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- PDB-8dos: Crystal structure of Ferredoxin (flavodoxin):NADP(+) oxidoreducta... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dos
タイトルCrystal structure of Ferredoxin (flavodoxin):NADP(+) oxidoreductase from Klebsiella pneumoniae
要素Flavodoxin/ferredoxin--NADP reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE
機能・相同性
機能・相同性情報


flavodoxin-NADP+ reductase / ferredoxin-NADP+ reductase / ferredoxin-NADP+ reductase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Ferredoxin--NADP reductase, bacteria / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase-like, FAD-binding domain / Oxidoreductase FAD-binding domain / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding / Oxidoreductase NAD-binding domain / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. / Riboflavin synthase-like beta-barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Flavodoxin/ferredoxin--NADP reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.872 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201700059C 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorS10OD030394 米国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Ferredoxin (flavodoxin):NADP(+) oxidoreductase from Klebsiella pneumoniae
著者: Lovell, S. / Liu, L. / Seibold, S. / Battaile, K.P.
履歴
登録2022年7月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / diffrn / Item: _diffrn.ambient_temp

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Flavodoxin/ferredoxin--NADP reductase
B: Flavodoxin/ferredoxin--NADP reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,50911
ポリマ－57,8702
非ポリマー3,6399
水7,566420
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7050 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area20990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.240, 56.020, 56.110
Angle α, β, γ (deg.)106.690, 97.490, 83.400
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Flavodoxin/ferredoxin--NADP reductase / Ferredoxin (flavodoxin):NADP(+) oxidoreductase / Ferredoxin--NADP reductase / Flavodoxin--NADP reductase


分子量: 28935.129 Da / 分子数: 2 / 断片: KlpnC.00101.a.B1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
遺伝子: fpr, BL124_00025130, DRB11_17480, EAO17_13200, G7Z27_00550, GJJ08_000550, GNE24_19530, GNG14_18110, SAMEA3499874_03593, SAMEA3500057_03748, SAMEA3649758_03020, SAMEA3720909_02704, ...遺伝子: fpr, BL124_00025130, DRB11_17480, EAO17_13200, G7Z27_00550, GJJ08_000550, GNE24_19530, GNG14_18110, SAMEA3499874_03593, SAMEA3500057_03748, SAMEA3649758_03020, SAMEA3720909_02704, SAMEA3727679_03443, KPHS_29700
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: A0A0G3NED2, ferredoxin-NADP+ reductase, flavodoxin-NADP+ reductase

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非ポリマー , 6種, 429分子

#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 420 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.36 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Morpheus A9: 20% (v/v) PEG 500 MME, 10% (w/v) PEG 20000, 100 mM Tris/BICINE, 30 mM MgCl2 and 30 mM CaCl2, KlpnC.00101.a.B1.PS38694 at 21.7 mg/mL, Tray: plate 12372 well A9 dro 2, Puck: PSL1202, Cryo: DIRECT

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月24日
放射モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.872→53.481 Å / Num. obs: 42132 / % possible obs: 93.9 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 15.83 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rpim(I) all: 0.07 / Rrim(I) all: 0.102 / Net I/σ(I): 7.9 / Num. measured all: 82827
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 1.9 %

