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- PDB-8dp8: Crystal structure of the monomeric AvrM14-A Nudix hydrolase effec... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dp8
タイトルCrystal structure of the monomeric AvrM14-A Nudix hydrolase effector from Melampsora lini
要素AvrM14-A
キーワードHYDROLASE / Nudix hydrolase / Effector / mRNA decapping enzyme
機能・相同性NUDIX domain / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily / AvrM14-A
機能・相同性情報
生物種Melampsora lini (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.30001006071 Å
データ登録者McCombe, C.L. / Outram, M.A. / Ericsson, D.J. / Williams, S.J.
資金援助 オーストラリア, 2件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)DE160100893 オーストラリア
Australian Research Council (ARC)FT200100135 オーストラリア
引用ジャーナル: New Phytol. / 年: 2023
タイトル: A rust-fungus Nudix hydrolase effector decaps mRNA in vitro and interferes with plant immune pathways.
著者: McCombe, C.L. / Catanzariti, A.M. / Greenwood, J.R. / Desai, A.M. / Outram, M.A. / Yu, D.S. / Ericsson, D.J. / Brenner, S.E. / Dodds, P.N. / Kobe, B. / Jones, D.A. / Williams, S.J.
履歴
登録2022年7月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: AvrM14-A
A: AvrM14-A
C: AvrM14-A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,9343
ポリマ－49,9343
非ポリマー00
水2,396133
1
B: AvrM14-A


  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: light scattering
  • 16.6 kDa, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,6451
ポリマ－16,6451
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: AvrM14-A


  • 登録者が定義した集合体
  • 16.6 kDa, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,6451
ポリマ－16,6451
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: AvrM14-A


  • 登録者が定義した集合体
  • 16.6 kDa, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,6451
ポリマ－16,6451
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)37.645, 166.842, 62.911
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and ((resid 38 and (name N or name...A38 - 39
121(chain A and ((resid 38 and (name N or name...A41 - 64
131(chain A and ((resid 38 and (name N or name...A72 - 103
141(chain A and ((resid 38 and (name N or name...A106 - 116
151(chain A and ((resid 38 and (name N or name...A124 - 135
161(chain A and ((resid 38 and (name N or name...A147
171(chain A and ((resid 38 and (name N or name...A149 - 154
181(chain A and ((resid 38 and (name N or name...A156 - 163
191(chain A and ((resid 38 and (name N or name...A166 - 179
2101(chain B and ((resid 38 and (name N or name...B38 - 39
2111(chain B and ((resid 38 and (name N or name...B41 - 64
2121(chain B and ((resid 38 and (name N or name...B72 - 103
2131(chain B and ((resid 38 and (name N or name...B106 - 116
2141(chain B and ((resid 38 and (name N or name...B124 - 135
2151(chain B and ((resid 38 and (name N or name...B147
2161(chain B and ((resid 38 and (name N or name...B149 - 154
2171(chain B and ((resid 38 and (name N or name...B156 - 163
2181(chain B and ((resid 38 and (name N or name...B166 - 179
3191(chain C and ((resid 38 and (name N or name...C38 - 39
3201(chain C and ((resid 38 and (name N or name...C41 - 64
3211(chain C and ((resid 38 and (name N or name...C72 - 103
3221(chain C and ((resid 38 and (name N or name...C106 - 116
3231(chain C and ((resid 38 and (name N or name...C124 - 135
3241(chain C and ((resid 38 and (name N or name...C147
3251(chain C and ((resid 38 and (name N or name...C149 - 154
3261(chain C and ((resid 38 and (name N or name...C156 - 163
3271(chain C and ((resid 38 and (name N or name...C166 - 179

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要素

#1: タンパク質 AvrM14-A


分子量: 16644.754 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Melampsora lini (菌類) / 遺伝子: AvrM14 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A1B2CW89
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.8 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 2.4 M sodium malonate pH 6.0 2% Glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→41.7105 Å / Num. obs: 18412 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 29.5277484254 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / Rmerge(I) obs: 0.804 / Num. unique obs: 1793 / CC1/2: 0.721

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.30001006071→41.7105 Å / SU ML: 0.255124740033 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.7979767625
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.25146218903 934 5.16250276365 %
Rwork0.183257954802 17158 -
obs0.186710724587 18092 98.2673401771 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 37.4806719878 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.30001006071→41.7105 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3193 0 0 133 3326
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007939912396093254
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.981956395734379
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0615502135701479
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00636084327315564
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.30981342421967
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.301-2.42130.3115022841411240.224896854042350X-RAY DIFFRACTION96.0031043849
2.4213-2.57290.3126601482241510.2181106272122342X-RAY DIFFRACTION97.0038910506
2.5729-2.77160.2766095376081370.2190543615082393X-RAY DIFFRACTION98.2142857143
2.7716-3.05040.2817316956621290.2048161909252460X-RAY DIFFRACTION99.0815154994
3.0504-3.49160.2629106222341250.1843902230662495X-RAY DIFFRACTION99.430740038
3.4916-4.39830.21831780821320.1480213009952486X-RAY DIFFRACTION99.5437262357
4.3983-41.71050.2163471121361360.1720647189422632X-RAY DIFFRACTION98.5754985755
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.937897664180.017724567274-0.2763275973852.802113168380.6017088336661.357015157220.02759882872020.160833165520.0456187309691-0.1874361428520.003182065342770.0009225334920660.01757339258230.0383075480484-0.01335332071330.165674601344-0.0105998187849-0.01501376508980.2373752267020.006037121197060.17907011437-13.396366445628.4681751685-12.1519328591
21.494602426570.136240638246-0.3050125384153.165431278170.9075690362323.10753575583-0.0354421663560.04211944251470.0264141476567-0.317729973286-0.02613073409740.0576467424913-0.128661208744-0.1029246759650.02289736054940.131240103977-0.005518587953440.009961752802210.1802163637450.04276758679230.184437519112-14.163224131555.4990747038-12.7716615002
31.991420459240.574633056993-0.1997334713863.81188838125-0.1223171437592.038245534470.0310328387397-0.0850064565391-0.03430208198640.053008361397-0.0741339549445-0.07734250118370.2410582346070.0452623504430.03592556829840.1977852376160.0169872318296-0.02240614461580.1948040989940.03353345147310.193679452199-9.7886588434984.9222761708-22.1479946362
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 37 through 179 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 35 through 179 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and (resid 37 through 179 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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