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万見
- PDB-8dqc: Crystal structure of 3-dehydroquinate dehydratase I from Klebsiel... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dqc
タイトルCrystal structure of 3-dehydroquinate dehydratase I from Klebsiella oxytoca (I222 Form)
要素3-dehydroquinate dehydratase I
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE
機能・相同性
機能・相同性情報


5-アミノ-6-(5-ホスホリボシルアミノ)ウラシルレダクターゼ / diaminohydroxyphosphoribosylaminopyrimidine deaminase
類似検索 - 分子機能
Riboflavin biosynthesis protein RibD / Riboflavin-specific deaminase, C-terminal / Bacterial bifunctional deaminase-reductase, C-terminal / RibD C-terminal domain / Cytidine and deoxycytidylate deaminase zinc-binding region / APOBEC/CMP deaminase, zinc-binding / Cytidine and deoxycytidylate deaminases zinc-binding region signature. / Cytidine and deoxycytidylate deaminase domain / Cytidine and deoxycytidylate deaminases domain profile. / Cytidine deaminase-like / Dihydrofolate reductase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸塩 / Riboflavin biosynthesis protein RibD
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella oxytoca (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201700059C 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorS10OD030394 米国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of 3-dehydroquinate dehydratase I from Klebsiella oxytoca (I222 Form)
著者: Liu, L. / Seibold, S. / Battaile, K.P. / Lovell, S.
履歴
登録2022年7月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn / Item: _diffrn.ambient_temp

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-dehydroquinate dehydratase I
B: 3-dehydroquinate dehydratase I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,7616
ポリマ－82,5122
非ポリマー2494
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3550 Å2
ΔGint-104 kcal/mol
Surface area30760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.800, 90.095, 222.401
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and ((resid 8 through 10 and (name N...
21(chain B and ((resid 8 through 10 and (name N...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: HIS / Beg label comp-ID: HIS

Dom-IDComponent-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLNGLN(chain A and ((resid 8 through 10 and (name N...AA8 - 108 - 10
12ALAALA(chain A and ((resid 8 through 10 and (name N...AA7 - 3757 - 375
13ALAALA(chain A and ((resid 8 through 10 and (name N...AA7 - 3757 - 375
14ALAALA(chain A and ((resid 8 through 10 and (name N...AA7 - 3757 - 375
15ALAALA(chain A and ((resid 8 through 10 and (name N...AA7 - 3757 - 375
21GLNGLN(chain B and ((resid 8 through 10 and (name N...BB8 - 108 - 10
22ALAALA(chain B and ((resid 8 through 10 and (name N...BB8 - 3758 - 375
23ALAALA(chain B and ((resid 8 through 10 and (name N...BB8 - 3758 - 375
24ALAALA(chain B and ((resid 8 through 10 and (name N...BB8 - 3758 - 375
25ALAALA(chain B and ((resid 8 through 10 and (name N...BB8 - 3758 - 375

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要素

#1: タンパク質 3-dehydroquinate dehydratase I /


分子量: 41256.199 Da / 分子数: 2 / 断片: KloxA.17380.a.B1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella oxytoca (バクテリア) / プラスミド: KloxA.17380.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A8F3UXX5
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.83 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 'Morpheus

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月7日
放射モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→70.9 Å / Num. obs: 20293 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 68.17 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.066 / Net I/σ(I): 18.3 / Num. measured all: 141641 / Scaling rejects: 3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.7-2.777.20.6621120515480.9350.2630.7132.799.8
12.07-70.95.60.02915362750.9990.0130.03141.698

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.7.7データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.20.1_4487精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2O7P

2o7p


解像度: 2.7→57.55 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.22 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2594 968 4.79 %
Rwork0.2214 19248 -
obs0.2232 20216 95.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 165.77 Å2 / Biso mean: 83.6019 Å2 / Biso min: 46.11 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→57.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5387 0 10 0 5397
Biso mean--89.78 --
残基数----726
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3165X-RAY DIFFRACTION8.546TORSIONAL
12B3165X-RAY DIFFRACTION8.546TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.7-2.840.36711360.33642817295399
2.84-3.020.32351590.27722792295199
3.02-3.250.29061370.282928522989100
3.25-3.580.32271010.2492233233478
3.58-4.10.26741530.21422672282594
4.1-5.160.20631460.188928863032100
5.16-57.550.24491360.20272996313299
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.78390.0543-0.58351.87542.20344.81580.22390.0184-0.3443-0.2012-0.18610.03711.1179-0.1454-0.02891.4238-0.0313-0.12930.4956-0.00270.674351.71643.289818.7205
20.83860.31611.20691.84691.95324.74750.11620.3014-0.9048-0.75740.6589-0.47871.12191.0569-0.95351.57530.1727-0.11310.7582-0.17250.903362.9796-2.97320.4852
32.2966-0.06571.67580.1614-0.05893.15940.16570.3525-0.2358-1.0359-0.1149-0.18370.7831.29770.0991.12010.0224-0.05090.58-0.05620.905162.75889.249324.9599
41.46271.07810.08243.3277-2.29092.35850.12030.07610.174-0.2660.19310.268-0.2532-0.3637-0.28440.6063-0.03-0.00340.6277-0.00260.603848.094528.623940.7356
55.1457-0.26911.84623.70551.87937.675-0.13340.81570.1944-0.3755-0.17650.91430.7161-1.040.37770.5849-0.2046-0.11180.77210.06840.705440.630117.009437.5185
65.6143-0.1634-1.55533.076-0.6899.5774-0.2358-0.6398-0.16660.33350.09470.01650.5661-0.37970.19820.6305-0.0762-0.09330.41360.0570.482952.044515.420452.6987
72.5851-2.35231.3355.4803-2.12045.2451-0.042-0.01310.38050.0982-0.1284-0.3627-0.20870.17840.19350.4223-0.10040.00670.50610.02160.606957.807833.198537.8841
80.6468-0.7647-0.00531.7273-0.75153.98620.26950.1354-0.2319-1.3045-0.17980.25360.40480.115-0.07071.2851-0.0127-0.22740.50790.01030.689252.477862.1832.7335
92.10391.456-0.73858.31230.48510.3901-0.0115-0.1206-0.32240.21610.0785-0.9392-0.03540.1962-0.0170.5864-0.01-0.05220.66270.0820.586565.45151.560432.1212
104.5267-2.9676-1.37763.06222.48892.6906-0.0546-0.4340.15290.01260.2148-0.3957-0.29161.1695-0.15060.6853-0.10030.06590.68530.11940.616469.599663.359527.0799
111.27760.9488-0.26555.64060.27982.9882-0.0812-0.11870.31260.39580.11680.2059-0.6157-0.1198-0.0170.54440.0110.00550.45230.03390.530756.412466.016132.9714
122.4355-1.0736-1.27236.9528-0.34634.30290.0331-0.11920.14780.1932-0.09760.5178-0.4259-0.30750.04810.5141-0.0546-0.05780.526-0.07680.642753.307545.023734.0092
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 7 through 91 )A7 - 91
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 92 through 125 )A92 - 125
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 126 through 152 )A126 - 152
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 153 through 208 )A153 - 208
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 209 through 241 )A209 - 241
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 242 through 309 )A242 - 309
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 310 through 375 )A310 - 375
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 8 through 163 )B8 - 163
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 164 through 208 )B164 - 208
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 209 through 263 )B209 - 263
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 264 through 329 )B264 - 329
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 330 through 375 )B330 - 375

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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