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- PDB-8doc: Crystal structure of RPE65 in complex with compound 16e and palmitate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8doc
タイトルCrystal structure of RPE65 in complex with compound 16e and palmitate
要素Retinoid isomerohydrolase
キーワードHYDROLASE / 7-BLADED BETA PROPELLER / MONOTOPIC MEMBRANE PROTEIN / NON-HEME IRON ENZYME / RETINOID ISOMERASE / INHIBITOR / COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


retinoid isomerohydrolase / lutein isomerase / retinol isomerase activity / all-trans-retinyl-palmitate hydrolase, 11-cis retinol forming activity / all-trans-retinyl-ester hydrolase, 11-cis retinol forming activity / zeaxanthin biosynthetic process / beta-carotene 15,15'-dioxygenase activity / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / retinal metabolic process / phosphatidylcholine binding ...retinoid isomerohydrolase / lutein isomerase / retinol isomerase activity / all-trans-retinyl-palmitate hydrolase, 11-cis retinol forming activity / all-trans-retinyl-ester hydrolase, 11-cis retinol forming activity / zeaxanthin biosynthetic process / beta-carotene 15,15'-dioxygenase activity / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / retinal metabolic process / phosphatidylcholine binding / cardiolipin binding / phosphatidylserine binding / visual perception / endoplasmic reticulum membrane / identical protein binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Carotenoid oxygenase / Retinal pigment epithelial membrane protein
類似検索 - ドメイン・相同性
: / PALMITIC ACID / Chem-SYL / Retinoid isomerohydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Bassetto, M. / Kiser, P.D.
資金援助1件
組織認可番号国
Department of Veterans Affairs (VA, United States)
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Tuning the Metabolic Stability of Visual Cycle Modulators through Modification of an RPE65 Recognition Motif.
著者: Bassetto, M. / Zaluski, J. / Li, B. / Zhang, J. / Badiee, M. / Kiser, P.D. / Tochtrop, G.P.
履歴
登録2022年7月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22023年12月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Retinoid isomerohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,7465
ポリマ－60,9351
非ポリマー8114
水6,233346
1
A: Retinoid isomerohydrolase
ヘテロ分子

A: Retinoid isomerohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,49210
ポリマ－121,8702
非ポリマー1,6228
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_555-x+y,y,-z+1/21
Buried area5310 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area35990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)176.820, 176.820, 86.190
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1030-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Retinoid isomerohydrolase / All-trans-retinyl-palmitate hydrolase / Retinal pigment epithelium-specific 65 kDa protein / Retinol isomerase


分子量: 60935.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ)
参照: UniProt: Q28175, retinoid isomerohydrolase, lutein isomerase

-
非ポリマー , 5種, 350分子

#2: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CXS / 3-CYCLOHEXYL-1-PROPYLSULFONIC ACID / 3-(シクロヘキシルアミノ)-1-プロパンスルホン酸


分子量: 221.317 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H19NO3S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-SYL / (1R)-1-[3-(cyclohexylmethoxy)phenyl]-3-(methylamino)propan-1-ol


分子量: 277.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H27NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 346 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.46 %
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 10.5
詳細: 30% PEG 400, 100 mM CAPS, pH 10.5, 500 mM ammonium sulfate, 10% v/v

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC HF-4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 46592 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.7 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.176 / Net I/σ(I): 10.33
反射 シェル解像度: 2.1→2.23 Å / Rmerge(I) obs: 2.338 / Mean I/σ(I) obs: 1.09 / Num. unique obs: 7529 / CC1/2: 0.399 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0352精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 4ryx

4ryx


解像度: 2.1→48.05 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 5.415 / SU ML: 0.129 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.156 / ESU R Free: 0.143 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2111 2261 4.9 %RANDOM
Rwork0.1777 ---
obs0.1793 44331 99.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 1 Å / 減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 108.6 Å2 / Biso mean: 41.965 Å2 / Biso min: 27.65 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.03 Å2-0.02 Å2-0 Å2
2---0.03 Å20 Å2
3---0.1 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→48.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4042 0 53 346 4441
Biso mean--64.4 52.23 -
残基数----504
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0124246
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0163814
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0731.6455778
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.371.5628918
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5885507
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg20.13214.71435
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.53610.127669
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0520.2626
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.024794
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02854
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.357 168 -
Rwork0.319 3221 -
all-3389 -
obs--99.74 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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