfer activity / mitochondrial matrix / mitochondrion / extracellular exosome
類似検索 - 分子機能
Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family ...Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Xu, S.Y. / Weng, J.K.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
W. M. Keck Foundation 米国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of human ALDH2 in complex with NAD+ and PEG MME 550
著者: Xu, S.Y. / Weng, J.K.
履歴
登録2022年7月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年8月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial
B: Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,98317
ポリマ－109,0812
非ポリマー3,90215
水16,952941
1
A: Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial
B: Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial
ヘテロ分子

A: Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial
B: Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)225,96634
ポリマ－218,1624
非ポリマー7,80330
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555-x,y,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)119.961, 119.961, 135.287
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number91
Space group name H-MP4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1094-

HOH

21A-1103-

HOH

31B-1078-

HOH

41B-1087-

HOH

51B-1097-

HOH

61B-1144-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial / ALDH class 2 / ALDH-E2 / ALDHI


分子量: 54540.621 Da / 分子数: 2 / 変異: C302S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ALDH2, ALDM / プラスミド: pHIS8-4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P05091, aldehyde dehydrogenase (NAD+)

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非ポリマー , 5種, 956分子

#2: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#3: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物
ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 941 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.94 % / 解説: 3D
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2
詳細: protein conditions: 8 mg/ml recombinant ALDH2 in 20 mM Tris-HCl, pH 8.0, 50 mM NaCl, 1 mM DTT, supplemented with 2-4% v/v DMSO well conditions: 100 mM sodium citrate, pH 5.0-5.6, 22-26% w/v ...詳細: protein conditions: 8 mg/ml recombinant ALDH2 in 20 mM Tris-HCl, pH 8.0, 50 mM NaCl, 1 mM DTT, supplemented with 2-4% v/v DMSO well conditions: 100 mM sodium citrate, pH 5.0-5.6, 22-26% w/v PEG MME 550 550 hanging drops were set with a 1.5:1 protein:well ratio
PH範囲: 5.0-5.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.984 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.984 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→49.92 Å / Num. obs: 155768 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.5 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 16.37
反射 シェル解像度: 1.5→1.59 Å / 冗長度: 13.7 % / Num. unique obs: 24827 / CC1/2: 0.809 / % possible all: 99.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0352精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2VLE

2vle


解像度: 1.5→49.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.974 / SU B: 1.111 / SU ML: 0.04 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.059 / ESU R Free: 0.059 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1574 7832 5 %RANDOM
Rwork0.1358 ---
obs0.1369 147935 99.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 88.33 Å2 / Biso mean: 15.868 Å2 / Biso min: 4.89 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.47 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.47 Å2-0 Å2
3----0.94 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.5→49.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7600 0 280 941 8821
Biso mean--37.72 29.22 -
残基数----988
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0128203
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0167403
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7411.6411141
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.5891.55417296
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.77451023
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg12.3661042
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.52101293
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.21213
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.029327
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021605
LS精密化 シェル解像度: 1.504→1.543 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.266 552 -
Rwork0.242 10767 -
all-11319 -
obs--99.12 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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