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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8dq4 | ||||||
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タイトル | X-ray crystal structure of Flavobacterium johnsoniae dimanganese(II) class Id ribonucleotide reductase beta subunit K71R variant | ||||||
要素 | Ribonucleoside-diphosphate reductase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ribonucleoside-diphosphate reductase / ribonucleoside-diphosphate reductase activity, thioredoxin disulfide as acceptor / deoxyribonucleotide biosynthetic process / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å | ||||||
データ登録者 | Rose, H.R. / Maggiolo, A.O. / Jung, J.J. / Boal, A.K. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: X-ray crystal structure of Flavobacterium johnsoniae dimanganese(II) class Id ribonucleotide reductase beta subunit K71R variant 著者: Rose, H.R. / Boal, A.K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8dq4.cif.gz | 131 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8dq4.ent.gz | 101 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8dq4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8dq4_validation.pdf.gz | 2.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8dq4_full_validation.pdf.gz | 2.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8dq4_validation.xml.gz | 21.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8dq4_validation.cif.gz | 29.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dq/8dq4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dq/8dq4 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6cwpS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39953.004 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: A5FCJ5, ribonucleoside-diphosphate reductase #2: 化合物 | ChemComp-MN / #3: 化合物 | ChemComp-GOL / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.8 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6 / 詳細: 0.1 M magnesium acetate, 20% (v/v) PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.03 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年3月30日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.03 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.35→50 Å / Num. obs: 28885 / % possible obs: 98.25 % / 冗長度: 5.8 % / CC1/2: 0.978 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.081 / Net I/σ(I): 21 |
反射 シェル | 解像度: 2.35→2.39 Å / 冗長度: 5.4 % / Mean I/σ(I) obs: 5.9 / Num. unique obs: 1467 / CC1/2: 0.978 / CC star: 0.994 / Rpim(I) all: 0.097 / Rrim(I) all: 0.239 / % possible all: 98.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6CWP 解像度: 2.35→28.84 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 27.66 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 84.67 Å2 / Biso mean: 34.9761 Å2 / Biso min: 5.36 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.35→28.84 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10
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