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- PDB-8dor: Crystal structure of Dihydropteridine reductase/oxygen-insensitiv... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dor
タイトルCrystal structure of Dihydropteridine reductase/oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase from Klebsiella pneumoniae
要素Dihydropteridine reductase/oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE
機能・相同性Oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase NfsB-like / Nitroreductase / Nitroreductase family / Nitroreductase-like / oxidoreductase activity / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / PHOSPHATE ION / Dihydropteridine reductase/oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase
機能・相同性情報
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201700059C 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorS10OD030394 米国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Dihydropteridine reductase/oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase from Klebsiella pneumoniae
著者: Lovell, S. / Liu, L. / Seibold, S. / Battaile, K.P.
履歴
登録2022年7月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn / Item: _diffrn.ambient_temp

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydropteridine reductase/oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase
B: Dihydropteridine reductase/oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase
C: Dihydropteridine reductase/oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase
D: Dihydropteridine reductase/oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,96322
ポリマ－99,8374
非ポリマー3,12618
水19,4021077
1
A: Dihydropteridine reductase/oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase
B: Dihydropteridine reductase/oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,48111
ポリマ－49,9182
非ポリマー1,5639
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10660 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area16590 Å2
手法PISA
2
C: Dihydropteridine reductase/oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase
D: Dihydropteridine reductase/oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,48111
ポリマ－49,9182
非ポリマー1,5639
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10530 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area16750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.826, 56.826, 257.568
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31

-
要素

#1: タンパク質
Dihydropteridine reductase/oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase


分子量: 24959.158 Da / 分子数: 4 / 断片: KlpnC.20499.a.B1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: nfnB, KPN_00553, KPHS_29700 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A6T5Y2
#2: 化合物
ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1077 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.86 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: JCSG+ D12: 16% (w/v) PEG 8000; 20% (v/v) glycerol, 0.04 M K2HPO4, KlpnC.20499.a.B1.PW39082 at 30 mg/mL, Tray: plate 12477 well D12 drop 2, Puck: PSL1107, Cryo: DIRECT

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月24日
放射モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→49.21 Å / Num. obs: 204417 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.8 % / Biso Wilson estimate: 12.3 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.106 / Net I/σ(I): 13.5 / Num. measured all: 2214463 / Scaling rejects: 56
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 99.9

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs
1.35-1.3910.51.14160267152060.7640.3621.1972.1
6.04-49.21120.02727682231510.0080.02849.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.7.7データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.20.1_4487精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ICR

1icr


解像度: 1.35→29.47 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 16.1 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1617 10395 5.09 %
Rwork0.1332 193819 -
obs0.1346 204214 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 60.34 Å2 / Biso mean: 16.6858 Å2 / Biso min: 6.84 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.35→29.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6702 0 204 1077 7983
Biso mean--21.37 27.18 -
残基数----866
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.35-1.370.24413560.189864406796
1.37-1.380.2253570.179564346791
1.38-1.40.24023200.17364016721
1.4-1.420.22213740.165965026876
1.42-1.430.21553460.159464416787
1.43-1.450.20623840.157264796863
1.45-1.480.19773860.148364056791
1.48-1.50.19063650.143964826847
1.5-1.520.19762760.128864566732
1.52-1.550.17893240.131465296853
1.55-1.570.15223400.121364466786
1.57-1.60.16994080.121163916799
1.6-1.630.1623420.118264986840
1.63-1.660.16913340.118264636797
1.66-1.70.16973140.117364396753
1.7-1.740.16943260.119664266752
1.74-1.780.15183170.121365986915
1.78-1.830.15073790.125464986877
1.83-1.890.15593520.131363816733
1.89-1.950.16593420.125564126754
1.95-2.020.15493460.126665086854
2.02-2.10.14933100.125365566866
2.1-2.190.15683400.125864796819
2.19-2.310.16583320.131664036735
2.31-2.450.15383420.135465196861
2.45-2.640.16533280.141764206748
2.64-2.910.16383920.139764436835
2.91-3.330.15983690.1464626831
3.33-4.190.1453410.127864536794
4.19-29.470.13233530.129364556808

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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