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- PDB-8dq9: Crystal structure of GDP bound 3-dehydroquinate dehydratase I fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dq9
タイトルCrystal structure of GDP bound 3-dehydroquinate dehydratase I from Klebsiella oxytoca
要素3-dehydroquinate dehydratase I
キーワードHYDROLASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE
機能・相同性
機能・相同性情報


5-amino-6-(5-phosphoribosylamino)uracil reductase / diaminohydroxyphosphoribosylaminopyrimidine deaminase
類似検索 - 分子機能
Riboflavin biosynthesis protein RibD / Riboflavin-specific deaminase, C-terminal / Bacterial bifunctional deaminase-reductase, C-terminal / RibD C-terminal domain / Cytidine and deoxycytidylate deaminase zinc-binding region / APOBEC/CMP deaminase, zinc-binding / Cytidine and deoxycytidylate deaminases zinc-binding region signature. / Cytidine and deoxycytidylate deaminase domain / Cytidine and deoxycytidylate deaminases domain profile. / Cytidine deaminase-like / Dihydrofolate reductase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Riboflavin biosynthesis protein RibD
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella oxytoca (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201700059C 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorS10OD030394 米国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of GDP bound 3-dehydroquinate dehydratase I from Klebsiella oxytoca
著者: Liu, L. / Seibold, S. / Battaile, K.P. / Lovell, S.
履歴
登録2022年7月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn / Item: _diffrn.ambient_temp

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-dehydroquinate dehydratase I
B: 3-dehydroquinate dehydratase I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,1577
ポリマ－82,5122
非ポリマー6455
水18010
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4210 Å2
ΔGint-87 kcal/mol
Surface area30630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.342, 89.761, 223.744
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 10 through 174 or (resid 175...
21(chain B and (resid 10 through 40 or (resid 41...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLNGLNGLYGLY(chain A and (resid 10 through 174 or (resid 175...AA10 - 17410 - 174
12GLUGLUGLNGLN(chain A and (resid 10 through 174 or (resid 175...AA175 - 177175 - 177
13GLNGLNALAALA(chain A and (resid 10 through 174 or (resid 175...AA10 - 37510 - 375
14GLNGLNALAALA(chain A and (resid 10 through 174 or (resid 175...AA10 - 37510 - 375
15GLNGLNALAALA(chain A and (resid 10 through 174 or (resid 175...AA10 - 37510 - 375
16GLNGLNALAALA(chain A and (resid 10 through 174 or (resid 175...AA10 - 37510 - 375
21GLNGLNVALVAL(chain B and (resid 10 through 40 or (resid 41...BB10 - 4010 - 40
22LYSLYSLYSLYS(chain B and (resid 10 through 40 or (resid 41...BB4141
23GLNGLNALAALA(chain B and (resid 10 through 40 or (resid 41...BB10 - 37510 - 375
24GLNGLNALAALA(chain B and (resid 10 through 40 or (resid 41...BB10 - 37510 - 375
25GLNGLNALAALA(chain B and (resid 10 through 40 or (resid 41...BB10 - 37510 - 375
26GLNGLNALAALA(chain B and (resid 10 through 40 or (resid 41...BB10 - 37510 - 375

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要素

#1: タンパク質 3-dehydroquinate dehydratase I


分子量: 41256.199 Da / 分子数: 2 / 断片: KloxA.17380.a.B1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella oxytoca (バクテリア) / プラスミド: KloxA.17380.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A8F3UXX5
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.62 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Morpheus H8: 12.5%(v/v) MPD, 12.5%(v/v) PEG 1000, 12.5%(w/v) PEG 3350, 100 mM HEPES/MOPS, 20 mM DL-Glutamic acid, 20 mM DL-Alanine; 20 mM Glycine, 20 mM DL-Lysine monohydrochloride and 20 mM ...詳細: Morpheus H8: 12.5%(v/v) MPD, 12.5%(v/v) PEG 1000, 12.5%(w/v) PEG 3350, 100 mM HEPES/MOPS, 20 mM DL-Glutamic acid, 20 mM DL-Alanine; 20 mM Glycine, 20 mM DL-Lysine monohydrochloride and 20 mM DL-Serine, KloxA.17380.a.B1.PW39095 at 5 mg/mL with 2.5 GDP added. Tray: plate 12679, well H8 drop 3, Puck: PSL1316, Cryo: DIRECT

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月7日
放射モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→83.31 Å / Num. obs: 18874 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 68.15 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.12 / Net I/σ(I): 11.5 / Num. measured all: 133275 / Scaling rejects: 27
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.8-2.877.10.978974013630.8790.3911.0552.2100
12.52-83.315.30.05812832400.9950.0280.06525.196.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.7.7データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.20.1_4487精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2O7P

