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万見
- PDB-8dqb: Crystal structure of 3-dehydroquinate dehydratase I from Klebsiel... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dqb
タイトルCrystal structure of 3-dehydroquinate dehydratase I from Klebsiella oxytoca (I23 Form)
要素3-dehydroquinate dehydratase I
キーワードHYDROLASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE
機能・相同性
機能・相同性情報


5-amino-6-(5-phosphoribosylamino)uracil reductase / diaminohydroxyphosphoribosylaminopyrimidine deaminase
類似検索 - 分子機能
Riboflavin biosynthesis protein RibD / Riboflavin-specific deaminase, C-terminal / Bacterial bifunctional deaminase-reductase, C-terminal / RibD C-terminal domain / Cytidine and deoxycytidylate deaminase zinc-binding region / APOBEC/CMP deaminase, zinc-binding / Cytidine and deoxycytidylate deaminases zinc-binding region signature. / Cytidine and deoxycytidylate deaminase domain / Cytidine and deoxycytidylate deaminases domain profile. / Cytidine deaminase-like / Dihydrofolate reductase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Riboflavin biosynthesis protein RibD
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella oxytoca (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201700059C 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorS10OD030394 米国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of 3-dehydroquinate dehydratase I from Klebsiella oxytoca (I23 Form)
著者: Liu, L. / Seibold, S. / Battaile, K.P. / Lovell, S.
履歴
登録2022年7月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn / Item: _diffrn.ambient_temp

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-dehydroquinate dehydratase I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,3873
ポリマ－41,2561
非ポリマー1312
水55831
1
A: 3-dehydroquinate dehydratase I
ヘテロ分子

A: 3-dehydroquinate dehydratase I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,7746
ポリマ－82,5122
非ポリマー2624
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area3840 Å2
ΔGint-148 kcal/mol
Surface area33210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)164.124, 164.124, 164.124
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number197
Space group name H-MI23

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要素

#1: タンパク質 3-dehydroquinate dehydratase I


分子量: 41256.199 Da / 分子数: 1 / 断片: KloxA.17380.a.B1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella oxytoca (バクテリア) / プラスミド: KloxA.17380.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A8F3UXX5
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.45 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Morpheus A2: 20%(v/v) Ethylene glycol, 10%(w/v) PEG 8000, 100 mM Imidazole/MES, pH 6.5, 30 mM MgCl2 and 30 mM CaCl2,KloxA.17380.a.B1.PW39095 at 5 mg/mL with 2.5 GDP added, no electron density ...詳細: Morpheus A2: 20%(v/v) Ethylene glycol, 10%(w/v) PEG 8000, 100 mM Imidazole/MES, pH 6.5, 30 mM MgCl2 and 30 mM CaCl2,KloxA.17380.a.B1.PW39095 at 5 mg/mL with 2.5 GDP added, no electron density observed for the GDP, Tray: plate 12679, well A2 drop 3, Puck: PSL1405, Cryo: DIRECT

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月7日
放射モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→116.05 Å / Num. obs: 25537 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.4 % / Biso Wilson estimate: 56.22 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.094 / Net I/σ(I): 18.6 / Num. measured all: 264742 / Scaling rejects: 42
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.5-2.5710.71.1582024518860.7440.3691.2162.2100
11.18-116.058.70.02727693180.9990.010.02955.499.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.7.7データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.20.1_4487精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2O7P

2o7p


解像度: 2.5→41.03 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.45 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2389 1292 5.07 %
Rwork0.2032 24212 -
obs0.205 25504 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 114.86 Å2 / Biso mean: 58.4844 Å2 / Biso min: 34.46 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→41.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2851 0 2 31 2884
Biso mean--63.85 52.26 -
残基数----370
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5-2.60.39761560.292326522808100
2.6-2.720.28421480.255826612809100
2.72-2.860.30851470.259626552802100
2.86-3.040.3121260.251826822808100
3.04-3.280.30341230.271227152838100
3.28-3.610.32841420.213826582800100
3.61-4.130.20941620.19326942856100
4.13-5.20.18871350.165427202855100
5.2-41.030.18741530.16872775292899
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.6398-0.7341-0.18981.53811.43423.83270.10890.01730.1506-0.1106-0.07390.19420.0104-0.2781-0.03840.6023-0.0893-0.04950.3470.00720.43866.6613-29.4802-11.1242
20.40540.60570.62733.76333.00033.016-0.0093-0.03140.00660.3011-0.01130.14650.2457-0.10450.04880.5375-0.02250.01360.37840.00620.377573.7481-20.31686.216
33.2305-0.08831.011.94521.35871.3125-0.1024-0.17220.3165-0.0555-0.15520.3511-0.132-0.56270.25350.47290.0004-0.03120.4672-0.08380.389960.513-11.834214.7002
47.2524-3.2029-2.38853.4688-1.02622.93710.0191-0.2182-0.16850.0966-0.09050.29440.364-0.5580.07230.7193-0.22780.01380.5777-0.05530.392562.0987-24.143625.893
51.08520.6917-0.33552.58680.11552.2014-0.0331-0.0692-0.1014-0.1076-0.08310.10840.1426-0.09450.11850.55460.0272-0.01250.349-0.02880.330578.5285-9.481917.6002
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 117 )A3 - 117
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 118 through 181 )A118 - 181
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 182 through 250 )A182 - 250
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 251 through 298 )A251 - 298
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 299 through 375 )A299 - 375

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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