解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.872-1.9040.326390620380.7940.310.4512.291.5
5.081-53.4810.031411521250.9960.0290.04219.994.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX0.97949精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 開始モデル: 0.97949 / 解像度: 1.872→27.37 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 20.06 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2038 2045 4.86 %
Rwork0.1706 40073 -
obs0.1723 42118 93.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 66.4 Å2 / Biso mean: 18.8496 Å2 / Biso min: 8.02 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.872→27.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3855 0 237 420 4512
Biso mean--23.78 26.77 -
残基数----493
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.872-1.920.26921380.2167258892
1.92-1.960.26331350.1979272394
1.96-2.020.24631520.1826263994
2.02-2.080.22331130.1818271893
2.08-2.140.20841170.1778268594
2.14-2.220.23251120.1736266593
2.22-2.310.22791340.1686260192
2.31-2.410.2011260.1676253889
2.41-2.540.21791300.1667275796
2.54-2.70.22051310.1725271596
2.7-2.910.20181560.1699272395
2.91-3.20.19641410.1679266795
3.2-3.660.20731360.1592264392
3.66-4.610.161680.1454272497
4.61-27.370.19191560.1858268795
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6591-0.079-0.78383.6112-0.07461.2473-0.00010.05270.058-0.12940.0007-0.0671-0.00330.06360.01050.0926-0.0129-0.00470.0889-0.00340.0372-5.393310.4424-34.6137
25.06641.12140.06292.7783-1.19753.97560.0889-0.2380.13230.07670.0059-0.37450.03210.3484-0.03850.07710.0170.01050.144-0.03260.14131.665112.8456-25.6991
32.22010.0267-0.21742.6397-0.10912.0953-0.0307-0.0260.1336-0.1221-0.05020.0012-0.0980.08660.06760.08170.0029-0.00090.07030.0060.0667-4.773813.73-32.5129
45.16033.2979-2.72242.3334-1.70742.2066-0.2233-0.0597-0.3957-0.0303-0.0007-0.16330.33650.09660.21870.15530.01610.01920.0855-0.01220.1074-14.3843-3.7935-22.1323
51.5413-0.0788-0.35292.24080.38041.6608-0.0050.11230.11660.0114-0.00830.13680.0215-0.11760.02170.06060.0042-0.00050.10440.01210.0925-25.37529.1579-27.2084
63.3685-1.22710.922.92740.5871.72320.0349-0.0213-0.09580.22980.11990.4265-0.007-0.2631-0.14930.0677-0.0130.05090.17450.04470.1529-34.46214.5626-17.2839
72.84092.018-0.60572.3415-0.50330.28440.1524-0.21720.08750.1964-0.11280.1192-0.1350.104-0.04370.1644-0.01750.03540.1023-0.01230.1016-22.28998.2646-11.9687
81.3951.7761-0.05575.3612-1.77022.05180.1307-0.2413-0.03860.1266-0.0811-0.20830.02840.1138-0.02450.1467-0.02080.00420.1407-0.01140.0894-16.66440.6731-11.8527
96.48270.9321-4.46313.58840.35515.44950.078-0.04110.4143-0.00180.0190.0709-0.1496-0.0923-0.10610.10770.0192-0.04260.08740.03030.0531-19.336742.5262-1.6615
102.1913-0.5836-0.63142.252-0.39412.3490.1153-0.05240.1586-0.03020.00360.0669-0.0865-0.0317-0.13640.0945-0.004-0.00030.0573-0.0110.0929-14.814637.30331.4888
116.616-2.22261.47144.5353-0.32245.73680.0560.32280.252-0.5030.04960.43880.044-0.3567-0.11170.1596-0.0501-0.02230.13150.0240.1356-24.589132.973-5.7151
122.0356-0.4309-0.36231.7106-0.33451.8704-0.02280.10280.0188-0.11570.01420.04760.0041-0.02020.00620.1072-0.0221-0.00080.07360.00930.0719-17.180738.0366-2.8098
135.2519-5.39324.14756.5064-4.24793.6442-0.1155-0.2841-0.19660.25330.17840.30880.1099-0.2268-0.05850.1612-0.02030.02180.1209-0.02560.0866-13.830721.608411.7555
141.9203-0.3763-0.41692.04550.40011.2724-0.0635-0.12360.03850.20220.0859-0.1240.05440.2177-0.03330.13620.00180.00370.0777-0.00930.0942-4.059825.63158.257
150.9657-0.814-0.34141.0258-1.40398.5698-0.03810.04350.14770.00040.0786-0.2704-0.29710.3543-0.04110.1159-0.05160.02550.1012-0.00510.16611.486633.91811.6404
161.74730.3464-0.30992.0259-0.49712.6288-0.1170.1535-0.1502-0.19460.0619-0.39620.13610.16970.05780.085-0.00050.01540.1303-0.01020.17185.639319.7867-0.1095
171.45-0.90372.11250.9353-1.5434.7270.0593-0.0151-0.1157-0.0565-0.00670.04710.12930.0581-0.05450.1636-0.00790.03020.0922-0.00310.0959-5.692813.0829-1.282
180.87210.17131.01882.7183-2.64914.51360.1540.0097-0.1270.0307-0.04250.21330.0934-0.2482-0.09020.1688-0.01080.02590.1095-0.010.1049-12.081913.11474.4351
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 35 )A2 - 35
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 36 through 53 )A36 - 53
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 54 through 91 )A54 - 91
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 92 through 107 )A92 - 107
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 108 through 190 )A108 - 190
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 191 through 206 )A191 - 206
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 207 through 229 )A207 - 229
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 230 through 248 )A230 - 248
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 3 through 14 )B3 - 14
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 15 through 35 )B15 - 35
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 36 through 53 )B36 - 53
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 54 through 91 )B54 - 91
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 92 through 107 )B92 - 107
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 108 through 143 )B108 - 143
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 144 through 162 )B144 - 162
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 163 through 206 )B163 - 206
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 207 through 229 )B207 - 229
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 230 through 248 )B230 - 248

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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