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- PDB-8dp3: Crystal structure of coxsackievirus B3 cloverleaf RNA replication... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dp3
タイトルCrystal structure of coxsackievirus B3 cloverleaf RNA replication element
要素
  • Fab BL3-6 Heavy Chain
  • Fab BL3-6 Light Chain
  • RNA (90-MER)
キーワードIMMUNE SYSTEM/RNA / RNA / Fab / enteroviral replication / IMMUNE SYSTEM-RNA complex
機能・相同性PHOSPHATE ION / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
Coxsackievirus B3 (コクサッキーウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.91 Å
データ登録者Das, N.K. / Koirala, D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other governmentStart-up 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Crystal structure of a highly conserved enteroviral 5' cloverleaf RNA replication element.
著者: Das, N.K. / Hollmann, N.M. / Vogt, J. / Sevdalis, S.E. / Banna, H.A. / Ojha, M. / Koirala, D.
履歴
登録2022年7月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年4月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Fab BL3-6 Heavy Chain
L: Fab BL3-6 Light Chain
R: RNA (90-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,0904
ポリマ－81,9953
非ポリマー951
水7,602422
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)122.173, 48.698, 144.653
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 112.920, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: 抗体 Fab BL3-6 Heavy Chain


分子量: 27302.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体 Fab BL3-6 Light Chain


分子量: 25872.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: RNA鎖 RNA (90-MER)


分子量: 28819.084 Da / 分子数: 1 / Fragment: 5' cloverleaf-like RNA domain / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Coxsackievirus B3 (コクサッキーウイルス)
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 422 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.11 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: Magnesium Acetate Tetrahydrate (0.01 M), MES Monohydrate (0.05 M), Ammonium Sulfate (2.5 M)
PH範囲: 5.0-6.5 / Temp details: At room temperature

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Cold nitrogen gas stream / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97911 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97911 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→66.64 Å / Num. obs: 60296 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 30.1 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rpim(I) all: 0.052 / Rrim(I) all: 0.08 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.706 / Num. unique obs: 17592 / CC1/2: 0.743 / Rpim(I) all: 0.465 / Rrim(I) all: 0.85 / % possible all: 89.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.19.1)精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6B3K

6b3k


解像度: 1.91→66.62 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 36.66 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2594 1968 3.64 %
Rwork0.209 52118 -
obs0.2108 54086 88.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 128.56 Å2 / Biso mean: 55.7154 Å2 / Biso min: 22.97 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.91→66.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3323 1907 5 424 5659
Biso mean--49.65 47.39 -
残基数----531
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.91-1.960.6827690.6591202048
1.96-2.010.3964160405498
2.01-2.070.36651570.3216408097
2.07-2.140.34461550.2997399996
2.14-2.20.37571150.2984332697
2.22-2.30.5305700.4875168845
2.3-2.410.3481510.2614416099
2.41-2.530.29881570.2496421899
2.53-2.690.29641700.243413399
2.69-2.90.29471490.2492418199
2.9-3.190.26531530.2097408297
3.19-3.650.24221540.1779406495
3.65-4.60.19351490.1478398094
4.6-100.19931590.1484413394
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.77480.8782-2.20210.2524-1.34025.50180.10070.34740.1164-0.0915-0.0076-0.1547-0.10540.0082-0.11030.38070.01550.05640.3541-0.00490.34-13.36613.4203-8.4408
22.4211-0.7024-0.92763.59253.98424.54680.24810.46720.1385-0.77710.1928-0.23450.68250.7564-0.34550.62790.08080.05190.6150.06750.2844-9.88667.5703-30.9991
30.44580.2911-0.70871.43571.43153.90890.23820.51190.1443-0.0294-0.062-0.0543-0.4961-0.0596-0.17330.7491-0.00370.05480.9170.00660.44642.4989-2.0893-40.4179
40.49830.6056-0.20350.9416-1.96828.3681-0.11830.8622-0.0846-0.17670.2911-0.21260.3647-0.4458-0.16250.756-0.10830.08881.0656-0.06380.458510.4115-6.0674-48.4906
53.091-0.3263-0.01522.03491.66594.16920.4871-0.7823-0.60570.7850.10390.17140.4246-0.1323-0.44440.4834-0.0597-0.08990.53560.12660.491-2.8455-16.1472-11.0399
63.5714-3.4064-2.29092.03195.10599.0655-0.1055-0.4280.22230.7289-0.22690.1811-0.16040.49190.37340.3313-0.1005-0.02670.4526-0.00860.2822-16.272310.380227.7872
73.6595-1.2921-1.41653.89661.30155.2959-0.0976-0.1453-0.08280.065-0.02550.1182-0.18930.11440.1070.177-0.0553-0.00510.20550.01520.2275-17.33029.145916.4425
83.61851.00830.03871.85480.90054.18580.1115-0.10050.1909-0.0214-0.0643-0.215-0.50780.3104-0.05580.2581-0.02590.00960.21650.03260.2403-17.878110.385317.4559
91.40730.0087-1.37172.3367-0.87387.27030.1244-0.35210.05710.60410.26420.0711-0.6841-0.1782-0.38570.43190.079-0.02130.46470.0190.292-30.285910.375846.8885
104.50861.1923-0.64045.7124-0.72886.2294-0.244-0.2099-0.2923-0.24630.28110.0524-0.1098-0.2078-0.03470.4710.02420.070.5364-0.01690.3212-31.67156.635345.1345
116.322.3174-2.35218.0338-1.23545.2269-0.0133-1.0378-0.89510.6854-0.1117-0.84580.06290.3198-0.12070.53010.0064-0.05740.76260.01450.3134-26.00193.759252.5275
123.80160.339-1.41411.3187-1.03334.36540.02540.05450.14890.09840.08470.0892-0.2006-0.3695-0.1220.19960.0271-0.01260.21720.00990.2611-38.21894.001415.5674
132.35540.6875-0.17912.41032.00435.99090.0211-0.74680.24050.37230.10110.2462-1.0904-0.8198-0.10920.80710.29920.07770.91280.02680.3722-44.628612.942150.9898
145.8682-2.08334.09227.8862-1.73629.05560.9619-0.2258-0.79930.8387-1.1609-1.07130.69031.44720.23740.5334-0.1659-0.13740.90670.16230.7414-1.4867-15.9903-14.6659
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'R' and (resid 11 through 30 )R11 - 30
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'R' and (resid 31 through 40 )R31 - 40
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'R' and (resid 41 through 60 )R41 - 60
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'R' and (resid 61 through 80 )R61 - 80
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'R' and (resid 81 through 90 )R81 - 90
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'H' and (resid 3 through 20 )H3 - 20
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'H' and (resid 21 through 63 )H21 - 63
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'H' and (resid 64 through 115 )H64 - 115
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'H' and (resid 116 through 157 )H116 - 157
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'H' and (resid 158 through 201 )H158 - 201
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'H' and (resid 202 through 228 )H202 - 228
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'L' and (resid 1 through 114 )L1 - 114
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'L' and (resid 115 through 215 )L115 - 215
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'R' and (resid 1 through 10 )R1 - 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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