PDB-8do8: Crystal structure ATG9 HDIR in complex with the ATG13:ATG101 HORM...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8do8

タイトル

Crystal structure ATG9 HDIR in complex with the ATG13:ATG101 HORMA dimer

要素

Autophagy-related protein 101
Autophagy-related protein 13

キーワード

SIGNALING PROTEIN / HORMA

機能・相同性

機能・相同性情報

Atg1/ULK1 kinase complex / response to mitochondrial depolarisation / protein localization to phagophore assembly site / phagophore assembly site membrane / piecemeal microautophagy of the nucleus / phagophore assembly site / protein kinase regulator activity / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / Macroautophagy / autophagosome assembly ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.41 Å

データ登録者

Buffalo, C.Z. / Ren, X. / Yokom, A.L. / Hurley, J.H.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Sci Adv / 年: 2023
タイトル: Structural basis for ATG9A recruitment to the ULK1 complex in mitophagy initiation.
著者: Ren, X. / Nguyen, T.N. / Lam, W.K. / Buffalo, C.Z. / Lazarou, M. / Yokom, A.L. / Hurley, J.H.

履歴

登録	2022年7月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年11月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年3月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8do8.cif.gz	331.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8do8.ent.gz	266.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8do8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/do/8do8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/do/8do8	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5c50S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Autophagy-related protein 101

B: Autophagy-related protein 13

C: Autophagy-related protein 101

D: Autophagy-related protein 13

E: Autophagy-related protein 101

F: Autophagy-related protein 101

ヘテロ分子

147 kDa, 6 ポリマー
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1

C: Autophagy-related protein 101

D: Autophagy-related protein 13

F: Autophagy-related protein 101

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, two assemblies make up the asymmetric unit
73.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Autophagy-related protein 101

B: Autophagy-related protein 13

E: Autophagy-related protein 101

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
74 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.453, 139.860, 147.595
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Autophagy-related protein 101 分子量: 24926.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ATG101, C12orf44, PP894 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BSB4
#2: タンパク質	Autophagy-related protein 13 分子量: 22096.600 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ATG13, KIAA0652 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75143
#3: 化合物	... ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 187 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 24.54 %
結晶化	温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.2 M NaCl, 12% PEG8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.41→39.41 Å / Num. obs: 37256 / % possible obs: 99.75 % / 冗長度: 6.6 % / B_iso Wilson estimate: 66.76 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.09486 / Net I/σ(I): 14.55
反射シェル	解像度: 2.41→2.496 Å / 冗長度: 6.8 % / R_merge(I) obs: 1.279 / Mean I/σ(I) obs: 1.31 / Num. unique obs: 3659 / CC_1/2: 0.559 / CC star: 0.847 / R_pim(I) all: 0.5303 / % possible all: 99.89

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5C50

5c50

解像度: 2.41→39.41 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.23 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2511	1152	3.09 %
R_work	0.2039	36092	-
obs	0.2054	37244	99.79 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 150.58 Å² / B_iso mean: 66.7164 Å² / B_iso min: 32.98 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.41→39.41 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5825	0	228	187	6240
B_iso mean	-	-	83.02	64.87	-
残基数	-	-	-	-	771

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 8 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
2.41-2.52	0.3298	140	0.2809	4447	4587
2.52-2.65	0.2878	139	0.2461	4421	4560
2.65-2.82	0.2807	145	0.2416	4467	4612
2.82-3.04	0.3188	145	0.2261	4463	4608
3.04-3.34	0.241	139	0.1999	4464	4603
3.34-3.82	0.28	143	0.1921	4516	4659
3.82-4.82	0.2269	148	0.1728	4543	4691
4.82-39.41	0.2239	153	0.2103	4771	4924

