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- PDB-8dop: Crystal structure of 2,3-diketo-5-methylthiopentyl-1-phosphate en... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dop
タイトルCrystal structure of 2,3-diketo-5-methylthiopentyl-1-phosphate enolase-phosphatase from Klebsiella aerogenes (P1 Form)
要素2,3-diketo-5-methylthiopentyl-1-phosphate enolase-phosphatase
キーワードISOMERASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE
機能・相同性
機能・相同性情報


orotidine-5'-phosphate decarboxylase / orotidine-5'-phosphate decarboxylase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase, active site / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase active site. / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase domain / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family / Ribulose-phosphate binding barrel / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel ...Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase, active site / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase active site. / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase domain / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family / Ribulose-phosphate binding barrel / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella aerogenes (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201700059C 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorS10OD030394 米国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of 2,3-diketo-5-methylthiopentyl-1-phosphate enolase-phosphatase from Klebsiella aerogenes (P1 Form)
著者: Lovell, S. / Liu, L. / Seibold, S. / Battaile, K.P.
履歴
登録2022年7月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / diffrn / Item: _diffrn.ambient_temp

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2,3-diketo-5-methylthiopentyl-1-phosphate enolase-phosphatase
B: 2,3-diketo-5-methylthiopentyl-1-phosphate enolase-phosphatase
C: 2,3-diketo-5-methylthiopentyl-1-phosphate enolase-phosphatase
D: 2,3-diketo-5-methylthiopentyl-1-phosphate enolase-phosphatase
E: 2,3-diketo-5-methylthiopentyl-1-phosphate enolase-phosphatase
F: 2,3-diketo-5-methylthiopentyl-1-phosphate enolase-phosphatase
G: 2,3-diketo-5-methylthiopentyl-1-phosphate enolase-phosphatase
H: 2,3-diketo-5-methylthiopentyl-1-phosphate enolase-phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)220,34426
ポリマ－218,6838
非ポリマー1,66118
水7,026390
1
A: 2,3-diketo-5-methylthiopentyl-1-phosphate enolase-phosphatase
B: 2,3-diketo-5-methylthiopentyl-1-phosphate enolase-phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,0987
ポリマ－54,6712
非ポリマー4275
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4270 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area16670 Å2
手法PISA
2
C: 2,3-diketo-5-methylthiopentyl-1-phosphate enolase-phosphatase
D: 2,3-diketo-5-methylthiopentyl-1-phosphate enolase-phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,0987
ポリマ－54,6712
非ポリマー4275
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4340 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area16700 Å2
手法PISA
3
E: 2,3-diketo-5-methylthiopentyl-1-phosphate enolase-phosphatase
F: 2,3-diketo-5-methylthiopentyl-1-phosphate enolase-phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,0756
ポリマ－54,6712
非ポリマー4044
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4040 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area17510 Å2
手法PISA
4
G: 2,3-diketo-5-methylthiopentyl-1-phosphate enolase-phosphatase
H: 2,3-diketo-5-methylthiopentyl-1-phosphate enolase-phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,0756
ポリマ－54,6712
非ポリマー4044
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3860 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area17170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.021, 71.159, 93.183
Angle α, β, γ (deg.)108.390, 102.230, 89.990
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
2,3-diketo-5-methylthiopentyl-1-phosphate enolase-phosphatase / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / OMP decarboxylase / OMPDCase / OMPdecase


分子量: 27335.434 Da / 分子数: 8 / 断片: KlaeA.01229.a.B1 / 変異: D23E, T133M, A163V, A220V / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Klebsiella aerogenes (バクテリア)
遺伝子: pyrF, BXQ27_18035, HV316_11080, KCTC 2190 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: A0A0M3H420, orotidine-5'-phosphate decarboxylase
#2: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 390 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.46 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Morpheus B4: 12.5%(v/v) MPD, 12.5%(v/v) PEG 1000, 12.5%(w/v) PEG 3350, 100 mM Imidazole/MES, 30 mM NaF, 30 mM NaBr and 30 mM NaI, KlaeA.01229.a.B1 at 15 mg/mL with 2.5 GDP added. No electron ...詳細: Morpheus B4: 12.5%(v/v) MPD, 12.5%(v/v) PEG 1000, 12.5%(w/v) PEG 3350, 100 mM Imidazole/MES, 30 mM NaF, 30 mM NaBr and 30 mM NaI, KlaeA.01229.a.B1 at 15 mg/mL with 2.5 GDP added. No electron density for GDP was observed, Tray: plate 12527 well B4 drop 3, Puck: PSL0811, Cryo: DIRECT

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-IDSerial crystal experiment
11001N
21001N
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS-II 19-ID10.97949
SEALED TUBEBRUKER D8 QUEST21.54184
検出器
タイプID検出器日付詳細
DECTRIS EIGER2 XE 9M1PIXEL2022年4月8日
Bruker PHOTON III2PIXEL2022年3月29日Helios Multilayer
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Double Crystal Si 111SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979491
21.541841
反射解像度: 2→49.41 Å / Num. obs: 108150 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 33.37 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
2-2.033.70.60753710.758196.9
10.95-49.413.70.0286450.999196.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.7.8データスケーリング
PHENIX1.20.1_4487精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
CRANK2位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→49.41 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.18 / 位相誤差: 26.95 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2458 5279 4.88 %
Rwork0.1875 102859 -
obs0.1903 108138 97.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 118.23 Å2 / Biso mean: 41.4744 Å2 / Biso min: 16.78 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→49.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12802 0 18 390 13210
Biso mean--58.82 39.58 -
残基数----1753
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2-2.020.31381690.25783493366297
2.02-2.050.3561840.2663312349697
2.05-2.070.31091690.25243440360997
2.07-2.10.29351650.24973418358397
2.1-2.130.32421660.25023385355197
2.13-2.150.31111620.24393501366397
2.15-2.190.30941790.24223294347397
2.19-2.220.28881630.23133513367697
2.22-2.250.30771760.22953370354697
2.25-2.290.32341440.22863461360597
2.29-2.330.25382040.22373356356097
2.33-2.370.29081770.21933465364298
2.37-2.420.29461800.20763379355997
2.42-2.470.26051830.2073517370098
2.47-2.520.251750.2043376355198
2.52-2.580.30141470.21513470361798
2.58-2.640.28161820.21363452363498
2.64-2.710.29151920.22063398359098
2.71-2.790.2921920.20623433362598
2.79-2.880.26981740.20083468364298
2.88-2.990.24651920.19893433362598
2.99-3.110.25771750.20333460363598
3.11-3.250.25272060.20093373357998
3.25-3.420.26111980.19033448364698
3.42-3.630.23151640.17483439360398
3.63-3.910.22031390.15853423356297
3.91-4.310.20261660.14913424359096
4.31-4.930.15481660.13233428359498
4.93-6.210.23112370.16843440367799
6.21-49.410.20091530.1653490364399

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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