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万見
- PDB-8dp2: Crystal Structure of UDP-N-acetylmuramoylalanine--D-glutamate lig... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dp2
タイトルCrystal Structure of UDP-N-acetylmuramoylalanine--D-glutamate ligase (MurD) from Pseudomonas aeruginosa PAO1 in complex with UMA (Uridine-5'-diphosphate-N-acetylmuramoyl-L-Alanine)
要素UDP-N-acetylmuramoylalanine--D-glutamate ligase
キーワードLIGASE / SSGCID / UDP-N-acetylmuramoylalanine--D-glutamate ligase / D-glutamic acid-adding enzyme / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate synthetase / MurD / UMA / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine-D-glutamate ligase / UDP-N-acetylmuramoylalanine-D-glutamate ligase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / cell division / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Mur ligase MurD-like, N-terminal domain / UDP-N-acetylmuramoylalanine-D-glutamate ligase MurD / Mur ligase, C-terminal / Mur ligase, glutamate ligase domain / Mur ligase, C-terminal domain superfamily / Mur ligase, central / Mur-like, catalytic domain superfamily / Mur ligase middle domain
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / 3,6,9,12,15,18,21-HEPTAOXATRICOSANE-1,23-DIOL / PHOSPHATE ION / SUCCINIC ACID / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-N-ACETYLMURAMOYL-L-ALANINE / UDP-N-acetylmuramoylalanine--D-glutamate ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201700059C 米国
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of UDP-N-acetylmuramoylalanine--D-glutamate ligase (MurD) from Pseudomonas aeruginosa PAO1 in complex with UMA (Uridine-5'-diphosphate-N-acetylmuramoyl-L-Alanine)
著者: Abendroth, J. / DeBouver, N.D. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.
履歴
登録2022年7月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-N-acetylmuramoylalanine--D-glutamate ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,9509
ポリマ－48,3481
非ポリマー1,6028
水9,296516
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.460, 95.460, 99.550
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61
Space group name HallP61
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/6
#3: y,-x+y,z+5/6
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: -x,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 UDP-N-acetylmuramoylalanine--D-glutamate ligase / D-glutamic acid-adding enzyme / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate synthetase


分子量: 48348.320 Da / 分子数: 1 / 断片: PsaeA.17938.a.B2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
遺伝子: murD, PA4414 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q9HVZ9, UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine-D-glutamate ligase

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非ポリマー , 8種, 524分子

#2: 化合物 ChemComp-UMA / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-N-ACETYLMURAMOYL-L-ALANINE / UDP-N-アセチルムラモイル-L-アラニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 750.494 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H36N4O20P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 化合物 ChemComp-PE8 / 3,6,9,12,15,18,21-HEPTAOXATRICOSANE-1,23-DIOL / オクタエチレングリコ-ル


分子量: 370.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O9
#7: 化合物 ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸


分子量: 118.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O4
#8: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 516 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.8 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: RigakuReagents JCSG Top96 screen, condition b1: 100mM HEPES free acid / sodium hydroxide pH 7.5, 30% (V/V) PEG 400, 5% (w/V) PEG 3000, 10% (V/V) Glycerol: PsaeA.17938.a.B2.PS38065 at 40mg/ml ...詳細: RigakuReagents JCSG Top96 screen, condition b1: 100mM HEPES free acid / sodium hydroxide pH 7.5, 30% (V/V) PEG 400, 5% (w/V) PEG 3000, 10% (V/V) Glycerol: PsaeA.17938.a.B2.PS38065 at 40mg/ml + 3mM UMA (BSI102034) and MgCl2: tray: 325018b1: cryo: direct, puck: tua1-2. SIN is modeled tenatively based on density only, it was not added to the crystallizaton buffer

