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- PDB-8dp3: Crystal structure of coxsackievirus B3 cloverleaf RNA replication... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8dp3 | ||||||
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Title | Crystal structure of coxsackievirus B3 cloverleaf RNA replication element | ||||||
![]() |
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![]() | IMMUNE SYSTEM/RNA / RNA / Fab / enteroviral replication / IMMUNE SYSTEM-RNA complex | ||||||
Function / homology | PHOSPHATE ION / RNA / RNA (> 10)![]() | ||||||
Biological species | synthetic construct (others)![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Das, N.K. / Koirala, D. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Crystal structure of a highly conserved enteroviral 5' cloverleaf RNA replication element. Authors: Das, N.K. / Hollmann, N.M. / Vogt, J. / Sevdalis, S.E. / Banna, H.A. / Ojha, M. / Koirala, D. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 296.8 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 231 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 964.4 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 967.2 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 24.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 37.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6b3kS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Antibody | Mass: 27302.682 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) synthetic construct (others) / Production host: ![]() ![]() |
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#2: Antibody | Mass: 25872.863 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) synthetic construct (others) / Production host: ![]() ![]() |
#3: RNA chain | Mass: 28819.084 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: 5' cloverleaf-like RNA domain / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) ![]() ![]() |
#4: Chemical | ChemComp-PO4 / |
#5: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.42 Å3/Da / Density % sol: 49.11 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5 Details: Magnesium Acetate Tetrahydrate (0.01 M), MES Monohydrate (0.05 M), Ammonium Sulfate (2.5 M) PH range: 5.0-6.5 / Temp details: At room temperature |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Ambient temp details: Cold nitrogen gas stream / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Dec 11, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97911 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.9→66.64 Å / Num. obs: 60296 / % possible obs: 97.4 % / Redundancy: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 30.1 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rpim(I) all: 0.052 / Rrim(I) all: 0.08 / Net I/σ(I): 10 |
Reflection shell | Resolution: 1.9→1.95 Å / Redundancy: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.706 / Num. unique obs: 17592 / CC1/2: 0.743 / Rpim(I) all: 0.465 / Rrim(I) all: 0.85 / % possible all: 89.6 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 6B3K Resolution: 1.91→66.62 Å / SU ML: 0.41 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 36.66 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 128.56 Å2 / Biso mean: 55.7154 Å2 / Biso min: 22.97 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.91→66.62 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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