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.2393	-1.2457	0.1661	5.27	-1.1063	3.3774	0.1823	0.2855	-0.277	-0.5752	0.1623	0.2992	0.1128	-0.0237	-0.3141	0.3614	-0.0679	-0.0389	0.3019	-0.006	0.3907	-5.2316	-35.4571	25.5007
2	8.2077	4.9395	-1.2376	4.55	-0.152	2.266	-0.4607	0.3647	1.6205	-1.1537	0.4314	0.3436	-0.1367	0.0041	0.0366	0.8843	0.0533	-0.0389	0.4454	-0.0398	0.5213	-3.6754	-67.7298	23.5129
3	3.2831	0.1161	0.8527	5.3659	0.2706	2.8876	0.0456	-0.1106	-0.6594	-0.3382	0.311	0.7484	0.2751	-0.1894	-0.3446	0.4271	-0.0753	-0.0661	0.4039	0.0799	0.5461	-7.9833	-39.7943	29.1009
4	3.613	-0.7246	-0.2341	3.7738	0.0193	3.9718	-0.1615	-0.176	-0.0668	0.1381	0.2339	-1.0335	0.1981	0.3755	-0.0811	0.2767	-0.018	-0.0053	0.3658	-0.0885	0.5604	9.5307	-33.1045	43.412
5	4.5278	1.0835	0.4564	4.1713	0.1984	2.8324	-0.4164	-0.0498	0.0443	0.5984	0.4377	-1.0035	-0.152	1.3401	0.0263	0.414	0.0184	-0.1921	0.6155	-0.0814	0.7451	12.4379	-30.763	45.1246
6	1.8059	0.1023	0.1091	7.1566	-0.1111	1.6011	-0.0092	-0.4769	0.0551	1.1686	0.1773	0.4409	-0.0451	-0.1293	-0.1765	0.5715	0.0292	0.0674	0.4461	-0.0402	0.4486	-1.9646	-20.628	51.6772
7	4.3862	-0.3855	2.7601	5.2183	2.9613	3.8078	0.1183	2.6255	0.2522	0.4506	0.1599	-1.0175	0.7524	1.6665	-0.2063	0.8567	0.0698	0.2226	1.3257	0.2101	1.0613	4.9804	-49.6934	49.6452
8	3.6002	-2.7198	0.4289	4.1478	-2.273	3.8251	0.3624	0.0053	-0.696	-0.5342	-0.1025	0.2634	0.6447	-0.1466	-0.206	0.461	-0.0605	-0.0189	0.2159	-0.0383	0.5046	1.5831	-36.5146	40.233
9	8.4531	5.1078	1.9375	3.9468	3.4618	6.4755	-0.5235	0.1214	0.903	-1.2719	-0.025	1.0093	-0.9628	-0.3897	0.4269	0.5754	0.075	0.0431	0.3903	-0.0024	0.5289	-4.6324	-14.3215	38.7059
10	3.0481	0.9674	0.3228	2.7016	0.3985	0.7743	0.1517	-0.5565	0.4098	0.6865	-0.0099	0.1339	0.1562	-0.1108	-0.1805	0.533	0.0444	0.0265	0.4943	-0.1117	0.3917	-3.0081	-20.2901	53.6619
11	9.2188	-4.36	0.8747	2.7191	-0.1135	2.7258	-0.2137	-0.4309	-0.0503	1.0059	0.3011	0.7615	0.0799	-0.2698	-0.0485	0.4192	-0.026	0.0681	0.433	-0.0252	0.3938	-6.5772	-29.3252	49.1139
12	2.7148	-0.6877	-0.7511	2.3985	0.505	4.6838	-0.1365	0.0875	-0.3432	0.2023	-0.049	0.1428	0.711	-0.4594	0.0968	0.5148	-0.176	0.0332	0.4906	-0.117	0.4235	-5.111	-75.4396	63.0079
13	0.6944	0.8726	-0.2183	1.0604	0.9051	3.4017	0.0559	-0.009	-0.1582	-0.0752	0.0305	-0.2492	0.0768	0.7339	-0.0982	0.4654	0.0151	0.0478	0.4673	-0.0554	0.4256	1.882	-73.2692	50.1825
14	6.9613	-3.7168	0.9516	8.9782	-1.4634	7.731	-0.679	-0.3381	0.6772	0.6865	0.5	-1.1154	0.3246	0.9617	-0.0348	0.5104	0.0629	0.0828	0.7373	-0.1488	0.5701	3.7708	-69.0542	72.074
15	6.4869	-1.719	0.6657	3.6833	-0.9584	4.7393	0.2201	0.9709	0.228	0.091	-0.4697	0.1749	0.6113	-1.0426	0.0979	0.6526	-0.1913	-0.0232	0.698	-0.152	0.4151	-8.4681	-70.2953	51.4284
16	3.0709	-0.3882	-0.4774	1.4934	0.4685	4.235	0.0564	0.2157	-0.1539	-0.2045	-0.0595	0.3854	0.0985	-1.673	-0.0532	0.406	0.0234	0.0188	0.8978	-0.0589	0.4008	-20.3136	-60.8109	69.7733
17	5.07	1.2623	-0.5532	7.4059	0.401	7.8331	-0.0993	-0.6273	0.2968	-0.2526	0.0196	1.0592	-1.4264	-1.3573	0.1478	0.6075	0.2227	0.0938	0.8353	-0.0219	0.5697	-20.6699	-50.1687	79.3378