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2022年6月9日
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 67812 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.964 % / Biso Wilson estimate: 28.069 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rrim(I) all: 0.06 / Χ2: 0.952 / Net I/σ(I): 20.91
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.6-1.645.8310.5932.3150050.8090.653100
1.64-1.697.4920.4893.4348750.9020.526100
1.69-1.749.0810.44.8947250.9510.424100
1.74-1.799.4310.3026.6246140.9760.32100
1.79-1.859.4350.2368.5344440.9850.25100
1.85-1.919.4570.17911.3343330.990.19100
1.91-1.989.4610.13814.7541550.9940.146100
1.98-2.079.4670.10918.5840250.9960.115100
2.07-2.169.4610.09322.0538470.9970.099100
2.16-2.269.4520.08125.2336840.9970.085100
2.26-2.399.4480.07228.2135110.9980.076100
2.39-2.539.4370.06431.233040.9980.067100
2.53-2.79.3980.05733.8631150.9980.06100
2.7-2.929.3780.0537.9729080.9990.053100
2.92-3.29.2810.04641.1626850.9990.048100
3.2-3.589.1740.0445.3224100.9990.043100
3.58-4.139.10.03847.2821400.9990.04100
4.13-5.069.1340.03548.7818280.9990.037100
5.06-7.169.2860.03348.4314110.9990.035100
7.16-508.8280.03248.67930.9990.03499.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.20.1精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: ADP-bound MurD, pdb entry 7U35, in three domains

7u35


解像度: 1.6→41.34 Å / SU ML: 0.136 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.1236
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1689 1964 2.9 %0
Rwork0.15 65778 --
obs0.1506 67742 99.99 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 25.91 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→41.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3374 0 104 516 3994
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00893651
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.04794967
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0688566
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0091659
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.49351387
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.640.24941370.21724681X-RAY DIFFRACTION99.96
1.64-1.680.21371350.18174706X-RAY DIFFRACTION99.98
1.68-1.730.21360.17814671X-RAY DIFFRACTION100
1.73-1.790.19861150.1724696X-RAY DIFFRACTION99.96
1.79-1.850.20311460.17784671X-RAY DIFFRACTION100
1.85-1.930.19611330.14754683X-RAY DIFFRACTION100
1.93-2.020.17191610.14774690X-RAY DIFFRACTION100
2.02-2.120.17751340.14194731X-RAY DIFFRACTION100
2.12-2.260.15341260.14994672X-RAY DIFFRACTION100
2.26-2.430.16691440.14284705X-RAY DIFFRACTION100
2.43-2.670.18021580.16034665X-RAY DIFFRACTION100
2.67-3.060.18921270.14964751X-RAY DIFFRACTION100
3.06-3.850.14171370.14014713X-RAY DIFFRACTION100
3.86-41.340.15611750.14084743X-RAY DIFFRACTION99.94
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.852158278240.146724373796-0.3080066347962.92231697210.618208085653.63450637783-0.1786649509840.02185188213440.4900785855720.04179259493940.158121948762-0.290861407974-0.352583102730.6160594041180.02212440843420.199133939258-0.0453365196218-0.06113002153950.241766420663-0.01870741093320.28928967728865.97557971529.719871048259.79152770562
21.19504512172-0.1720079593090.18969993510.7359989394440.1014775807051.04082784086-0.0275402777265-0.0064153682085-0.08243712540640.00752035208542-0.01232554699170.01028503768550.0145476776354-0.05613442603950.03733922483740.1372763623720.0004514532819980.003765419592590.0842999091304-0.001792273545820.10590813525740.3584387816-2.218285589520.367960683994
31.71598332864-0.5714946455180.04327097699051.464575206440.1605170091663.711673119880.08083183026980.03492007625420.0438033270981-0.06425032228520.0112367141856-0.0645446134090.0208101188760.0500138679297-0.07971321267580.1155024726940.008647410286750.02803927108590.0890918786101-0.008631900787860.16360119972854.7648114508-16.5788757365-18.4868892316
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 3 through 75 )3 - 751 - 73
22chain 'A' and (resid 76 through 310 )76 - 31074 - 308
33chain 'A' and (resid 311 through 448 )311 - 448309 - 446

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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