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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8do6 | ||||||
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タイトル | The structure of S. epidermidis Cas10-Csm bound to target RNA | ||||||
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![]() | RNA BINDING PROTEIN/RNA / CRISPR / Cas10 / Type III / Csm / RNA BINDING PROTEIN / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | ||||||
![]() | Paraan, M. / Stagg, S.M. / Dunkle, J.A. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The structure of a Type III-A CRISPR-Cas effector complex reveals conserved and idiosyncratic contacts to target RNA and crRNA among Type III-A systems. 著者: Mohammadreza Paraan / Mohamed Nasef / Lucy Chou-Zheng / Sarah A Khweis / Allyn J Schoeffler / Asma Hatoum-Aslan / Scott M Stagg / Jack A Dunkle / ![]() 要旨: Type III CRISPR-Cas systems employ multiprotein effector complexes bound to small CRISPR RNAs (crRNAs) to detect foreign RNA transcripts and elicit a complex immune response that leads to the ...Type III CRISPR-Cas systems employ multiprotein effector complexes bound to small CRISPR RNAs (crRNAs) to detect foreign RNA transcripts and elicit a complex immune response that leads to the destruction of invading RNA and DNA. Type III systems are among the most widespread in nature, and emerging interest in harnessing these systems for biotechnology applications highlights the need for detailed structural analyses of representatives from diverse organisms. We performed cryo-EM reconstructions of the Type III-A Cas10-Csm effector complex from S. epidermidis bound to an intact, cognate target RNA and identified two oligomeric states, a 276 kDa complex and a 318 kDa complex. 3.1 Å density for the well-ordered 276 kDa complex allowed construction of atomic models for the Csm2, Csm3, Csm4 and Csm5 subunits within the complex along with the crRNA and target RNA. We also collected small-angle X-ray scattering data which was consistent with the 276 kDa Cas10-Csm architecture we identified. Detailed comparisons between the S. epidermidis Cas10-Csm structure and the well-resolved bacterial (S. thermophilus) and archaeal (T. onnurineus) Cas10-Csm structures reveal differences in how the complexes interact with target RNA and crRNA which are likely to have functional ramifications. These structural comparisons shed light on the unique features of Type III-A systems from diverse organisms and will assist in improving biotechnologies derived from Type III-A effector complexes. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 407.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 262.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 27593MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 3分子 EGF
#1: タンパク質 | 分子量: 24033.975 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 35984 / RP62A / 遺伝子: SERP2459 発現宿主: ![]() 参照: UniProt: Q5HK91 |
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-RNA鎖 , 2種, 2分子 IJ
#2: RNA鎖 | 分子量: 11895.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() |
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#3: RNA鎖 | 分子量: 13599.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) ![]() |
-CRISPR system Cms protein ... , 3種, 4分子 CDBH
#4: タンパク質 | 分子量: 16809.471 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: csm2, E1M97_06325, E1M99_06625 発現宿主: ![]() 参照: UniProt: A0A8G7QML1 #5: タンパク質 | | 分子量: 34551.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 35984 / RP62A / 遺伝子: SERP2458 発現宿主: ![]() 参照: UniProt: Q5HK92 #6: タンパク質 | | 分子量: 39449.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 35984 / RP62A / 遺伝子: SERP2457 発現宿主: ![]() 参照: UniProt: Q5HK93 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Cas10-Csm complex bound to target RNA / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||
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分子量 | 値: 0.3 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() | ||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() | ||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 81000 X / 倍率(補正後): 81000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 1500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Calibrated defocus min: 1000 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 1500 nm / Cs: 0.001 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER 最高温度: 92 K / 最低温度: 78 K |
撮影 | 平均露光時間: 1 sec. / 電子線照射量: 44.7 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5000 |
画像スキャン | 横: 5760 / 縦: 4092 |
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解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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画像処理 | 詳細: All processing was done in cryoSPARC 2. | ||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY | ||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1400000 / 詳細: Using Topaz as implemented in cryoSPARC. | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 122000 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 71.07 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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