18	1.4815	-0.531	0.6927	2.4873	-1.8588	8.8931	-0.1019	-0.0371	0.075	0.1943	0.0127	-0.0736	-0.9297	-0.3101	0.0656	0.372	-0.0254	0.025	0.4201	-0.0469	0.3988	-10.1089	-56.1891	74.59
19	6.3362	-0.2084	-3.6476	4.8341	-1.3988	2.6579	-0.464	-0.2655	-0.9558	0.2176	-0.206	0.0467	1.5017	0.6275	0.7086	0.5612	0.0578	-0.0081	0.4634	-0.0643	0.4431	-5.945	-70.8034	85.878
20	4.1377	-1.214	0.2629	0.8289	-0.7809	3.2218	0.317	-0.2225	0.7837	0.1656	-0.3331	-0.1354	-0.5985	-0.2896	-0.0029	0.6535	0.0255	-0.046	0.454	-0.1285	0.431	-7.5338	-54.3527	86.9213
21	6.5485	-2.2386	1.6572	4.0345	-0.4218	3.2924	-0.1436	0.0458	0.1711	-0.0175	0.0421	-0.17	-0.9519	0.2875	0.2623	0.3923	-0.0569	0.003	0.3374	-0.0773	0.3497	-3.5898	-54.3409	74.7346
22	4.3105	0.6408	-0.689	5.6888	0.4982	4.53	0.0681	-0.74	1.0805	0.1851	0.239	-0.2537	-0.4282	-0.1196	-0.3538	0.6371	0.2097	0.027	0.7886	-0.2272	0.7236	17.0122	-43.2428	39.8315
23	3.4367	-0.0001	3.8856	5.3119	1.0072	4.6834	0.4134	-1.3673	0.134	-0.0223	-0.6147	0.1033	0.7337	-0.6799	-0.085	0.5073	-0.1099	-0.039	1.5531	0.0052	0.6392	-25.9283	-58.5884	57.4543

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 106 )	A	3 - 106
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 107 through 114 )	A	107 - 114
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 115 through 195 )	A	115 - 195
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 5 through 42 )	B	5 - 42
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 43 through 78 )	B	43 - 78
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 79 through 104 )	B	79 - 104
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 105 through 115 )	B	105 - 115
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 116 through 133 )	B	116 - 133
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 134 through 147 )	B	134 - 147
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 148 through 168 )	B	148 - 168
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 169 through 196 )	B	169 - 196
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 3 through 90 )	C	3 - 90
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 91 through 136 )	C	91 - 136
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 137 through 161 )	C	137 - 161
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 162 through 198 )	C	162 - 198
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 5 through 58 )	D	5 - 58
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 59 through 78 )	D	59 - 78
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 79 through 133 )	D	79 - 133
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 134 through 147 )	D	134 - 147
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 148 through 168 )	D	148 - 168
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 169 through 194 )	D	169 - 194
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'E' and (resid 830 through 839 )	E	830 - 839
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'F' and (resid 832 through 839 )	F	832 - 839

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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