2o7p


解像度: 2.8→55.94 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.2 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2791 931 4.94 %
Rwork0.2304 17907 -
obs0.2329 18838 99.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 148.09 Å2 / Biso mean: 76.5613 Å2 / Biso min: 45.41 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→55.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5451 0 32 10 5493
Biso mean--87.97 61.34 -
残基数----715
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3072X-RAY DIFFRACTION13.201TORSIONAL
12B3072X-RAY DIFFRACTION13.201TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.8-2.950.3651080.344625252633100
2.95-3.130.35131270.317425172644100
3.13-3.370.32431380.266425262664100
3.37-3.710.31481210.252825692690100
3.71-4.250.2591500.20825192669100
4.25-5.350.25141400.190825842724100
5.36-55.940.25931470.21822667281499
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.33470.1381.17720.39380.94674.26440.34540.0056-0.2781-0.2941-0.2801-0.20621.3077-0.3992-0.00291.2582-0.042-0.05670.4390.01410.761912.90896.705919.8708
20.4393-0.5447-0.90673.06163.28084.5370.2169-0.1229-0.90820.16140.5017-0.36221.72331.0402-0.51951.8740.2593-0.24320.5246-0.04110.981722.0526-1.90718.7002
31.4089-0.84010.172.4714-2.27242.23570.2398-0.0241-0.0904-0.4830.0937-0.1640.0894-0.1457-0.35120.483-0.0718-0.0450.3299-0.01510.544113.687525.016538.2392
43.20560.37540.38622.69840.27594.67920.03180.01230.0169-0.0939-0.04990.19640.4006-0.4143-0.0030.4944-0.0855-0.05030.29430.03130.46219.521416.283148.4587
52.7166-1.0922-0.32065.6062-2.08765.43130.0796-0.05750.31150.1026-0.1225-0.2631-0.10590.310.02820.2919-0.07480.00990.29210.02280.534718.614130.791638.5205
62.032-0.7586-1.88072.53333.33125.6891-0.1112-0.0059-0.3411-1.443-0.3910.70331.01680.35210.31271.29810.0539-0.02750.40250.06530.823419.150256.88712.3033
73.3099-0.5954-0.57060.37891.06143.7278-0.2415-0.49620.2825-0.7177-0.42060.10780.29450.11170.35091.35160.13550.10740.36750.03340.71823.99864.2002-2.5337
83.8705-0.6413-1.25473.3161.12292.6880.2408-0.2492-0.1827-1.05640.0813-0.21550.3027-0.2044-0.26721.287-0.0526-0.2670.26760.03520.598311.547467.1845-0.8784
91.1195-2.03652.662.4037-2.68165.49270.1-0.1674-0.4877-0.76730.16030.41130.3753-0.246-0.28240.6519-0.1294-0.1250.44440.11210.769910.412361.590411.4167
101.04461.2283-0.94925.63590.36651.56060.2369-0.1842-0.43720.13480.159-0.16330.88690.2893-0.38380.61250.0201-0.09650.48920.04140.483928.467151.766432.4095
113.4488-2.5304-3.85283.35073.09178.1919-0.0904-0.2098-0.2615-0.2170.3351-0.1547-0.3241.4368-0.20720.40320.02370.03930.62130.02860.710432.823359.506921.3513
127.0301-0.7434-2.87585.86250.22825.75760.1208-0.52561.54010.82260.5509-0.6275-2.01071.0046-0.45560.7731-0.0377-0.0730.4722-0.01150.741831.570471.961236.6735
135.5628-0.11910.81519.0112.32516.842-1.0117-0.531-0.0631.57890.32981.094-0.1618-1.63460.240.9440.19420.09710.24430.13110.588316.299872.164234.8326
141.35330.0459-0.75997.0426-3.59095.10610.2876-0.13250.55520.1170.20360.5669-0.5882-0.1685-0.46310.35560.05180.03560.37850.01790.573618.647560.70931.4684
153.69040.5019-0.89194.42790.46043.0316-0.0548-0.1931-0.11160.40310.05950.62730.0289-0.2621-0.01560.356-0.03680.04350.25360.03720.554615.743546.791933.8752
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 10 through 58 )A10 - 58
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 59 through 135 )A59 - 135
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 136 through 208 )A136 - 208
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 209 through 298 )A209 - 298
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 299 through 375 )A299 - 375
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 10 through 43 )B10 - 43
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 44 through 71 )B44 - 71
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 72 through 117 )B72 - 117
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 118 through 164 )B118 - 164
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 165 through 208 )B165 - 208
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 209 through 241 )B209 - 241
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 242 through 274 )B242 - 274
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 275 through 298 )B275 - 298
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 299 through 318 )B299 - 318
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 319 through 375 )B319 - 375

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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